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DNA条形码技术在青海省小型兽类及寄生蚤鉴定中的应用研究

作　者: 马英
导　师: 鲁亮
学　校: 中国疾病预防控制中心
专　业: 公共卫生
关键词: DNA条形码技术小型兽类蚤鉴定
分类号: Q95-3
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

小型兽类是鼠疫、流行性出血热、地方性斑疹伤寒、钩端螺旋体病、莱姆病、野兔热、恙虫病等自然疫源性疾病的传播媒介。其体表寄生蚤也是重要的医学昆虫类群之一,能传播多种传染病和侵袭病,特别是作为鼠疫这种烈性传染病的传播媒介,对蚤类的研究更有着重要的医学意义。青海省物种丰富,现已查明经济动物250多种,小型兽类80多种,蚤类近160种。共发现有鼠疫、布鲁氏菌病、棘球蚴病、炭疽、斑疹伤寒5种自然疫源性疾病。鼠疫疫源地空间结构复杂多样,疫源地性质稳固。目前全省动物分类体系沿用传统形态学分类方法,形态学特征不仅受到遗传因素影响,还与外界环境因素、生物体发育阶段,器官组织形态、遗传距离等诸多因素密切相关,有很大局限性。如果疫源地发生鼠疫时其传染源形态难以辨认,或仅有动物脏器、材料腐败时也极需分子生物学分类鉴定方法作为技术支持来解决现场困境。本文以此为切入点,对青海省海东地区小型兽类和寄生蚤属总计2纲4目10科31属35种148个样本进行COI的部分序列进行了测定,Clustal X软件进行多重序列比对,Mega 4软件进行序列组成分析,采用NJ法构建系统发育树。最终得到以下结果：1.青海省海东地区啮齿动物及体表寄生蚤分布区系关系密切,均呈现由黄土高原向青藏高原过渡的特点；2.本研究共测得18种小型兽类测得COI基因部分序列,分析其遗传距离可知种内遗传距离≤3%,种间遗传距离6-10%,属间遗传距离12-19%,科间遗传距离大于20%,种间遗传距离显著地大于种内遗传距离；3.本研究共测得17种蚤COI基因部分序列,分析其遗传距离可知种内遗传距离≤3%,种间遗传距离5-11%,不同科属间遗传距离大多在12-23%之间,种间遗传距离显著大于种内遗传距离；4.NJ树显示同一物种的不同个体均形成高支持率的单系,种间分支很明显,说明啮齿动物线粒体CO1基因是一个有效的DNA条形码标准基因；5.本研究分子鉴定发现青海省有黄胸鼠的存在,追溯青海动物记载和相关公开发表文献,尚未见相关记录,说明此次黄胸鼠发现可添补省内新记录。

全文目录

中文摘要  6-8
Abstract  8-10
第一章引言  10-20
  1.1 小型兽类  10-12
    1.1.1 食虫目  10-11
    1.1.2 啮齿动物  11-12
  1.2 蚤目  12-14
    1.2.1 概况  12-13
    1.2.2 蚤目形态特征  13
    1.2.3 蚤目的起源及分类系统  13-14
  1.3 DNA条形码技术研究进展  14-17
    1.3.1 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)基因的选定  14-15
    1.3.2 DNA条形码的工作流程及其优势  15-16
    1.3.3 条形码技术的研究进展及其应用前景  16-17
  1.4 分子系统学和分子进化  17-20
    1.4.1 分子系统学和进化研究中的一些基本论点  18-19
    1.4.2 分子谱系树的构建与检验  19-20
第二章青海省海东地区小型兽类及体表寄生蚤现场调查  20-27
  前言  20
  2.1 材料与方法  20-22
    2.1.1 样区概况  20-21
    2.1.2 生境组成  21
    2.1.3 样地选择  21
    2.1.4 捕获小兽  21
    2.1.5 小型兽类分类鉴定  21-22
    2.1.6 蚤类分类鉴定  22
  2.2 结果  22-25
    2.2.1 青海省海东地区小型兽类地区、年龄和性别组成  22-24
    2.2.2 青海省海东地区小型兽类不同生境组成  24
    2.2.3 寄生蚤采集结果  24-25
  2.3 讨论  25-27
第三章 DNA条形码技术对青海海东地区小型兽类鉴定研究  27-46
  前言  27-28
  3.1 材料与方法  28-33
    3.1.1 实验仪器  28
    3.1.2 实验试剂  28
    3.1.3 DNA模板制备  28-29
    3.1.4 PCR检测鉴定  29-31
    3.1.5 PCR扩增产物  31-32
    3.1.6 纯化与回收  32-33
    3.1.7 测序  33
    3.1.8 实验数据处理和分析  33
  3.2 结果  33-44
    3.2.1 小型兽类COI基因部分序列数据描述  33-40
    3.2.3 构建系统树  40-44
  3.3 讨论  44-46
第四章 DNA条形码技术用于青海省海东地区蚤类鉴定研究  46-56
  前言  46
  4.1 材料与方法  46-51
    4.1.1 实验主要仪器  46
    4.1.2 实验试剂  46
    4.1.3 DNA模板制备  46-47
    4.1.4 PCR检测鉴定  47-48
    4.1.5 扩增结果  48-49
    4.1.6 克隆构建  49-50
    4.1.7 测序  50-51
    4.1.8 实验数据处理和分析  51
  4.2 结果  51-54
    4.2.1 蚤类COI基因部分序列数据描述  51-52
    4.2.2 COI碱基替换饱和性分析及系统发育树的建立  52-54
  4.3 讨论  54-56
小结  56-59
参考文献  59-63
附录1 青海省现场采样点地理位置空间示意图  63-64
附录2 硕士期间发表论文  64-65
致谢  65

DNA条形码技术在青海省小型兽类及寄生蚤鉴定中的应用研究

内容摘要

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