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狼尾草属牧草遗传多样性的RAPD和ISSR分析

作　者: 乔良普
导　师: 林洁荣
学　校: 福建农林大学
专　业: 动物营养与饲料科学
关键词: 狼尾草属随机扩增多态性DNA 简单序列重复标记条件优化遗传多样性
分类号: S54
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 59次
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内容摘要

以福州、建阳两个地区的45份狼尾草属牧草的幼嫩叶片为材料,研究了RAPD-PCR和ISSR-PCR反应条件;并应用RAPD和ISSR分子标记对45份狼尾草属牧草遗传多态性、亲缘关系等进行分析,结果表明:1、单因素结合正交试验设计优化得到狼尾草属牧草优化的RAPD-PCR和ISSR反应体系。RAPD-PCR优化的最终体系为:总体积为20μL,反应体系中含有1.5μL (25mmol/l)Mg2+、0.4μL dNTPs(10mM)、1.2μL primer(10pM)、0.4μL Taq DNA Polymerase(5U/μL)、2.0μL 10×PCR Buffer、2.0μL DNA,加ddH2O补足到20μL;优化的ISSR-PCR体系为:总体积为25μL,含有1.5μL Mg2(+25mM)、0.3μL dNTPs(10mM)、1.5μL prime(r10pM)、0.4μL Taq DNA Polymerase(5U/μL)、2.5μL 10×PCR Buffer、2.0μL DNA,ddH2O补足到25μL。2.分别从100条RAPD引物和100条ISSR引物中筛选出8条RAPD引物和9条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析。8条RAPD引物共检测到70个位点,其中多态位点占88.57%,Nei’s基因多样度为0.3080,Shannon信息指数为0.5334;9条ISSR引物共检测到83个位点,其中多态位点占92.77%,Nei’s基因多样度为0.2832,Shannon信息指数为0.4280。RAPD和ISSR标记显示狼尾草属牧草具有丰富的遗传多态性。3.基于RAPD和ISSR扩增构建相应的Nei’s(1979)遗传距离矩阵,以及UPGMA树图。比较RAPD和ISSR标记构建的聚类图,两者趋势大致相近,但不完全相同。

全文目录

中文摘要  8-9
ABSTRACT  9-10
第一章文献综述  10-19
  1 遗传标记  12-19
    1.1 形态学标记  12
    1.2 细胞学标记  12
    1.3 生化标记  12-13
    1.4 常见的分子标记  13-15
      1.4.1 RFLP  13-14
      1.4.2 RAPD  14
      1.4.3 AFLP  14
      1.4.4 SSR  14-15
      1.4.5 ISSR  15
    1.5 分子标记辅助选择在植物遗传育种中的应用  15-16
    1.6 狼尾草属的研究进展  16-18
    1.7 论文研究的主要内容  18
    1.8 论文预期达到的试验效果  18-19
第二章试验材料与方法  19-29
  2.1 材料  19-21
    2.1.1 植物材料  19-20
    2.1.2 试验仪器设备  20
    2.1.3 试验主要试剂与配制  20-21
      2.1.3.1 常规试验试剂  20
      2.1.3.2 提取DNA 所用的相关试剂  20-21
    2.1.4 RAPD 和ISSR 引物  21
  2.2 试验方法  21-29
    2.2.1 试验技术路线  21
    2.2.2 总DNA 的提取  21-22
    2.2.3 总DNA 提取物的检测  22
      2.2.3.1 DNA 纯度和浓度的检测  22
      2.2.3.2 琼脂糖凝胶电泳检测  22
    2.2.4 RAPD 标记检测  22-25
      2.2.4.1 RAPD 反应体系  23-24
      2.2.4.2 RAPD 反应程序  24-25
      2.2.4.3 PCR 产物电泳检测  25
      2.2.4.4 数据处理和聚类分析  25
    2.2.5 ISSR 标记检测  25-29
      2.2.5.1 ISSR 反应体系  26-27
      2.2.5.2 ISSR 反应程序  27-28
      2.2.5.3 PCR 产物电泳检测  28
      2.2.5.4 数据处理和聚类分析  28-29
第三章狼尾草属牧草遗传多样性RAPD 分析  29-39
  3.1 RAPD 反应体系的优化  29-33
    3.1.1 基因组DNA 的提取  29
    3.1.2 dNTPs 的浓度筛选  29-30
    3.1.3 Taq DNA Polymerase 浓度的筛选  30
    3.1.4 引物的浓度的筛选  30
    3.1.5 Mg~(2+)浓度筛选  30-31
    3.1.6 正交试验  31-32
    3.1.7 引物退火温度的筛选  32
    3.1.8 RAPD 反应体系的验证  32-33
  3.2 RAPD 引物的筛选  33
  3.3 遗传多态性分析  33-37
  3.4 狼尾草属种间的遗传变异  37
  3.5 聚类分析  37-39
第四章狼尾草属牧草ISSR 结果分析  39-50
  4.1 ISSR 反应条件的优化  39-44
    4.1.1 基因组DNA 的提取  39
    4.1.2 DNA 模板浓度的筛选  39-40
    4.1.3 Taq DNA Polymerase 浓度的筛选  40
    4.1.4 Mg~(2+)浓度的筛选  40-41
    4.1.5 dNTPs 的浓度筛选  41
    4.1.6 正交试验  41-42
    4.1.7 引物退火温度的筛选  42-43
    4.1.8 ISSR 反应体系的验证  43-44
  4.2 ISSR 引物筛选  44
  4.3 遗传多态性分析  44-48
  4.4 狼尾草属种间的遗传变异  48
  4.5 聚类分析  48-50
第五章讨论  50-53
  5.1 狼尾草属DNA 提取质量  50
  5.2 PCR 反应的影响因素  50-51
  5.3 RAPD 标记和ISSR 标记比较  51-53
    5.3.1 RAPD 和ISSR 标记稳定性比较  51
    5.3.2 RAPD 和ISSR 标记揭示的遗传差异性比较  51
    5.3.3 RAPD 和ISSR 遗传参数比较  51-52
    5.3.4 RAPD 和ISSR 标记聚类结果一致性分析  52-53
第六章小结  53-55
参考文献  55-60
附录  60-61
致谢  61

狼尾草属牧草遗传多样性的RAPD和ISSR分析

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