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中国荷斯坦牛Nramp1基因部分序列分析及其与乳腺炎关联研究

作　者: 胡海川
导　师: 赖松家
学　校: 四川农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 荷斯坦牛 Nramp1基因 PCR-SSCP多态性 乳腺炎 SCS
分类号: S823.91
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
下　载: 70次
引　用: 2次
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内容摘要


本试验设计4对引物Primer1,Primer2,Primer3和Primer4分别扩增第9、第10、第11外显子和第12内含子。采用PCR-SSCP方法首次研究了中国荷斯坦牛Nramp1基因exon9,exon10和exon11序列及其与奶牛乳腺炎的关联性。结果如下:在Primer1,Primer2和Primer3的扩增片段中共发现3个SNP多态位点,位于Nramp1基因序列的7012bp(第9内含子)、7401bp(第11外显子)和7455bp(第11外显子)处。Primer1的PCR扩增产物不具有SNP位点。Primer2的PCR扩增产物经PCR-SSCP检测到3种基因型MM,MN和NN,基因型频率分别为0.756,0.198和0.046,基因型分布服从Hardy-Weinberg平衡(P＜0.05)。等位基因M和N的基因频率分别为0.854和0.146,其中M为优势等位基因。基因型为多态信息含量为0.2183,显示该位点遗传多态性为低度多态(PIC＜0.25)。测序分析检测到7012bp的C/T突变,处于内含子9中(GenBank登录号:EU281620)。Primer3的PCR扩增片段经PCR-SSCP检测到3种基因型AA,AB和BB,基因型频率分别0.610,0.314和0.076,基因型分布服从Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。等位基因A和B的基因频率分别为0.767和0.233,其中A为优势等位基因。基因型为多态信息含量为0.2942,显示该位点遗传多态性为中度多态(0.25＜PIC＜0.05)。测序分析检测到2个SNPs,均处于外显子10中,分别为7401bp的G/C突变和7455bp的A/C突变,分别导致Pr0356Ala和Leu374Met替换。Primer4克隆测序得到了intron12的部分准确序列并提交到NCBI数据库(GenBank登录号:EF682067)。GLM分析了扩增片段不同基因型与与奶牛乳腺炎的关联性,结果显示牛场效应和产犊季节对体细胞评分的影响极显著(P＜0.01),胎次对体细胞评分的影响显著(P＜0.05),不同基因型对体细胞评分的影响不显著(P＞0.05)。

全文目录


摘要  4-5
Abstract  5-9
1 文献综述  9-29
  1.1 免疫概述  9-13
    1.1.1 天然免疫与获得性免疫  9-10
    1.1.2 吞噬作用  10-11
    1.1.3 炎症  11
    1.1.4 胞内菌在宿主细胞内生存的机制  11-13
  1.2 奶牛乳腺炎的研究概况  13-19
    1.2.1 定义与分类  13
    1.2.2 发生与发病率  13-14
    1.2.3 危害  14-16
    1.2.4 诊断  16
    1.2.5 防治现状与发展方向  16-18
    1.2.6 遗传学研究  18-19
  1.3.NRAMP1基因的研究进展  19-24
    1.3.1.Nrampl基因概述  19-20
    1.3.2 Nramp1的结构和功能  20-22
    1.3.3 Nramp1基因的表达调控  22-23
    1.3.4 Nramp1基因与疾病的关系  23-24
  1.4 SSCP技术的研究概况  24-27
    1.4.1 SSCP的建立与发展  25
    1.4.2 PCK-SSCP方法的优缺点  25-26
    1.4.3 PCR-SSCP的应用  26
    1.4.4 SRP及其研究方法  26-27
  1.5 研究的目的意义与内容  27-29
2 试验材料与方法  29-39
  2.1 试验材料  29-32
    2.1.1 试验样本  29
    2.1.2 牛奶体细胞测定  29-30
    2.1.3 试验主要仪器设备  30
    2.1.4 试验主要试剂及配制  30-31
    2.1.5 引物信息及PCR反应条件  31-32
  2.2 试验方法  32-36
    2.2.1 技术路线  32
    2.2.2 基因组DNA提取  32-33
    2.2.3 PCR-SSCP分析与基因型判定  33-35
    2.2.4 内含子12的克隆测序  35-36
  2.3 序列结果  36-37
  2.4 数据统计分析  37-39
    2.4.1 数据收集和处理  37
    2.4.2 奶牛乳腺炎的判断标准  37
    2.4.3 基因频率和基因型频率的计算  37
    2.4.4 遗传多态性分析  37-38
    2.4.5 Hardy-Weinberg平衡状态的检验  38-39
    2.4.6 不同基因型与生产性状的相关分析  39
3 结果与分析  39-48
  3.1 模板DNA的抽提和序列分析结果  39-44
    3.1.1 模板DNA的抽提结果  39-40
    3.1.2 PCR-SSCP的检测结果  40-42
    3.1.3 内含子12的克隆测序  42
    3.1.4 Nramp1基因部分序列测序结果  42-44
  3.2 NRAMP1基因的遗传学分析  44-46
    3.2.1 Nramp1基因型频率和基因频率  44
    3.2.2 Nramp1基因的遗传多态性分析  44-45
    3.2.3 Hardy-Weinberg平衡的检验  45-46
  3.3 不同基因型与生产性状的相关分析  46-48
4.讨论  48-54
  4.1 PCR反应条件的优化  48
  4.2 中国荷斯坦牛NRAMP1基因的遗传特征  48-49
  4.3 SCC评估乳腺炎的优缺点  49-50
  4.4 牛NRAMP1基因多态性与SCS的关联性  50-51
  4.5 影响奶牛乳腺炎的因素分析  51-52
    4.5.1 牛场对奶牛乳腺炎的影响  51-52
    4.5.2 基因型对奶牛乳腺炎的影响  52
    4.5.3 胎次对奶牛乳腺炎的影响  52
  4.6 NRAMP1基因序列完整性分析  52-54
5.结论  54-55
参考文献  55-62

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 牛 > 各种用途牛 > 乳用
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