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条石鲷微卫星性别特异标记筛选及子代家系的遗传分析

作　者: 孙鑫序
导　师: 楼宝
学　校: 浙江海洋学院
专　业: 海洋生物学
关键词: 条石鲷 性别特异标记 微卫星 扩增片段长度多态性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2014年
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内容摘要


条石鲷是我国重要的海水养殖鱼类，主要分布在黄海、东海和台湾海峡。因其具有较高的商业价值和观赏价值，条石鲷的人工养殖在近几年发展迅速。为了条石鲷养殖业的可持续发展以及保护野生资源的需要，本文从分子育种的实际需求出发，主要在以下三个方面展开研究：1.开发多态微卫星标记；2.筛选性别连锁的微卫星标记，建立遗传性别鉴定方法；3.分析AFLP标记在亲代及子代家系的遗传规律，旨在为构建高密度遗传连锁图谱奠定基础。主要研究结果如下：1.多态微卫星标记开发采用FIASCO方法构建了1个SSR富集文库：(CA)10从中挑取100个单克隆进行PCR鉴定，有70个是阳性克隆，阳性率是70%。挑取60个克隆进行测序，测序结果获得49条序列含有微卫星，阳性序列比例为81.7%，对这60条序列进行自身比对，网上BLAST比对后，成功设计了17对引物，最终获得了了15对多态性微卫星引物。等位基因数从4到9之间。位点的观测杂合度(Ho)处于0.267~0.767之间，平均为0.516；位点的期望杂合度(He)0.395~0.859，平均为0.724。11个微卫星位点符合Hardy-Weinberg平衡。15个位点均不存在连锁不平衡现象。2.性别连锁微卫星标记的筛选筛选到条石鲷性别连锁的微卫星标记，发现了雄性特异的等位基因，并针对该等位基因设计了特异引物，建立了基于微卫星技术的条石鲷遗传鉴别方法。此方法具有准确、灵敏、可靠等优点，不仅对鱼类性别决定机制研究具有重要科学价值，而且对鱼类性别控制和选择育种具有重要的意义和应用价值。3.AFLP标记在亲代及子代家系的遗传规律分析采用14对AFLP选择性引物在条石鲷家系中共扩增出528个位点，其中多态位点227个，多态比例为42.9%。在227个分离的位点中，符合孟德尔遗传规律的位点共138个。偏分离的位点89个。分离比为3:1的位点共有118个，占分离位点数的52.9%。分离比为1:1的位点109个，占分离位点数的48.0%，14对引物检测到有效等位个数在1.1146~1.4326之间；Shannon多样性指数在0.1393~0.1919之间；Nei’s基因多样性指数0.0836~0.1116之间。本研究结果为条石鲷遗传图谱的构建和分子标记辅助育种奠定基础。

全文目录


摘要  8-9
Abstract  9-11
目录  11-13
第一章 文献综述  13-21
  1.1 分子标记简介  13-16
    1.1.1 限制性片段长度多态性(RFLP)标记  13
    1.1.2 随机扩增多态性 DNA(RAPD)  13-14
    1.1.3 微卫星 DNA(microsatellite DNA)  14
    1.1.4 扩增片段长度多态性(AFLP)  14
    1.1.5 线粒体 DNA (Mitochondrial DNA，mtDNA)  14-15
    1.1.6 单核苷酸多态性(SNP)  15
    1.1.7 表达序列标签 (EST)  15
    1.1.8 相关序列扩增多态性（SRAP)  15-16
    1.1.9 靶位区域扩增多态性（TRAP）  16
  1.2 微卫星分子标记的筛选方法  16-17
    1.2.1 经典法  16
    1.2.2 富集法  16-17
    1.2.3 省略筛库法  17
    1.2.4 数据库搜索法  17
    1.2.5 跨种扩增法  17
  1.3 微卫星和 AFLP 分子标记在鱼类遗传育种中的应用进展  17-19
    1.3.1 鱼类遗传多样性分析及种质资源的评估  17-18
    1.3.2 亲缘关系的研究和个体识别  18
    1.3.3 鱼类遗传图谱的构建及目的基因定位  18-19
  1.4 鱼类性别相关基因及性别相关分子标记的研究进展  19-20
    1.4.1 性别相关基因  19
    1.4.2 性别相关分子标记的研究进展  19-20
  1.5 本文的研究目的和意义  20-21
第二章 条石鲷多态微卫星标记的开发  21-33
  2.1 材料与方法  21-29
    2.1.1 样品采集  21-22
    2.1.2 主要仪器设备  22
    2.1.3 主要试剂及配制方法  22-23
    2.1.4 实验方法  23-29
  2.2 实验结果与分析  29-31
    2.2.1 基因组 DNA 提取结果  29
    2.2.2 克隆与数据分析  29-31
  2.3 讨论  31-33
第三章 条石鲷性别连锁的微卫星标记的筛选  33-41
  3.1 材料和方法  34-36
    3.1.1 实验材料  34
    3.1.2 主要仪器设备和试剂  34
    3.1.3 实验方法  34-36
  3.2 实验结果  36-39
    3.2.1 条石鲷个体表型性别鉴定结果  36-37
    3.2.2 基因组 DNA 提取结果  37-38
    3.2.3 微卫星分子标记的筛选  38
    3.2.4 性别连锁微卫星分子标记的筛选  38-39
  3.3 讨论  39-41
第四章 AFLP 分子标记在条石鲷子一代家系中的遗传规律分析  41-49
  4.1 材料与方法  41-44
    4.1.1 实验材料  41
    4.1.2 主要仪器设备和试剂  41
    4.1.3 实验方法  41-44
  4.2 实验结果  44-47
    4.2.1 基因组 DNA 提取结果  44-45
    4.2.2 预选择性扩增产物  45
    4.2.3 AFLP 扩增结果  45-46
    4.2.4 孟德尔分离位点及偏分离位点  46-47
    4.2.5 条石鲷家系的遗传多样性  47
  4.3 讨论  47-49
结论  49-50
参考文献  50-57
附录  57-60
致谢  60-61
在读期间发表的学术论文及研究成果  61

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