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湖羊、同羊遗传检测的研究

作　者: 孙伟
导　师: 常洪；杨章平
学　校: 扬州大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 湖羊同羊遗传检测结构基因座微卫星DNA 形态特征生态特征
分类号: S826
类　型: 硕士论文
年　份: 2002年
下　载: 69次
引　用: 16次
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内容摘要

1．以“中心产区典型群随机抽样”的方法，对湖羊、同羊进行遗传检测，从表1中可知，在湖羊14个基因座共计30个等位基因中除Po~F、Tf~A、Tf~F、Hb-β~A、CA~F和Ke~L基因频率估计值可靠性分别为0.5222、0.7458、0.5222、0.6212、0.899和0.9070外，其余24个等位基因频率估计值不偏离实有值的可靠性均在95％以上(占全部的80％)。在同羊所检测的14个座位中，11个座位存在多型，群体基因频率的样本估计值及其不偏离实际值0.5倍的可靠性以及可靠性达0.9545时的精确度(相对偏差)如表2。从表2中可知，在同羊14个基因座位共计28个等位基因中除Tf~A、Tf~E和CA~F基因频率估计值可靠性分别为0.9312、0.6922和0.7924外，其余25个等位基因频率估计值不偏离实有值的可靠性均在95％以上(占全部的89.29％)，因此，这些资料可用作亲缘关系分析的基础。在对样本抽样时，除了考虑适当的抽样规模，也应考虑总体的实际状况和实验目的以及实验经费的使用效率。中心产区典型群随机抽样是在特定遗传背景下一种有效的抽样方式，是对既有的遗传检测的抽样方法的丰富和补充。 2．以湖羊、同羊为研究对象，以其近缘物种山羊作为分析背景。对其基因组DNA进行结构基因座和微卫星位点两个层次的遗传检测，计算涉及群体内的遗传指标：杂合度、多型信息含量和有效等位基因数；涉及群体间的遗传指标：标准遗传距离。从所揭示的变异性水平、检测工艺及在检测亲缘关系的适应范围等3个方面对基因组DNA的两个层次的遗传检测进行了比较和探讨。 3．湖羊为研究对象，搜集国内外9个亚洲绵羊群体和5个日本的欧洲绵羊群体的相同资料作为对照，根据10个结构基困座位共计33个等位基因的频率，进行经典聚类分析。研究表明，分布于中亚以东南的绵羊群体可划分为“蒙古羊”、“南亚羊”和“欧洲羊”三大系统，中国湖羊与蒙古羊亲缘关系最近。在将中亚以东南绵羊群体划分为“蒙古羊”、“南亚羊”和“欧洲羊”三大集团的既有研究结论的基础上，论证了这一广阔地域的血统两个判别式；以9个群体10个结构基因座33个等位基因频率的为例对这两个判别式进行验证。根据遗传贴近度的思想确定判别式2为最理想的判别式。以该式判别一个未知群体的血统是否符合已知的畜牧学逻辑，结果肯定判别式2定义的遗传贴近度是中亚以东南绵羊群体血统判别的可靠依据，可以反映湖羊、同羊和云南绵羊扬州大学硕士学位论文的血统育成过程。以湖羊同羊及其近缘种山羊为研究对象，分别对其14个结构基因座和7个微卫星标记的资料进行模糊聚类分析，结果两个层次的模糊聚类图相似，但显示群体分化水平的入值不同。以湖羊、同羊及其近缘种山羊的14个结构基因座、7个微卫星标记合计217个指标为研究对象，进行主成分分析，并用构造的各群体主成分值计算群体间的欧氏距离，采用最短距离法进行R型系统聚类。结果第一特征根的贡献率为68.0695%，而第二特征根的贡献率为31.9305%。前二个特征根的信息完全可以代替己有的信息;系统聚类结果符合群体间的遗传分化关系。据此，从聚类分析与模式判别的评价、经典聚类与模糊聚类的评价及主成分分析下的综合聚类分析的评价3个方面对群体系统地位的评价方法进行了探讨。 4.以湖羊血钾和其它13个编码结构座位为研究对象，采用“显隐性一显隐性”和“显隐性一共显性”两种数据模型，进行独立性测验，为探讨多座位基因型非随机分布的形成机制，进行遗传共适应和连锁不平衡检测，为其应用于动物遗传资源检测评价提供参考依据。研究表明绵羊血钾遗传分化程度在其高低的各自特定范围内受到多种因素的影响;在“显隐性”一“显隐性模型”中，未发现血钾与基它座位有相关性;在“显隐性”一“共显性模型”中，发现Ke与Tf座位存在极显著的相关性，Tf座位不处于Hardy一wenbe嗯平衡状态，其中原因有待进一步研究。 5.分别以群体为研究对象进行Q型系统聚类，与以群体的指标为研究对象，构造主成分值，再以主成份为研究对象进行R型系统聚类，均可一定程度上揭示群体间的遗传分化，得到了与中国绵羊亲缘系统既有知识相吻合的结果。以群体的数量指标为研究对象，通过Q型系统聚类分析，可以发现海拔与年降水量是影响绵羊分布的两个重要指标，这与以群体为研究对象进行Q型系统聚类及与以群体的指标为研究进行的主成份分析所提供的信息基本一致，而且不必进行烦琐的计算。生态因子是畜禽品种区域分类的一个重要方面。形态、生态学资料难以准确地判明群体间亲缘程度，但是形态、生态资料在品种划分中的权重却是不可忽视的，可以作为其它遗传标记的聚类分析的辅助资料。 6.以湖羊、同羊为研究对象，以其近缘物种山羊作为参照对象。根据检测得到的14个结构基因座的资料，本实验提出一种新的判别群体间亲缘程度的思路，即可以求其亲缘距离系数，用亲缘距离系数表示群体间的亲缘程度完全符合任何物种界定下的品种间都有不同程度的血统关系及品种血统构成的实际，可以快速简捷地评价群体间的亲缘关系远近程度。 7.以湖羊、同羊及山羊的7个微

