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传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列测定与分析

作　者: 宋翥远
导　师: 卿上田；黎满香；周继勇
学　校: 湖南农业大学
专　业: 预防兽医学
关键词: 传染性支气管炎病毒分离株全基因组 S基因
分类号: S852.65
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 64次
引　用: 1次
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内容摘要

本实验室在1996-2008年间从浙江、安徽、四川等四个省市大型养殖场疑似传染性支气管炎(IB)的病死鸡中,采集了腺胃、肾脏、扁桃体、输卵管等病料,从这些病料共分离到32株传染性支气管炎病毒(IBV)。本研究在此基础上,对其中的一个肾病变型毒株JH06111进行全基因组测序及分析,并对其中有代表性的其他12株分离扩增S基因,进行基因序列分析研究。为研究IBV变异株的基因组及其变异特征,本实验通过基因扩增拼接的方法获得了肾病变型毒株JH06111的全基因组序列。序列分析表明,JH06111全长基因组大小为27,524bp,具有典型的IBV病毒基因编码特征5’-1a-1b-S(S1, S2)-3a, b, c(E)-M-5a, b-N-Poly(A)-3’,编码6个不同基因。通过与其他参考毒株的全长基因组比较分析,发现该IBV毒株基因组不仅在nsp2～nsp4、S～3b、基因组间区域(IG)到5a三个高核苷酸替代区域存在变异,而且在nsp3、E、M等区域也有大量核苷酸插入的现象,其中E、M基因的5′端各有10个氨基酸的插入,这个插入特性在IBV中是没有报道过的。同源性分析表明JH06111与肾型毒株SC021202同源性最高为89.9%,同肾型毒株TW2575／98同源性最低为85.5%。在JH06111的6个基因中,除了基因6与SC021202毒株的基因有99.3%的同源外,其他基因与选择的参考株都存在不同程度的变异。全基因组系统进化树分析表明,JH06111与LX4毒株亲缘关系最近,与疫苗株H52亲缘关系较远。此外,JH06111整个基因组广泛分布着重组位点"CT(T/G)AACAA"。综上所述,JH06111是一个具有独特变异特征的IBV新的变异株。

全文目录

中文摘要  6-7
英文摘要  7-8
缩略词  8-9
第一部分文章综述  9-26
  1 传染性支气管炎流行病学的国内外研究现状  9-12
    1.1 传染性支气管炎的国外流行情况  9-11
    1.2 传染性支气管炎的国内流行情况  11-12
  2 传染性支气管炎病毒的病原生物学研究  12-14
    2.1 传染性支气管炎病毒的分类地位  12
    2.2 IBV的粒子结构  12-14
  3 IBV的生物学特性  14-15
    3.1 IBV的理化特性  14
    3.2 血凝性  14-15
  4 IBV的临床特征、组织嗜性和病理学特征  15-16
    4.1 肾型  15
    4.2 呼吸型  15
    4.3 腺胃型  15
    4.4 肠型  15-16
    4.5 变异型  16
  5 IBV的检测方法  16-18
    5.1 病原学诊断  16-17
    5.2 血清学诊断  17-18
    5.3 分子生物学诊断技术  18
  6 IBV的分子生物学  18-26
    6.1 IBV基因组结构  18-20
    6.2 IBV非编码区与编码蛋白的生物学功能  20-23
    6.3 结构蛋白  23-26
第二部分研究内容  26-61
  1 材料  27-28
    1.1 病料及分离的病毒  27
    1.2 主要试剂  27-28
  2 方法  28-34
    2.1 病毒的分离  28
    2.2 增殖与纯化  28
    2.3 化病毒RNA的抽提  28-29
    2.4 引物设计  29-31
    2.5 cDNA第一条链合成的方法  31
    2.6 PCR扩增体系  31
    2.7 PCR产物的纯化回收  31-32
    2.8 连接  32
    2.9 感受态制备(CaCl2法)  32-33
    2.10 转化  33
    2.11 鉴定  33
    2.12 序列的测定  33
    2.13 序列分析  33
    2.14 参考毒株的IBV基因序列  33-34
  3 结果分析  34-47
    3.1 IBV JH06111株分离株致鸡胚病变  34-35
    3.2 电泳鉴定结果  35-36
    3.3 IBV JH06111株全基因组大小与结构  36-38
    3.4 全基因组同源性及系统进化树分析  38-41
    3.5 基因重组分析  41-44
    3.6 分离株S基因序列的变异情况  44-46
    3.7 S蛋白糖基化位点及结构分析  46-47
  4 系统进化分析  47-57
    4.1 JH06111毒株与参考毒株全基因组的遗传进化树分析  47
    4.2 JH06111毒株与参考毒株lab序列的遗传进化树分析  47
    4.3 IBV分离株与参考毒株S基因的遗传进化树分析  47-57
  5 讨论  57-61
    5.1 基因1  57-58
    5.2 基因2  58-60
    5.3 基因4和基因6  60-61
参考文献  61-68
附录  68-76
致谢  76

传染性支气管炎病毒变异株全基因组序列测定与分析

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