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一组新的桉树EST-SSR标记开发及遗传图谱的整合

作　者: 周长品
导　师: 甘四明
学　校: 中国林业科学研究院
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 桉树 EST-SSR 混合克隆测序 遗传图谱
分类号: Q943.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 34次
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内容摘要


目前桉属中EST-SSR标记还比较少,本研究利用从GenBank中下载的桉属EST序列,经过序列拼接,共新合成引物266对,利用尾叶桉×细叶桉作图群体的P2对新合成的引物进行PCR条件优化,其中203对有PCR产物。此外,何旭东（2010）优化好的但通过直接测序未完成EST-SSR标记开发的420对引物一起用于本研究实验中。PCR筛选成功的623个EST-SSR进行混合克隆测序,389对引物测序序列较好。测序结果与源EST序列各自比对,295对引物成功测序并含有SSR,94对引物经测序确认存在PCR误扩增现象。将新开发EST-SSR标记对应的EST用BlastX程序对其进行基因功能注释上的非冗余蛋白质序列数据库进行同源比对分析。在E值<e-5,经过BlastX分析,191条EST序列与已知基因同源（64.7%）,40条EST序列具有推断功能（13.6%）,64条EST序列没有注释信息（21.7%）。利用295对新开发的标记检验桉属不同亚属的通用性情况表明,273个标记有效地检测到等位基因并得到1958个等位片段。258个有多态性的EST-SSR标记其观测杂合度（Ho）平均值为0.4118,变化范围为0-1;期望杂合度（He）变化范围为0.0417至0.9477,平均为0.6331;多态性信息含量（PIC）从0.04到0.6234不等。273个标记中,有148个在作图群体的132个子代中有分离,结合前期已进行桉树遗传作图的STS标记,利用Mapmaker 3.0作图软件分别构建尾叶桉和细叶桉的遗传图谱。尾叶桉图谱包含227个标记（70个为本文开发的标记）,基因组长度为2520.6cM;细叶桉图谱包括214个标记（66个为本文开发的标记）,基因组长度为2608.2cM。

全文目录


摘要  5-6
ABSTRACT  6-13
第一章 绪论  13-21
  1.1 引言  13-15
    1.1.1 研究背景  13-14
    1.1.2 研究目的和意义.  14-15
    1.1.3 项目来源与经费支持.  15
  1.2 国内外研究现状与评述  15-18
    1.2.1 分子标记概述  15-16
    1.2.2 林木遗传图谱构建概述  16-18
  1.3 研究目标和主要研究内容  18-19
    1.3.1 研究目标  18-19
    1.3.2 主要研究内容.  19
  1.4 研究技术路线  19-21
第二章 桉树EST-SSR 标记再测序条件优化  21-33
  2.1 材料与方法  21-24
    2.1.1 实验材料  21-22
    2.1.2 DNA 提取  22
    2.1.3 EST 序列、引物序列  22
    2.1.4 PCR 条件优化  22
    2.1.5 PCR 产物纯化和直接测序  22-23
    2.1.6 PCR 产物混合克隆与测序  23-24
  2.2 结果与分析  24-28
    2.2.1 PCR 产物直接测序  24-27
    2.2.2 混合克隆测序  27
    2.2.3 EST-SSR 标记的开发  27-28
  2.3 讨论  28-33
第三章 桉树EST-SSR 标记开发  33-48
  3.1 材料与方法  33-37
    3.1.1 EST-SSR 位点查找及引物设计  33-34
    3.1.2 植物材料与DNA 提取  34-35
    3.1.3 PCR 优化  35
    3.1.4 EST 重测序  35-36
    3.1.5 标记多态性分析  36
    3.1.6 数据分析  36-37
  3.2 结果与讨论  37-45
    3.2.1 EST-SSR 位点查找及引物PCR 优化  37-38
    3.2.2 EST 重测序  38-41
    3.2.3 新开发标记的功能注释  41-43
    3.2.4 EST-SSR 标记多态性和杂合性  43-44
    3.2.5 桉属不同亚属的亲缘关系聚类  44-45
  3.3 结论与讨论  45-48
第四章 新的EST-SSR 标记在尾叶桉和细叶桉遗传图谱上的整合  48-64
  4.1 材料与方法  48-49
    4.1.1 实验材料  48
    4.1.2 实验方法  48-49
  4.2 结果与分析  49-55
    4.2.1 EST-SSR 引物的多态性筛选  50
    4.2.2 标记分离情况分析  50-51
    4.2.3 图谱构建整合  51-54
    4.2.4 偏分离标记分析  54
    4.2.5 细叶桉和尾叶桉两亲本图谱比较  54-55
  4.3 结论与讨论  55-64
第五章 总结  64-66
  5.1 再测序验证SSR  64-65
    5.1.1 再测序条件的优化  64
    5.1.2 再测序结果的分析  64-65
  5.2 新开发EST-SSR 标记的多态性分析  65
  5.3 尾叶桉和细叶桉遗传图谱整合  65-66
参考文献  66-72
附录  72-118
在读期间的学术研究  118-119
致谢  119-120
摘要  120-121

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中图分类: > 生物科学 > 植物学 > 植物细胞遗传学 > 植物基因工程
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