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牛LXRα、FIAF基因多态性及其与生长性状的相关性研究

作　者: 李荣荣
导　师: 马云
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 遗传学
关键词: 牛 LXRα基因 FIAF基因 遗传多态性 关联分析
分类号: S823
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 37次
引　用: 1次
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内容摘要


本研究采用DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术对LXRα和FIAF两个候选基因在鲁西牛、郏县红牛、渤海黑牛、秦川牛、南阳牛和青海牦牛6个群体中共373个个体的遗传多态性进行检测,并分析了鲁西牛和郏县红牛基因遗传变异与其生长性状间的相关性,结果如下:1.牛LXRα基因遗传多态性分析在上述6个牛群体上对LXRα基因编码区进行遗传多态性检测,结果发现4处SNPs:LXRα-I1基因座1028T>C、LXRα-E2基因座1514T>C、LXRα-E4基因座2929G>A和LXRα-I5基因座3493T>C（与NC007313对照）,其中1514T>C位属于天冬氨酸的同义突变,2929G>A位属于脯氨酸的同义突变。1028T>C和1514T>C两个位点在5个黄牛群体中属于中度多态,青海牦牛群体中属于低度多态;2929G>A和3493T>C两个位点在6个牛群体中均属于低度多态。2.牛LXRα基因多态性与其生长性状间的关联分析牛LXRα基因遗传变异与鲁西牛和郏县红牛的体高、体重、体斜长等生长性状进行关联分析。对于LXRα-I1基因座,鲁西牛群体体高指标上TC基因型显著高于CC基因型（P<0.05）,体斜长指标上TC基因型极显著高于CC基因型（P<0.01）;郏县红牛群体不同基因型对生长性状的影响不显著（P>0.05）。对于LXRα-E2基因座,鲁西牛群体体高指标上TT基因型显著高于TC基因型（P<0.05）;郏县红牛群体体高、体斜长和腰角宽指标上TT基因型极显著高于TC基因型（P<0.01）,体重、胸围和腹围指标上TT基因型显著高于TC基因型（P<0.05）。对于LXRα-E4基因座,鲁西牛群体十字部高指标上GA基因型显著高于GG基因型（P<0.05）;郏县红牛群体不同基因型在各指标间差异不显著。对于LXRα-I5基因座,鲁西牛群体除坐骨端宽外的指标上TT基因型均显著高于CC基因型,这个结论有待进一步考证;郏县红牛群体不同基因型对各项指标差异不显著。3.牛FIAF基因遗传多态性分析应用PCR-SSCP和DNA测序技术在6个牛群体上FIAF基因编码区进行遗传多态性检测,结果发现3处SNPs:FIAF-E3基因座1422 T>C,属于亮氨酸>脯氨酸的错义突变;FIAF-E5基因座4899 C>T,属于丝氨酸的同义突变;FIAF-E6基因座5095 T>A,属于精氨酸的同义突变（对照NC007305）。其中1422 T>C位点仅鲁西牛和秦川牛群体属于中度多态,4899 C>T和5095 T>A两个位点在6个牛群体中均处于低度多态。4.牛FIAF基因多态性与其生长性状间的关联分析牛FIAF基因遗传变异与鲁西牛和郏县红牛的体高、体重、体斜长等生长性状进行关联分析。对于FIAF-E3基因座,鲁西牛群体体斜长、腰角宽和十字部高指标上TT基因型显著高于CC基因型（P<0.05）;郏县红牛群体在各项生长性状指标上差异都不显著。对于FIAF-E5和FIAF-E6基因座,鲁西牛和郏县红牛群体不同基因型对其生长性状的贡献差异不显著。

