学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

里氏木霉铜代谢相关基因克隆与功能分析

作　者: 傅科鹤
导　师: 陈捷
学　校: 上海交通大学
专　业: 植物学
关键词: 里氏木霉（Trichoderma reesei）铜代谢酰胺水解酶土壤重金属生物修复
分类号: Q78
类　型: 博士论文
年　份: 2013年
下　载: 169次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

木霉菌是土壤中普遍存在的习居菌，在植物病害生物防治和土壤农化污染修复中具有广泛的应用。然而木霉菌在与铜制剂农药协同防治植物病害、与肥料复合使用提高作物产量及修复重金属污染环境中，需要具备良好的铜耐受性或吸附性。因此，研究木霉铜代谢相关基因及其功能，揭示木霉菌耐受、吸附和转运铜的机理，为提高木霉菌在铜胁迫下的防病、修复环境效应奠定理论基础，对构建高效吸附或高耐受铜的工程菌也具有重要意义。本研究以基因组已测序的里氏木霉（Trichoderma reesei）QM6a为原始菌，克隆铜代谢相关基因，并通过改进的农杆菌介导转化技术（ATMT）构建、筛选高吸附铜的里氏木霉突变株，克隆高吸附铜相关基因，在遗传、生物化学和组学的尺度上明确其代谢功能和作用机制。主要的研究内容如下：1.高吸附铜突变株的构建与筛选对常规的农杆菌介导（ATMT）转化方法进行了改进，建立了一种高效筛选吸附铜突变株的方法。通过该方法，构建了1664株突变株，并从中筛选到一株高吸附铜突变株AT01，当培养基铜浓度为0.7mM时，AT01铜吸附率达到12.73mg/g（96.1%），而野生株（WT）吸附率仅为5.97mg/g（49.6%）。显微镜观察表明，AT01突变株胞内液泡数量明显多于WT，在铜胁迫下可富集较多的铜离子，胞内多余的铜离子储存在液泡中可减少铜对细胞的毒性作用，进而提高木霉菌对铜的耐受能力。2. Tad1基因克隆与功能分析通过反向PCR扩增获得的T-DNA插入片段侧翼序列并通过NCBI比对分析后获得基因Tad1。分析表明，该基因读码框含1533bp碱基，无内含子，在里氏木霉中为单拷贝，编码一个510氨基酸的蛋白，属于COG0420，为酰胺水解酶超家族成员。原核表达产物纯化后，进行酶活测定，结果表明：以腺嘌呤为底物时，酶活性最高，Km为0.66mM。RNA介导基因沉默和过表达分析表明：在1mM铜胁迫下，WT、AT01、过表达子(Ovex-Tad1)及沉默子（RNAi-Tad1）的铜吸附水平分别为7.5、14.1、12.3及4.9mg/g （P值为0.02，T-test）。在同浓度铜胁迫下，通过荧光定量PCR分析了RNAi-Tad1、Ovex-Tad1及AT01、WT中已知的酵母菌铜代谢相关基因的表达水平，结果表明：Trace、Trccs、Tratx、Trcox四个基因在Ovex-Tad1和AT01中均上调表达，而在RNAi-Tad1中，这些基因表达水平与野生株无明显差异。进一步通过HPLC分析WT、AT01、Ovex-Tad1、RNAi-Tad1中可与铜相结合的次黄嘌呤、黄嘌呤产生水平，发现与WT相比，Ovex-Tad1和AT01中两种次生代谢产物的产生均明显增加，而RNAi-Tad1产量低于野生株。上述研究从遗传和生化水平上说明该基因参与里氏木霉对铜的吸附过程。3. Tad1基因对铜代谢相关基因的调控作用通过表达谱芯片技术分析了AT01与WT在1mM铜胁迫下基因表达水平的差异，共获得624个上调基因，305个下调基因。根据NCBI对基因功能的分析，上调基因共分为22类。其中与铜代谢相关的基因主要有三类：（1）调控胞内离子平衡的基因。如胞内转运，细胞器跨膜运输相关基因26个（4.2%），无机离子运输及代谢相关基因25个（4.0%）。（2）耐受和解除重金属毒性作用的相关基因，如细胞解除重金属毒性相关基因有11个（1.8%）；与细胞耐受胁迫反应相关基因有11个（1.8%）；与细胞壁合成，细胞器的膜合成相关基因有8个（1.3%），这些基因可能参与铜的跨膜运送。