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白氏文昌鱼IKK基因的克隆及其免疫功能分析

作　者: 周璐
导　师: 马飞
学　校: 南京师范大学
专　业: 遗传学
关键词: 文昌鱼 IκB激酶 NF-κB LPS 适应性免疫
分类号: Q78
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要


形态学以及分子生物学的证据表明文昌鱼是脊索动物中的基底生物,是研究脊椎动物形态、发育以及免疫系统的起源与进化的重要模式生物。随着比较免疫学的迅速发展,以及佛罗里达文昌鱼基因组测序的完成,关于文昌鱼免疫的研究越来越引起人们的关注。因此,本研究在文昌鱼EST数据库的基础上,利用分子生物学方法初步研究了文昌鱼IKK基因在LPS刺激后的免疫应答方面的机制,同时结合进化分析了文昌鱼IKK基因在进化中的地位,本论文主要的研究成果如下：(1)利用RACE对白氏文昌鱼的AmphiIKK基因进行克隆,结果表明AmphiIKK基因的cDNA序列全长3087bp,其中ORF包含2334bp,预计编码777aa,5’UTR包含164bp,3’UTR包含589bp。(2)经过初步分析表明,AmphiIKK的理论分子量为89.3kDa,等电点为6.26；AmphiIKK与之前发现的IKK蛋白之间存在着43.8%-64.0%的相似性,23.6%-43.3%的一致性。AmphiIKK蛋白具有哺乳动物IKK蛋白一样,具有一个保守的丝氨酸/苏氨酸激酶结构域,在这个结构域中,含有一个丝氨酸/苏氨酸激酶活化位点和一个保守的MAPKK活化茎环。与人类的IKα和IKKβ比较,文昌鱼IKK蛋白同样具有一个潜在的HLH基序,一个LZ结构,和NBD结构。AmphiIKK蛋白的空间三级结构与其他7个物种的IKK蛋白均相同,均折叠成“手枪”状。系统发育分析表明,AmphiIKK间于无脊椎动物和脊椎动物之间,和合浦珠母贝、太平洋牡蛎等无脊椎动物更为接近。(3)实时定量检测表明IKK基因在所有检测的组织中均表达,其中在肌肉、鳃和脊索中表达最为丰富。在LPS刺激后,AmphiIKK在6h有1.46倍的表达量,在8h时有1.80倍的表达量,在12h后趋于平常,表明在外源LPS刺激后文昌鱼IKK基因表现出上调趋势。

全文目录


摘要  3-4
Abstract  4-8
第1章 引言  8-17
  1.1 文昌鱼概况  8-12
    1.1.1 文昌鱼的分布及形态特征  8-9
    1.1.2 文昌鱼的生活习性  9-10
    1.1.3 文昌鱼的特殊进化地位  10-11
    1.1.4 文昌鱼的研究近况  11-12
  1.2 IKK的研究现状  12-15
    1.2.1 IKK的分子结构及作用机制  12-13
    1.2.2 IKK的研究进展  13-15
  1.3 论文研究的目的与意义  15-16
  1.4 论文研究的技术路线  16-17
第2章 白氏文昌鱼IKK基因的克隆  17-30
  2.1 实验材料和仪器  17
    2.1.1 实验材料  17
    2.1.2 实验仪器  17
  2.2 实验方法  17-26
    2.2.1 IKK基因cDNA全序列的克隆  17-26
  2.3 结果与分析  26-29
    2.3.1 白氏文昌鱼总RNA的提取  26-27
    2.3.2 IKK基因中间片段的克隆  27-28
    2.3.3 IKK基因全长序列的扩增  28-29
  2.4 讨论  29-30
第3章 白氏文昌鱼IKK基因的序列分析  30-41
  3.1 实验仪器及分析软件  30
  3.2 分析方法  30-31
  3.3 分析结果  31-40
    3.3.1 IKK基因的理化性质分析  31-33
    3.3.2 IKK基因的氨基酸序列同源性比较分析  33-35
    3.3.3 IKK蛋白motif和空间结构分析  35-39
    3.3.4 IKK蛋白的比对分析及系统发生树构建  39-40
  3.4 讨论  40-41
第4章 白氏文昌鱼IKK基因抗菌功能的初步鉴定  41-46
  4.1 实验材料与方法  41-43
    4.1.1 实验材料  41
    4.1.2 实验仪器  41
    4.1.3 实验方法  41-43
  4.2 实验结果与分析  43-44
    4.2.1 IKK基因在不同组织中的表达  43
    4.2.2 LPS刺激对IKK基因表达量变化的影响  43-44
  4.3 讨论  44-46
总结与展望  46-47
参考文献  47-54
附录  54-55
在读期间发表的学术论文及研究成果  55-56
致谢  56-57

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中图分类: > 生物科学 > 分子生物学 > 基因工程（遗传工程）
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