全文目录


摘要  6-8
ABSTRACT  8-13
第一章 文献综述  13-19
  1.1 肉牛业发展现状  13-14
  1.2 主要黄牛品种简介  14
    1.2.1 鲁西牛  14
    1.2.2 郏县红牛  14
    1.2.3 秦川牛  14
    1.2.4 南阳牛  14
  1.3 分子遗传标记  14-17
    1.3.1 单核苷酸多态性  15-16
    1.3.2 本试验所用的 SNPS 检测方法  16-17
  1.4 候选基因研究进展  17-19
    1.4.1 LXRα基因研究进展  17
    1.4.2 FIAF 基因研究进展  17-19
第二章 材料与方法  19-25
  2.1 材料  19
    2.1.1 试验动物  19
    2.1.2 体尺指标  19
  2.2 主要仪器设备与试剂  19
  2.3 试验方法  19-23
    2.3.1 生物信息学分析  19-20
    2.3.2 牛血样基因组DNA 的提取  20
    2.3.3 基因组DNA 浓度的检测  20
    2.3.4 构建混合样品DNA 池  20
    2.3.5 PCR 扩增  20-22
    2.3.6 PCR-SSCP  22
    2.3.7 PCR-RFLP  22-23
  2.4 统计分析方法  23-25
    2.4.1 遗传多态性指标分析  23-24
    2.4.2 关联分析统计模型  24-25
第三章 生物信息学分析  25-32
  3.1 牛LXRα基因的生物信息学分析  25-28
    3.1.1 牛与其他物种LXRα基因编码区序列的同源性分析  25
    3.1.2 牛LXRα基因编码区基本信息分析  25-26
    3.1.3 牛LXRα蛋白的氨基酸基本分析及理化性质  26-27
    3.1.4 牛LXRα蛋白的二级结构  27
    3.1.5 牛LXRα蛋白的高级结构  27-28
  3.2 牛FIAF 基因的生物信息学分析  28-32
    3.2.1 牛与其他物种FIAF 基因编码区序列的同源性分析  28
    3.2.2 牛FIAF 基因编码区基本信息分析  28
    3.2.3 牛FIAF 蛋白的氨基酸基本分析及理化性质  28-30
    3.2.4 牛FIAF 蛋白的二级结构  30-31
    3.2.5 牛FIAF 蛋白的高级结构  31-32
第四章 牛LXRα基因多态性及其与生长性状的关联分析  32-45
  4.1 基因组DNA 样品的检测  32
  4.2 牛LXRα基因的多态性检测  32-37
    4.2.1 牛LXRα基因的PCR 扩增结果  32-34
    4.2.2 牛LXRα基因SNPs 位点测序结果  34-35
    4.2.3 牛 LXRα 基因的 PCR-RFLP 结果  35-36
    4.2.4 牛 LXRα 基因的 PCR-SSCP 结果  36-37
  4.3 牛LXRα基因遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  37-42
    4.3.1 牛LXRα-I1 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  37-39
    4.3.2 牛LXRα-E2 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  39-40
    4.3.3 牛LXRα-E4 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  40-41
    4.3.4 牛LXRα-I5 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  41-42
  4.4 讨论  42-45
    4.4.1 牛LXRα基因遗传变异研究  43
    4.4.2 牛LXRα基因SNPs 与生长性状的关联分析  43-45
第五章 牛FIAF 基因多态性及其与生长性状的关联分析  45-53
  5.1 牛FIAF 基因的多态性检测  45-48
    5.1.1 牛 FIAF 基因的 PCR 扩增结果  45
    5.1.2 牛 FIAF 基因 SNPs 位点测序结果  45-47
    5.1.3 牛FIAF 基因的PCR-SSCP 结果  47-48
  5.2 牛FIAF 基因遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  48-51
    5.2.1 牛FIAF-E3 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  48-49
    5.2.2 牛FIAF-E5 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  49-50
    5.2.3 牛FIAF-E6 位点遗传结构分析及其多态性与生长性状的关联分析  50-51
  5.3 讨论  51-53
    5.3.1 牛FIAF 基因遗传变异研究  51-52
    5.3.2 牛FIAF 基因SNPs 与生长性状的关联分析  52-53
第六章 结论与创新点  53-55
  6.1 结论  53
  6.2 创新点  53-55
参考文献  55-59
附录  59-63
  附录1  59-60
  附录2  60-61
  附录3  61-63
致谢  63-64
作者简介  64

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 牛
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