对这8个基因进行了基因敲除，结果表明，其中一个基因被敲除后，菌体在铜胁迫下生长受到抑制，而且铜的吸附能力也低于WT，该基因功能有待进一步研究。（3）腺嘌呤脱氨酶功能及腺嘌呤代谢相关基因9个（1.4%）。为验证上述基因的表达水平，选择了上述铜代谢及腺嘌呤代谢相关基因中差异最显著的8个基因进行RT-PCR分析：①铁氧化酶蛋白（Fet3p），催化二个铁氧化成三价铁，1分子该酶需要4分子铜作为辅基。酵母菌研究表明，胞外铜离子浓度变化对该酶活性有明显影响。②谷胱甘肽转移酶，广泛分布于生物体内具多种功能的超家族酶，是真菌胞内非常重要的铜解毒肽类物质。主要催化谷胱甘肽（GSH）的结合反应。③细胞色素C氧化酶，存在线粒体内膜，是细胞呼吸链中非常关键的一个酶，在动物细胞凋亡过程起重要作用。该酶催化功能需要铜离子作为辅基。④Cccs同源蛋白。Cccs蛋白是酵母细胞内小分子多肽，主要功能是负责将胞内铜离子运送到SOD酶（超氧化物歧化酶）。与胞内铜解毒功能密切相关。⑤Tctr2基因，编码一个Ctr2同源基因，该基因在酿酒酵母中与亚铜离子液泡储存相关。⑥尿囊素酶基因，该基因催化尿囊素转变成尿囊酸，为腺嘌呤分解代谢下游关键酶。⑦磷酸核糖甲酰甘氨脒合酶属于腺嘌呤代谢途径中分支途径中一个酶，催化磷酸核糖焦磷酸（PRPP）转变为5`单磷酸盐肌苷（IMP）。⑧GTP（三磷酸鸟苷）环水解酶，催化GTP水解为单磷酸黄苷，腺嘌呤代谢途径中分支途径中一个酶。结果表明,与野生株相比，这些基因在过表达子和AT01中表达水平都比野生株提高2倍以上。4.胞内铜转运相关基因克隆及功能分析首次在里氏木霉菌中克隆并验证6个铜代谢调控因子及功能基因：Tmac1、Trace、Tctr3、Trccs、Tratx、Trcox。其中Tmac1与酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)Mac1蛋白同源，胞内高亲和铜转运调控因子；Trace与酵母Ace1蛋白同源，控制胞内金属蛋白的表达，参与胞内铜毒性的解毒；Tctr3与酵母跨膜蛋白Ctr3同源，参与铜的跨膜转运；Trccs与酵母Ccs1蛋白同源，特异性将铜转运到胞质中的抗氧化酶SOD；Tratx与酵母Atx1蛋白同源，能够与亚铜离子结合形成二聚体，将其传递给高尔基体；Trcox与酵母Cox17蛋白同源，通过两个中间蛋白因子介导，将亚铜离子传递给细胞色素C氧化酶。进一步研究表明Tmac1基因编码一个501氨基酸的蛋白。在蛋白C端具两个Cys-His重复序列结构，与铜结合有关。敲除该基因后，木霉菌生长缓慢且对铜饥饿敏感，基因回补后，功能得到完全恢复。将该基因回补到酵母突变株△Mac1能完全恢复酵母突变株耐受铜饥饿能力。Trace基因编码一个含405氨基酸的蛋白，蛋白含4个CXXC结构域，与铜结合有关。同时在蛋白N端含铜依赖型DNA结合结构域CVRGHR。酵母回补实验表明，该基因能够完全恢复酵母△Ace1的功能。Tctr3蛋白含178个氨基酸，具有3个跨膜结构域，N端含保守结构域MLLAM。Trccs、Tratx、Trcox分别编码三个小分子铜分子伴侣。Trccs编码248个氨基酸的蛋白，N端含保守结构域CXXCV，与铜结合功能相关酵母胞内铜相关分子伴侣同源。Tratx编码一条含82氨基酸的蛋白，N端具有保守结构域MTCXXC。Trcox编码61个氨基酸的蛋白。另外，Trace、Trccs、Tratx、Trcox这四个基因的表达水平变化可用于监测细胞内铜离子浓度的变化。综合上述实验结果提出Tad1基因参与木霉菌铜吸附和胞内铜代谢可能途径为：腺嘌呤脱氨酶（Tad1基因编码）催化木霉胞内腺嘌呤代谢途径中的次黄嘌呤及黄嘌呤合成，而这两种物质与胞内铜离子结合，导致细胞铜离子浓度低于正常水平。胞内自由铜离子浓度的微小改变激活了细胞内稳态调控网络，引起细胞泵入铜离子，而导致胞内铜离子浓度升高。铜浓度的升高，激活胞内转录因子Trace，调控胞内金属硫蛋白表达；同时，胞内铜相关分子伴侣Trccs、Tratx、Trcox表达上调，负责将胞内多余的铜离子转运到不同细胞器，解除胞内过量铜引起的细胞毒性。

