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肿瘤个体化用药相关基因检测方法的应用与比较

作　者: 王鸿
导　师: 陈超
学　校: 西北大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: Gap-LCR 高分辨率溶解曲线 测序 基因检测 肿瘤个体化用药
分类号: R927
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
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内容摘要


人类疾病,尤其是一些重大常见疾病,如心脑血管疾病、精神系统疾病、内分泌系统疾病、肿瘤等的诊断、治疗结果和预后,在临床上存在着巨大的人群和个体间差异。个体化诊疗将成为疾病临床诊断和治疗中的新方向和必然趋势,是21世纪生物医学的重点方向之一。药物基因组学是研究和实现个体化诊疗的重要基础,目前用于基因检测的方法有很多种,每种方法都有自己的特点与优势,在应用时也存在着不同程度的局限性。本课题针对抗癌药物的几个相关基因选出三种不同的检测方法进行应用研究。首先应用本实验室已建立的缺口-连接酶链反应法(Gap-LCR法)检测了10例样本的CYP2D6基因的七个位点的多态性,检测结果显示该方法应用良好；同时采用其他方法对结果进行验证,进一步的验证了该方法的可操作性和可靠性。Gap-LCR法检测基因突变位点的成本较低且重复性好,对仪器要求比较简单,能在有限的实验室条件下开展SNP的检测,非常适合于临床推广使用。Sanger测序法能直观地读出序列,是确定突变的金标准。我们应用Sanger测序法对肿瘤靶向治疗药物相关基因的突变位点进行检测,包括K.ras、EGFR、C-kit、PDGFRA等基因等突变频率较高的位点；基因的检测结果可以预测相应药物的疗效。Sanger测序法检测肿瘤靶向治疗相关基因的突变,结果直观、可靠,但是由于癌瘤组织的不均一性和样本来源的局限以及该技术自身的局限,一些突变程度较低的基因(<20%)则无法检测出来。我们还在检测普通序列方法的基础上优化了一个高GC含量序列的测序方法。本实验还应用高分辨率溶解曲线技术(HRM)检测了氟尿嘧啶类药物相关的药物疗效及毒性预测基因——DPYD和TYMS这两个基因的相关位点的基因多态性。本方法的成功建立为氟尿嘧啶类药物相关的药物疗效及毒性预测基因的检测又提供了一个新的选择。该基因分型方法因成本低廉、快速方便、灵敏度高等,与以往的检测方法相比更有优势。我们还建立了DPYD基因的两个多态性位点的阳性质控体系,为未知样本的检测结果的分析提供了依据。

全文目录


摘要  3-4
Abstract  4-6
目录  6-9
第一章 绪论  9-18
  1.1 肿瘤治疗现状和个体化治疗  9-13
    1.1.1 恶性肿瘤的发展及药物治疗现状  9-10
    1.1.2 药物基因组学和个体化用药概述  10-11
    1.1.3 肿瘤的个体化治疗  11-13
  1.2 个体化治疗中分子标志物的基因突变位点的检测技术  13-17
    1.2.1 以构象为基础的的检测方法  13-14
    1.2.2 以荧光共振能量传递为基础的检测方法  14
    1.2.3 测序检测方法  14
    1.2.4 新兴的检测方法  14-17
  1.3 本论文立题的意义  17-18
第二章 应用缺口-连接酶链反应突变检测方法检测CYP2D6基因的多态性  18-30
  2.1 背景  18-21
    2.1.1 细胞色素P450家族和CYP2D6基因的简介  18-19
    2.1.2 基于CYP2D6基因多态性的临床用药安全隐患  19-21
  2.2 缺口-连接酶链反应(Gap-LCR)突变检测方法和总体设计  21-22
  2.3 实验目的与意义  22-23
  2.4 实验部分  23-29
    2.4.1 材料与仪器  23
    2.4.2 实验方法  23-27
    2.4.3 Gap-LCR检测突变方法检测样本  27-29
  2.5 本章小结  29-30
第三章 应用Sanger测序法检测肿瘤分子靶向治疗相关基因  30-41
  3.1 背景  30-31
    3.1.1 肿瘤分子靶向治疗  30
    3.1.2 临床中常用的分子靶向药物及相关基因  30-31
    3.1.3 肿瘤分子靶向治疗相关基因与药物的疗效  31
  3.2 Sanger测序法  31-32
  3.3 实验目的和意义  32-33
  3.4 实验部分  33-36
    3.4.1 材料与仪器  33
    3.4.2 实验方法  33-36
  3.5 实验结果与分析  36-39
  3.6 本章小结  39-41
第四章 HRM检测氟尿嘧啶类药物相关的药物疗效及毒性预测基因的多态性方法的建立  41-71
  4.1 背景  41-50
    4.1.1 药物相关信息  41-45
    4.1.2 高分辨率溶解曲线  45-50
  4.2 本研究的目的与意义  50
  4.3 高分辨率溶解曲线检测氟尿嘧啶类药物毒性相关基因的方法的建立  50-57
    4.3.1 材料与仪器  50-51
    4.3.2 实验方法  51-53
    4.3.3 实验结果与分析  53-57
    4.3.4 结果与讨论  57
  4.4 阳性质控的建立与应用(以DPYD~*5和~*9A两个位点为例)  57-69
    4.4.1 仪器与材料  58-59
    4.4.2 实验方法  59-63
    4.4.3 实验结果与分析  63-65
    4.4.4 利用建立好的HRM方法及阳性指控检测未知样本的基因型  65-69
  4.5 本章小结  69-71
全文总结  71-73
参考文献  73-83
附录  83-84
致谢  84

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