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D3S3053，D6S474，D20S482，D1GATA113，D2S1776，D4S2408 miniSTR基因座四色荧光分型体系的构建及法医学应用

作　者: 刘宁
导　师: 李淑瑾
学　校: 河北医科大学
专　业: 法医学
关键词: miniSTR DNA分型复合扩增荧光标记遗传多态性降解检材
分类号: D919
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
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内容摘要

目的:自上世纪80年代以来,短串联重复序列(short tandem repeats, STR)遗传标记系统,由于在人类基因组中分布广泛,高度的遗传多态性以及简单快捷的检测方法而成为法庭科学鉴定中最常用、发展最成熟的技术,被广泛应用于法医学等领域,STR数据成为各国法庭科学数据库的主要构成。目前法医学主要运用常染色体STR基因座和线粒体DNA遗传标记,能够解决大部分个体识别和亲权鉴定案例。然而,在许多法医案例中,DNA样本由于各种原因而被高度降解或被混入环境污染物,在使用商品化STR复合扩增试剂盒进行检测时,片段较长的STR基因座往往无法进行有效的扩增,片段检测不到信号,而这个问题随着PCR反应产生大量的PCR产物而被扩大。miniSTR基因座分析技术在设计引物时,使其尽可能靠近核心重复序列而缩短扩增片段长度,用于高度降解的DNA样本检测可提高检测成功率。miniSTR基因座被欧洲DNA分型工作组(the european DNA profiling group, EDNAP)定义为继STR之后的新一代遗传标记。美国、日本、西班牙、新加坡、韩国等国家也相继报道了miniSTR基因座的群体遗传学数据及其法医学应用价值,而我国相关报道较少并缺乏群体遗传学数据。本研究选取D3S3053, D6S474, D20S482, D1GATA113, D2S1776, D4S2408等六个miniSTR基因座,调查其在中国汉族人群中的遗传多态性,并探讨其法医学应用价值。方法:采用天根血液基因组DNA提取试剂盒提取120份河北汉族无关健康个体全血基因组DNA。将D20S482、D2S1776两个基因座的上游引物5’端用6-FAM荧光标记,D3S3053、D1GATA113两个基因座的上游引物5’端用HEX荧光标记,D6S474、D4S2408两个基因座的上游引物5’端用TAMRA荧光标记,对所有样本的六个miniSTR基因座进行PCR复合扩增,其中D3S3053、D6S474、D20S482三个基因座进行复合扩增,D1GATA113、D2S1776、D4S2408三个基因座进行复合扩增。复合扩增反应体系为10μl,分别加入各个基因座特异性的引物,并设定适宜的退火温度,经28个循环后,可得到各个基因座长度不等的等位基因片段。PCR复合扩增产物在ABI PRISM 310基因分析仪上自动完成进样电泳和电泳结果数据收集,结果用Genemapper 3.2计算扩增产物片段相对大小并进行样本基因型分型。计算各基因座基因频率及各法医学参数。选取本法医鉴定中心既往亲子鉴定的家系样本9例,对6个miniSTR基因座进行遗传稳定性的研究。提取同一尸体的心脏、肝脏、脾脏、肺组织、肾脏、脑组织、肌肉组织、皮肤及尸体血痕检材进行组织同一性分析。将9947A DNA样本稀释成1ng、0.5ng、0.1ng、0.05ng进行灵敏度检测。此外,将新鲜血液放置于夏季的自然环境中一周、两周、四周和八周模拟降解检材,应用本研究构建的6个miniSTR基因座荧光标记复合扩增分型体系及商品化常规STR试剂盒进行DNA分型,比较二者分型的成功率。结果:本研究建立了两组荧光复合扩增检测6个miniSTR基因座基因型的方法。复合扩增检测样本的分型结果显示,六个miniSTR基因座等位基因都获得了清晰的基因型分型结果,无干扰分型的非特异性扩增产物,对6个基因座都可实现准确分型。相关遗传学参数:六个基因座的扩增片段长度均小于150bp。120名河北汉族无关个体中D3S3053、D6S474、D20S482、D1GATA113、D2S1776、D4S2408基因座分别检出6、6、7、8、8、7个等位基因和14、16、15、27、27、23种基因型,基因型频率分布经χ2检验均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。六个基因座在中国汉族人群的杂合度观察值(Ho)分别为0.652,0.758,0.758,0.667,0.617,0.85;多态性信息含量(PIC)分别依次为0.64,0.68,0.69,0.83,0.85,0.83;非父排除率(PE)分别依次为0.298,0.523,0.523,0.313,0.271,0.662;个人识别力(PD)分别依次为0.862,0.857,0.877,0.943,0.947,0.917。六个miniSTR基因座的累积非父排除概率为0.97,累积个人识别力为0.9999994。遗传稳定性分析:对9个已经确定亲权关系的家系样本研究表明,父母的等位基因能够稳定地遗传给子女,符合孟德尔遗传定律。组织同一性分析:对来自同一尸体不同组织的检测表明,六个基因座在同一个体中具有同一性,符合STR基因座用做法医DNA分析的标准。系统灵敏度研究:在DNA含量为0.1ng时, Identifile试剂盒扩增产物产量比较低,不易进行正确的分型,而应用miniSTR复合扩增系统对0.05ng的DNA还可以进行分型。降解微量检材研究:对降解两个月的检材,虽然扩增的特异度有所下降,但对分型结果没有干扰,在六个miniSTR基因座中均得到了完整分型,显示了miniSTR技术比常规STR试剂盒具有更高的分型成功率。结论:D3S3053、D6S474、D20S482、D1GATA113、D2S1776和D4S2408六个miniSTR基因座在河北地区汉族群体中具有较好的遗传多态性,符合孟德尔遗传规律,具有组织同一性。本研究建立的两组荧光标记复合扩增体系分型结果准确、稳定可靠,灵敏度达0.05ng,对于分析微量、降解DNA的成功率较常规STR试剂盒明显升高,可用于法医学亲权鉴定与个人识别,并在高度降解检材的检测中具有较高的应用价值,而且可作为常规STR试剂盒的有益补充,提高系统效能。

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中文摘要  4-8
英文摘要  8-13
研究论文 D3S3053，D6S474，D20S482，D1GATA113，D2S1776，D4S2408 miniSTR基因座四色荧光分型体系的构建及法医学应用  13-55
  前言  13-14
  材料与方法  14-21
  结果  21-24
  附图  24-32
  附表  32-36
  讨论  36-49
  结论  49-50
  参考文献  50-55
综述微量、降解检材的法医学鉴定  55-79
致谢  79-80
个人简历  80-81

D3S3053，D6S474，D20S482，D1GATA113，D2S1776，D4S2408 miniSTR基因座四色荧光分型体系的构建及法医学应用

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