全文目录

摘要  7-11
Abstract  11-21
第一章文献综述  21-44
  1.1 土壤重金属污染及危害  21-23
    1.1.1 土壤重金属污染的标准  21-22
    1.1.2 土壤重金属污染的危害  22-23
  1.2 土壤重金属污染的修复方法  23-30
    1.2.1 植物修复  25
    1.2.2 微生物修复  25-26
    1.2.3 木霉菌修复铜污染  26-30
  1.3 细胞铜代谢机理研究  30-39
    1.3.1 铜的跨膜运输  31-34
    1.3.2 胞内铜转运  34-37
    1.3.3 细胞内铜毒性解除  37
    1.3.4 宏基因组学方法应用于铜代谢相关基因的研究  37-39
  1.4 腺嘌呤脱氨酶研究进展  39-42
    1.4.1 酶胺水解酶家族概述  39-40
    1.4.2 腺嘌呤脱氨酶研究进展  40-41
    1.4.3 次黄嘌呤、黄嘌呤铜复合物  41-42
  1.5 本研究的意义、主要研究内容  42-44
第二章里氏木霉ATMT突变株构建及高吸附铜突变株筛选  44-56
  2.1 材料与方法  44
    2.1.1 菌株、质粒、试剂  44
    2.1.2 实验方法  44
  2.2 结果与分析  44-53
    2.2.1 铜对野生株致死浓度测定  44-45
    2.2.2 ATMT 构建高耐受铜突变株方法的改进  45-48
    2.2.3 突变株 AT01 铜吸附特性研究  48-51
    2.2.4 AT01 铜吸附的亚细胞观察  51-53
  2.3 结论与讨论  53-56
    2.3.1 优化后的 ATMT 方法大提高了目标突变株的构建效率  53-55
    2.3.2 液胞是木霉菌吸附铜的重要亚细胞结构  55-56
第三章里氏木霉菌吸附铜相关基因 Tad1 克隆与功能分析  56-67
  3.1 材料与方法  56
    3.1.1 菌株、质粒、试剂  56
    3.1.2 实验方法  56
  3.2 结果与分析  56-65
    3.2.1 T-DNA 插入侧翼序列的扩增  56-59
    3.2.2 Tad1 原核表达分析  59-62
    3.2.3 酶活测定  62-63
    3.2.4 Tad1 基因功能分析  63-65
  3.3 结论与讨论  65-67
    3.3.1 首次明确 Tad1 基因表达变化与木霉菌吸附铜密切相关  65-66
    3.3.2 T-DNA 整合导致 Tad1 基因表达上调  66-67
第四章 Tad1 基因调控铜吸附与铜代谢相关基因网络  67-82
  4.1 材料与方法  67
    4.1.1 菌株、质粒、试剂  67
    4.1.2 实验方法  67
  4.2 结果与分析  67-80
    4.2.1 差异基因表达分析  67-69
    4.2.2 表达上调基因分析  69-70
    4.2.3 胁迫应激相关基因  70
    4.2.4 铜代谢动态平衡调控相关基因  70-71
    4.2.5 嘌呤代谢相关基因  71-73
    4.2.6 RP-HPLC 测定胞内核苷浓度  73-75
    4.2.7 Tad1 基因调控里氏木霉胞内铜代谢网络  75-76
    4.2.8 部分跨膜转运及信号转导蛋白功能分析  76-80
  4.3 结论与讨论  80-82
    4.3.1 Tad1 基因过表达导致胞内铜离子浓度降低，引起细胞泵入铜离子  80-81
    4.3.2 基因芯片技术是揭示木霉菌调控铜代谢网络的重要工具  81-82
第五章里氏木霉铜转运及代谢相关基因功能分析  82-99
  5.1 材料与方法  82
    5.1.1 菌株、质粒、试剂  82
    5.1.2 实验方法  82
  5.2 结果与分析  82-97
    5.2.1 里氏木霉 Tmac1 基因的克隆  82-84
    5.2.2 Tmac1 基因敲除子筛选及验证  84-86
    5.2.3 Tmac1 基因互补子及荧光定位突变株的筛选及验证  86-87
    5.2.4 Tmac1 基因表达水平  87-88
    5.2.5 Tmac1 基因功能分析  88-90
    5.2.6 Tmac1 基因调控的目标基因 Tctr3 的克隆  90-91
    5.2.7 Tctr3 蛋白功能分析  91-92
    5.2.8 胞内其它铜代谢相关蛋白功能分析  92-97
  5.3 结论与讨论  97-99
    5.3.1 首次证明在里氏木霉菌中存在酵母菌铜代谢系统  97
    5.3.2 Trace、Trccs、Tratx、Trcox 四个基因可作为监测胞内铜离子变化指标  97-98
    5.3.3 Mac1 和 Ace1 在酵母菌和木霉菌中调控铜代谢机理存在差异  98-99
第六章全文总结与展望  99-104
  6.1 主要结论  99-102
  6.2 论文创新点  102
  6.3 展望  102-104
参考文献  104-119
攻读博士学位期间发表的论著与教材  119-122
  一、攻读博士学位期间发表和拟发表论文  119-120
  二、会议论文  120-121
  三、教材编写  121-122
附录实验仪器、设备与实验方法  122-138
  一、实验耗材、仪器、设备  122-123
  二、试剂  123-124
  三、培养基  124-126
  四、实验方法  126-138
致谢  138

里氏木霉铜代谢相关基因克隆与功能分析

内容摘要

全文目录

相似论文