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鸭鱼养殖系统细菌多样性的研究

作　者: 李建东
导　师: 肖调义；郭照良
学　校: 湖南农业大学
专　业: 养殖
关键词: 鸭鱼养殖系统肠道内容物选择性培养 PCR-DGGE 细菌群落
分类号: S964
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

鸭鱼混合养殖方式构成一个小型生态系统,在这个系统中养殖水土环境和鸭鱼本身对池塘物质循环、鸭鱼病害发生与否以及对鸭鱼的生长、营养和免疫方面都产生重要作用。本实验主要是以研究此系统中鸭鱼生存水土环境及鸭鱼体内肠道内容物的细菌群落结构为目标,从而考查鸭鱼两者之间及生存环境之间有无直接或间接的影响和联系。采用传统纯培养方法对环境及鸭鱼肠道中的卫生指标菌分离计数,结果显示水体细菌数目随季节而变化,夏季明显高于春季,而且无论何种季节、细菌种类,圈内鸭塘水都比圈外鱼塘水细菌数高；无论春季或夏季,鸭塘土壤中细菌总数、大肠菌群数、链球菌数比鱼塘土多,而沙门氏菌数量鱼塘土则比鸭塘土壤多；鸭肠道微生物在春季和夏季变化不大,仅细菌总数有10倍增长,而鱼肠道微生物春季和夏季变化较大,特别是链球菌和沙门氏菌数量夏季下降很多,这可能与鱼塘水体温度有关。通过常规酚氯法提取环境水样的细菌总DNA,和改良的CTAB法提取鸭鱼肠道内容物的细菌总DNA,之后采用通用引物对16S rDNA V3可变区序列进行PCR扩增,扩增出的PCR产物做DGGE电泳,实验结果表明,PCR-DGGE技术可以用于鸭鱼养殖系统的细菌群落结构分析；对DGGE图谱进行分析,显示池塘水体及动物肠道中细菌丰富具有多样性,而且不同个体以及不同采样地点的DGGE带谱在条带的数量、位置及条带的亮度上有一定的差异性且不同个体的差异性更大。鸭塘鱼塘10个水体样品的DGGE图谱相似条带比较明显,说明在同一环境下从不同采样点采集的水体其中的细菌群落分布相似,共同具有某些优势细菌。鸭、鱼肠道内容物DGGE图谱显示,个体差异导致图谱上条带的数目、亮度有较大的差异性,虽有部分条带相似,但主条带差异明显,说明不同个体肠道内的优势菌群不同,这可能与喂养方式、供给饲料、生长环境等不同有关。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-9
1 概述  9-19
  1.1 DGGE技术的基本原理及主要步骤  10-16
    1.1.1 DGGE技术的基本原理  11
    1.1.2 PCR-DGGE的主要步骤  11-16
      1.1.2.1 样品的预处理与DNA提取  12-13
      1.1.2.2 16S RDNA基因序列的PCR扩增  13-14
      1.1.2.3 PCR产物的DGGE电泳  14-15
      1.1.2.4 图谱的分析  15-16
        1.1.2.4.1 DGGE图谱的统计分析  15
        1.1.2.4.2 DGGE图谱的核酸序列分析  15-16
  1.2 PCR-DGGE技术在环境微生物生态学中的应用  16-19
    1.2.1 PCR-DGGE技术在土壤微生物多样性研究中的应用  16-17
    1.2.2 PCR-DGGE技术在水环境微生物多样性研究中的应用  17-18
    1.2.3 PCR-DGGE技术在动物肠道微生物多样性研究中的应用  18-19
2 实验材料与方法  19-27
  2.1 实验样品采集  19-20
    2.1.1 采样地点  19
    2.1.2 样品采集及处理  19
    2.1.3 样品的采集与处理  19-20
  2.2 卫生指标菌测定  20-21
  2.3 水体及肠道微生物DNA的提取  21-23
    2.3.1 水体微生物总DNA的提取  21-22
    2.3.2 肠道微生物总DNA的提取  22-23
  2.4 微生物总DNA的定量和纯度检测  23
  2.5 PCR扩增和产物的检测  23
  2.6 变性梯度凝胶电泳(DENATURING GRADIENT GEL ELECTROPHORESIS,DGGE)  23-27
    2.6.1 变性胶的制备  23-25
      2.6.1.1 电泳变性剂溶液的配制  24
      2.6.1.2 储存母液的配制  24-25
      2.6.1.3 电泳变性胶的灌制步骤  25
    2.6.2 PCR样品的加样及DGGE电泳  25-26
    2.6.3 染色  26-27
3 实验结果及讨论  27-34
  3.1 卫生指标菌测定结果  27-30
    3.1.1 细菌总数测定结果  27-28
    3.1.2 大肠菌群测定结果  28
    3.1.3 链球菌测定结果  28-29
    3.1.4 沙门氏菌测定结果  29-30
  3.2 池塘水体样品微生物基因组总DNA及动物肠道微生物基因组总DNA的提取结果  30-31
  3.3 水样及动物肠道总DNA的V3区PCR扩增结果  31-32
  3.4 DGGE图谱分析  32-34
4 实验结论  34-35
参考文献  35-40
作者简历  40-41
致谢  41

鸭鱼养殖系统细菌多样性的研究

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