学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

广西桂北地区HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

作　者: 李赫伟
导　师: 蒋就喜
学　校: 桂林医学院
专　业: 内科学
关键词: 艾滋病病毒1型亚型基因离散率系统树分析
分类号: R512.91
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 28次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

目的对广西自治区桂北地区流行的艾滋病(AIDS)病毒1型(HIV-1)进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据,为桂北地区乃至全国的艾滋病预防控制工作提供有价值的资料。方法在广西自治区桂林市、来宾市两地对80名HIV-1感染者/AIDS患者进行问卷调查,收集他们的人口学资料、感染及确认时间等流行病学资料,并采集研究对象抗凝全血样品10ml,分离PBMC并提取DNA,用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1病毒env基因C2-V3区,对扩增产物进行纯化回收,使用ABI公司的荧光标记末端终止物循环测序试剂盒,在PE公司377型DNA测序仪用D3引物进行序列测定。对测得的序列用SeqEd和DNA软件等进行编辑校正,序列的排列、比较、同源性分析使用美国威斯康星GCG软件包等。结果1.标本来源和扩增情况:本次实验共采集HIV-1抗体阳性感染者血标本80份,提取前病毒DNA,经巢式(nested)PCR扩增HIV-1病毒env基因C2-V3区后,80份标本中最终扩增得到55份样品的env基因C2-V3区序列(扩增率68.75%),55份标本中有16份有静脉吸毒史、34份有性乱史、2份有非法献血史、3份感染途径不详。2.基因亚型分析:发现55份HIV-1病毒env基因C2-V3区序列中CRF01-AE重组亚型占14.55(%8/55),CRF08-BC重组亚型占41.82(%23/55),C亚型占7.27%(4/55),CRF07-BC重组亚型占34.55%(19/55),B亚型占1.82%(1/55)。8株CRF01-AE重组亚型与泰国代表毒株THCM240接近,平均离散率为7.68%。23株CRF08-BC重组亚型与08-BC.CN.97.97CN GF-7F接近,平均离散率为6.29%。4株C亚型与C.95IN21068接近,平均离散率为8.69%。19株CRF07-BC重组亚型与CRF07-BC.CN97.CN54接近,平均离散率为6.92%。本实验测出亚型与其他亚型标准参考株的平均离散率>20%。系统树分析进一步证实了各毒株之间的亚型关系。3.HIV-1病毒env基因C2-V3区基因离散率分析:分别计算50份样本毒株C2-V3区基因及其临近区域、C2区和V3区的平均离散率。结果显示:C2基因区的平均离散率均大于V3基因区,经统计学检验两者差异均有统计学意义(P<0.05),说明C2区变异明显比V3区大。4.C2-V3区及其临近基因区氨基酸序列变异分析:将包含C2-V3区序列的8株CRF01-AE重组亚型,23株CRF08-BC重组亚型,19株CRF07-BC重组亚型的核苷酸序列分别翻译为氨基酸序列并产生共享序列。结果显示CRF01-AE重组亚型V3环顶端四肽呈现四种类型:GPGQ、GPGR、GPGH和GRGE,以GPGQ为主;CRF08-BC重组亚型V3区的氨基酸变异比较少,只有一种GPGQ类型;CRF07-BC重组亚型V3区的氨基酸变异有GPGQ和GRGE两种。结论1.对桂北地区经巢式(nested)PCR扩增出的55份HIV-1感染者或者艾滋病病人的PBMC中前病毒DNA的env基因C2-V3区及两侧核苷酸序列进行测定分析,共发现CRF01-AE、CRF-BC(CRF07-BC、CRF08-BC)、C和B四种亚型,提示桂北地区HIV-1毒株亚型的多样性。2.从研究结果发现CRF08-BC、CRF07-BC在性途径感染者中出现,推测桂北地区的传染趋势已经由特殊人群向普通人群扩散,静脉吸毒感染者可能是向普通人群传染的桥梁。3.对桂北地区CRF01-AE重组毒株分析发现,其V3环顶端四肽呈现四种类型:GPGQ、GPGR、GPGH和GRGE,其中以GPGQ为主;CRF07-BC重组毒株V3顶端环四肽呈现的类型有GPGQ和GRGE两种,这为研发新诊断试剂和HIV-1疫苗的研发设计提供了参考。4.从桂北地区样本的基因离散率来看,占优势的CRF-BC亚型样本之间的基因离散率最多为14.89%,推算CRF-BC亚型毒株在桂北地区流行时间至少超过12年,即上世纪末就已传入桂北地区,其他亚型因数据太少无统计学意义。5.分子水平上证实了桂北地区居民中HIV-1毒株存在亚型多样性,感染途径存在多样性。

全文目录

中文摘要  5-8
ABSTRACT  8-12
符号说明  12-13
前言  13-17
1. 实验材料  17-21
  1.1 研究对象  17-18
  1.2 研究对象样品的采集及处理  18
  1.3 主要试剂  18-19
  1.4 主要仪器  19
  1.5 主要生物软件和分析工具  19-21
2 实验方法  21-28
  2.1 DNA 提取  21-22
    2.1.1 实验前准备  21
    2.1.2 实验步骤  21-22
  2.2 PCR 引物设计  22-23
  2.3 PCR 扩增  23-24
    2.3.1 第1 轮PCR 反应  23-24
    2.3.2 第2 轮PCR 反应  24
  2.4 PCR 产物的鉴定与纯化  24-26
    2.4.1 PCR 扩增产物电泳鉴定  24-25
    2.4.2 PCR 扩增产物纯化  25-26
  2.5 基因序列测定  26
  2.6 序列分析  26-27
  2.7 系统进化树分析  27-28
3. 结果  28-36
  3.1 流行病学调查结果  28-30
  3.2 基因亚型鉴定  30-32
  3.3 Env 基因C2-V3 区基因离散率分析  32-33
  3.4 C2-V3 区及其临近基因区氨基酸序列变异分析  33
  3.5 系统树分析  33-36
4. 讨论  36-39
5. 结论  39-41
参考文献  41-43
综述  43-52
  参考文献  48-52
致谢  52-53
攻读学位期间发表的学术论文目录  53

广西桂北地区HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

内容摘要

全文目录

相似论文