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贵州四个山羊品种mtDNA Cytb基因多态性研究

作　者: 黄勤华
导　师: 刘若余；杨和峰
学　校: 贵州大学
专　业: 农业推广
关键词: 贵州山羊 mtDNA Cytb 多态性 亲缘关系
分类号: S827
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
下　载: 13次
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内容摘要


本研究对贵州山羊四个山羊品种,共计55个个体mtDNA细胞色素b基因片段进行测序分析和比较,55头贵州山羊mtDNA Cytb基因序列长均为1140bp,且以起始密码子ATG开始,中间没有插入/缺失,以终止密码子AGA结束。分析其碱基组成和序列间碱基的变异,在55个贵州山羊个体Cyt b基因序列中,总共发现11个变异位点,11个多态位点中转换61次(59次C/T转换、2次A/G转换,10次T/G颠换)。其中有59个变异为同义变异,有2个变异为非同义变异;观察到9种单倍型,各品种中单倍型多样性为0.442—0.889,核苷酸多样度为0.00145—0.0025,这表明贵州山羊的遗传多样性处于中等水平;实验所得4个贵州山羊存在两个母系起源,即支系A(Lineage A)和支系B(Lineage B)。其中支系A中存在5个单倍型GZB1、QDX2、QDX3、GZW4和GZW5占76.36%(42/55),支系B中也有5个单倍型QDX1、GZB4、GZW9、GZW16和GZB21,占23.64%(13/55)。10种单倍型中有6个为品种独享,4个为各品种内个体共享,即单倍型GZB1代表23个个体(12个贵州黑山羊、8个贵州麻羊和3个贵州白山羊),9个贵州小香羊个体共享单倍型QDX2,7个个体(4个小香羊及白山羊、黑山羊和麻羊各1个)共享单倍型QDX3,6个个体(2个黑山羊和4个麻羊)共享单倍型GZB4,3个小香羊共享单倍型QDX1,分别有2个白山羊共享单倍型GZW9和GZW4,而单倍型GZW5、GZW16和GZB21各观察到1个个体。基于群体间遗传距离构建的贵州个山羊品种间的邻接树中也可以看出:贵州山羊品种分为两大类群,即:盘县黑山羊、黔北麻羊和黔东南小香羊三个品种为一类;沿河白山羊1个品种为另一类。其中盘县黑山羊和黔北麻羊的亲缘关系最近,与黔东南的亲缘关系次之,与沿河白山羊的亲缘关系最远。

全文目录


摘要  5-6
ABSTRACT  6-7
一、前言  7-21
  1.动物遗传多样性及其研究方法  7-16
    1.1 研究家畜品种资源遗传多样性的必要性和重要性  7-12
      1.1.1 遗传多样性的概念  7-8
      1.1.2 我国及我省遗传资源状况  8
      1.1.3 家畜遗传资源的价值  8-11
      1.1.4 开展家畜遗传多样性研究的重要性和必要性  11-12
    1.2 家畜遗传多样性研究的基本途径和方法  12-14
      1.2.1 形态学标记  12
      1.2.2 细胞遗传学标记  12
      1.2.3 生化遗传学标记  12-13
      1.2.4 免疫学标记  13
      1.2.5 DNA多态性分析  13-14
    1.3 线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用  14-15
      1.3.1 家畜线粒体DNA的基本特征  14
      1.3.2.动物mtDNA的D-环复制  14-15
      1.3.3 动物mtDNA的遗传特性  15
    1.4 线粒体DNA在家畜遗传育种中的应用  15-16
      1.4.1 遗传多样性研究  15-16
      1.4.2.品种间起源进化研究  16
      1.4.3 与生产性能的关系  16
  2、山羊遗传多样性研究概况  16-21
    2.1 山羊的起源  16-17
    2.2 中国山羊的物种资源  17-18
    2.3 贵州山羊的种质资源  18
    2.4 线粒体DNA Cytb在山羊遗传多样性及系统进化研究中的应用  18-19
    2.5 贵州山羊遗传多样性研究概况  19-21
二、本研究的目的及意义  21-22
三、材料、方法和试验结果  22-27
  3.1 试验材料  22
  3.2 试验方法  22-25
    3.2.1 试剂的配制  22
    3.2.2 主要试验仪器  22-23
    3.2.3 试剂来源  23
    3.2.4 样品的采集及DNA的提取  23-24
    3.2.5 扩增及测序引物的设计  24
    3.2.6 mtDNA Cytb序列PCR扩增  24
    3.2.7 电泳的及结果记录  24
    3.2.8 PCR产物的回收  24-25
    3.2.9 mtDNA Cytb序列测序  25
  3.3 统计分析方法  25-27
    3.3.1 序列编辑  25
    3.3.2 序列比对  25
    3.3.3 MGEA3.0软件的应用  25-26
    3.3.4 DNAsp软件的应用  26-27
四 贵州四个山羊品种mtDNA Cytb的遗传多样性  27-33
  4.1 实验结果  27-28
    4.1.1 提取的DNA的检测结果  27
    4.1.2 PCR片段圹增图  27
    4.1.3 测序结果  27-28
  4.2 贵州四个山羊品种mtDNA Cytb序列变异  28-30
    4.2.1 碱基组成比较  28-29
    4.2.2 多态位点分析  29-30
  4.3 贵州四个山羊品种遗传多样性分析  30
  4.4 贵州四个山羊品种单倍型间的系统发育分析  30-31
  4.5 贵州四个山羊品种间的亲缘关系分析  31-33
五、讨论  33-37
  5.1 PCR反应  33-34
  5.2 贵州山羊的遗传多样性  34-35
  5.3 贵州山羊品种间的亲缘关系  35
  5.4 贵州山羊的母系起源  35-37
六、结论  37-39
致谢  39-40
参考文献  40-42

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 山羊
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