全文目录

中文摘要  3-5
英文摘要  5-9
0 引言  9-13
1 抽样方法的研究  13-17
  1.1 材料与方法  13
  1.2 统计分析  13
  1.3 结果分析  13-16
  1.4 讨论  16
  1.5 结论  16-17
2 基因组DNA检测方法的研究  17-32
  2.1 材料与方法  17-19
  2.2 统计分析  19-20
  2.3 结果  20-29
  2.4 结构基因座与微卫星位点的比较的探讨  29-32
3 群体系统地位评价方法的研究  32-45
  3.1 试验材料  32-35
  3.2 统计分析方法  35-38
    3.2.1 经典聚类  35
    3.2.2 模式判别  35-38
    3.2.3 模糊聚类  38
    3.2.4 主成份分析下的多层次综合聚类分析  38
  3.3 结果  38-43
  3.4 讨论  43-45
4 绵羊血钾及其与其它结构基因座遗传共适应检测方法的初步探讨  45-50
  4.1 方法  45
  4.2 统计分析  45-46
    4.2.1 单座位的Hardy-wenberg平衡检测  45
    4.2.2 计算Ke座位的基因分化系数(Gst)  45
    4.2.3 Ke座位与其它结构基因座的独立性测验  45-46
  4.3 结果与分析  46-48
  4.4 结论  48-50
5 形态及生态环境特征的检测方法的研究  50-55
  5.1 材料与方法  50-51
  5.2 结果与讨论  51-54
  5.3 结论  54-55
6 群体间亲缘程度评价方法的探讨  55-56
  6.1 材料与方法  55
  6.2 统计分析  55
  6.3 结果  55
  6.4 讨论  55-56
7 绵羊与山羊进化关系初步研究的探讨  56-58
参考文献  58-62
致谢  62-63
攻读硕士学位期间发表的学术论文目录  63

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