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银鲳微卫星标记开发及群体遗传结构分析

作　者: 秦玉
导　师: 王日昕
学　校: 浙江海洋学院
专　业: 海洋生物学
关键词: 银鲳微卫星标记遗传多样性群体遗传结构
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

银鲳作为我国名贵的海洋经济鱼类之一，深受广大消费者喜爱。然而，由于过量的市场需求以及其它经济鱼类的减少，使银鲳的捕捞量急剧上升；再加上近年来海洋环境污染等因素的影响，银鲳资源总量严重下降。为了调查和评估我国沿海海域银鲳群体遗传多样性和群体遗传结构的现状，探讨银鲳资源的管理、保护与合理开发方案，本研究采用微卫星标记开展了银鲳的遗传多样性和群体遗传结构研究。本研究利用FIASCO法（Fast isolation byAFLP of sequences containing repeats）构建了(CA)12和(AG)12银鲳微卫星序列富集文库，通过克隆测序等方式获得了54条含有微卫星的序列，并设计合成了34对引物，经过引物筛选获得了13对具有多态性的微卫星标记引物。选取30个银鲳个体的基因组DNA对这13个微卫星位点的遗传多样性进行评估，结果显示，13个微卫星位点的等位基因数为3-10，平均值为5.46；有效等位基因数为2.71-9.23，平均值为4.71。观测杂合度和期望杂合度的值分别为0.09-0.36和0.64-0.91。由于无效等位基因的存在以及选取样本存在亲缘关系等原因，其中有四个位点偏离了哈温平衡。从分析结果得出，这13个微卫星位点都可以作为理想的分子标记，来检测和分析不同群体的银鲳遗传多样性和群体遗传结构。利用本研究得到的13个具有多态性的微卫星标记，对来自于东海、黄海和渤海的7个银鲳群体(分别来自舟山、象山、宁海、乐清、青岛、日照、莱州)的遗传多样性和种群结构进行分析。分析结果表明，银鲳具有较高的遗传多样性，而且群体遗传结构分析表明遗传分化与群体的地理分布相吻合。13个具有多态性的微卫星位点共检测出71个等位基因，其平均值为5.46；每个位点的有效等位基因的平均数目为4.91。13个多态性微卫星位点的多态信息含量的值为0.58-0.88。根据AMOVA的分析结果显示，92.45%的遗传变异出现在群体内部之间，即群体间的遗传变异比较小，不过该物种遗传分化依旧达到了比较高的水平（P<0.01）。根据UPGMA的聚类图显示，7个不同银鲳群体被明显的分成三个分支。其中，舟山、象山、温岭和乐清的聚为一类，日照、青岛和莱州的聚为一类，而之后莱州群体与青岛和日照群体也分为了两个分支。这样的聚类结果与银鲳群体的地理分布相吻合。Structure的分析结果同UPGMA一致，不过该分析结果还显示7个群体分支之间都存在着些许的相互交叉和渗透。这样的结果表明不同海域之间的地理隔离也许不是绝对的，存在着少量的基因交流。上述结果表明银鲳群体存在着比较高的遗传多样性，又表明地理隔离对于银鲳群体间基因交流影响比较大，但是由于地理隔离的不完全性，不同海域之间的相同物种之间还是可以发生少量的基因交流。

全文目录

摘要  8-10
ABSTRACT  10-14
引言  14-15
第一章文献综述  15-22
  1.1 银鲳概述  15
    1.1.1 银鲳的形态学特征以及种群分布  15
    1.1.2 银鲳的经济营养价值  15
  1.2 银鲳研究进展  15-17
    1.2.1 生理生态及表型研究进展  16-17
    1.2.2 银鲳遗传多样性研究进展  17
  1.3 微卫星标记及其开发技术  17-19
    1.3.1 微卫星标记简介  17-18
    1.3.2 微卫星标记的获得方法  18-19
  1.4 微卫星标记在海洋生物遗传学当中的应用  19-21
    1.4.1 遗传多样性分析  20
    1.4.2 遗传图谱的构建  20
    1.4.3 功能基因定位和 QTL 分析  20-21
    1.4.4. 系谱认证  21
  1.5 本研究的目的和意义  21-22
第二章银鲳微卫星文库构建和多态性位点筛选  22-39
  2.1 实验材料  22
  2.2 主要试剂以及相关仪器  22-23
    2.2.1 主要试剂  22
    2.2.2 主要仪器  22-23
  2.3 实验方法  23-28
    2.3.1 基因组 DNA 提取  23-25
    2.3.2 运用 FIASCO 法构建银鲳微卫星文库  25-28
    2.3.3 银鲳微卫星位点的多态性评估  28
  2.4 结果  28-33
    2.4.1 银鲳基因组 DNA 的提取和酶切  28-30
    2.4.2 酶切产物纯化和大肠杆菌培  30-31
    2.4.3 菌落 PCR 的电泳检测  31
    2.4.4 银鲳多态性微卫星筛选和分析  31-33
  2.5 讨论  33-39
    2.5.1 基因组 DNA 的提取和酶切  33-34
    2.5.2 微卫星序列的特征和筛选  34
    2.5.3 微卫星引物设计  34-35
    2.5.4 PCR 反应体系和条件的优化  35-36
    2.5.5 多态性微卫星的检测和分析  36-37
    2.5.6 微卫星位点的多样性分析  37-39
第三章银鲳遗传多样性和群体遗传结构分析  39-49
  3.1 实验材料  39-40
  3.2 主要试剂以及相关仪器  40
    3.2.1 主要试剂  40
    3.2.2 主要仪器  40
  3.3 实验方法  40-41
  3.4 数据分析  41
  3.5 结果  41-44
    3.5.1 微卫星多态性和遗传多样性  41-43
    3.5.2 群体遗传结构分析  43-44
  3.6 讨论  44-49
    3.6.1 物种遗传多样性的决定因素  44-47
    3.6.2 银鲳群体遗传结构的特征和意义  47
    3.6.3 群体遗传多样性研究对于保护遗传的意义  47-49
结论  49-50
参考文献  50-54
致谢  54-55
在读期间发表的学术论文及研究成果  55

银鲳微卫星标记开发及群体遗传结构分析

内容摘要

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