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上海市医院供水系统军团菌污染情况及嗜肺军团菌血清1型基因分型

作　者: 陶黎黎
导　师: 胡必杰；李华茵；王葆青；陈雪华
学　校: 复旦大学
专　业: 内科学
关键词: 军团菌供水系统污染医院感染环境监测危险因素嗜肺军团菌脉冲场凝胶电泳毒力基因测序分型重复序列聚合酶联反应流行病学调查
分类号: R378
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

目的：了解上海市医院供水系统管道中军团菌和阿米巴的污染情况,并分析供水系统军团菌污染的危险因素。方法：2009年5-9月采集上海市8家医院供水系统管道末端水样共193份,分别进行军团菌和阿米巴的培养,并使用军团菌乳胶凝集试验将所分离的军团菌进行血清分型。在采集水样的同时,检测水样的水温、pH值等指标并收集医院供水系统相关资料。结果：在采样的8家医院中,7家医院有军团菌的定植,占87.5%。5家医院的军团菌定植率超过30%(占总数的62.5%),2家医院嗜肺军团菌的定植率超过30%(占总数25.0%)。共检测水样193份,军团菌属培养阳性的水样共83份,阳性率为43.0%,其中嗜肺军团菌阳性的水样33份,占全部阳性水样的39.8%。阿米巴培养阳性的水样共166份,阳性率为86.0%。在军团菌阳性的83份水样中,浓度≥103cfu/1的水样为63份,占阳性总数的75.9%,浓度≥104 cfu/l的水样为22份,占阳性总数的26.5%,其中一份检测到非1型嗜肺军团菌的水样中浓度≥105cfu/1。从重症监护病房(ICU)采集的26份水样中,11份(42.3%)检测出军团菌,6份(23.1%)检出嗜肺军团菌,21份(80.8%)检出阿米巴。ICU中检测出军团菌的所有水样其浓度均≥103cfu/1,7份水样军团菌浓度≥104cfu/1。在军团菌污染危险因素分析中,阿米巴的定植、无水管消毒、水管类型为镀锌钢管及水箱间接供水都是独立的危险因素。结论：上海市医院供水系统中军团菌污染常见,且污染浓度高,存在发生医院内军团菌肺炎甚至暴发流行的严重隐患,建议对医院供水系统军团菌污染情况和医院获得性军团菌病进行监测,并研究具有可行性的供水系统去除军团菌污染的有效方法。目的：将上海市5家医院供水系统中分离的25株嗜肺军团菌血清1型(LP1)进行基因分型,了解上海市医院环境内LP1的基因多态性,分析各家医院之间LP1基因分型的联系和差别,并将3种基因分型方法的结果进行比较。方法：应用脉冲场凝胶电泳(PFGE),基因测序分型(SBT)及重复序列聚合酶联反应(Rep-PCR)技术将5家医院分离的共25株LP1进行基因分型。PFGE和Rep-PCR结果用树状聚类图表示相互联系,SBT结果上传至网站获得相应的菌株分型号,通过菌株分型号比较相互联系。结果：PFGE分型将24株LP1(1株未分型)分为6型共10个亚型,其中流行株为A、B、E共3型。SBT分型将25株菌株分为7型,其中最多的为ST-1和ST-780。ST-780和ST-784均为中国大陆的特有菌株型。2株LP1的asd序列未能与网站上所有序列匹配而未能获得ST号。Rep-PCR分型将23株LP1分为A、B、C、D共4个区域,每个区中相似度大于98.6%的菌株属于同一型军团菌,2株未分型。A区有11株LP1,分别来自于医院1、2、6,以相似度98.6%分为7个不同的类型,而B区菌株主要来源于医院5,结合相似度和条带分析共分为4型。3种基因分型均表明在上海市医院供水系统内存在LP1的主要流行株和散发株,不同医院之间存在相同的基因型,而同一家医院内存在不同的基因型。3种基因分形方法中SBT和Rep-PCR的耗时最短,操作相对简单,且SBT分型获得的结果稳定可靠,不依赖于对图形的判断,分型准确率高,并易于不同实验室之间的比对,但价格昂贵。PFGE菌株的分辨率较高,SBT中分型一致的菌株在PFGE中还可以分为不同的亚型,但其耗时较长,操作繁琐,且由于图像的理解依赖主管判断,造成各实验室之间的比对困难。结论：上海市医院供水系统中的LP1存在流行株和散发株,不同医院之间存在相同的基因型,而同一家医院内存在不同的基因型。在进行流行病学调查时不能简单依靠LP1的血清单克隆抗体分型做出流行病学关联,必须借助于分子生物学方法进行相关性分析。SBT分型的准确率高,有助于各实验室之间的比对,而PFGE的菌株分辨率较高,但需要进行凝胶图像的解读,不利于比对。

全文目录

中文摘要  4-6
英文摘要  6-8
英文缩略语  8-9
第一部分上海市医院供水系统军团菌污染情况调查  9-19
  前言  9
  材料和方法  9-13
  结果  13-16
  讨论  16-18
  参考文献  18-19
第二部分嗜肺军团菌血清1型基因分型  19-45
  前言  19
  嗜肺军团菌血清1型PFGE基因分型  19-27
    材料和方法  19-24
    结果  24-27
  嗜肺军团菌血清1型SBT基因分型  27-33
    材料和方法  27-31
    结果  31-33
  嗜肺军团菌血清1型基因Rep-PCR分型  33-39
    材料和方法  33-37
    结果  37-39
  三种分型方法的联系和区别  39-43
    讨论  41-42
    结论  42-43
  参考文献  43-45
综述(一) 医院获得性军团菌病  45-51
  参考文献  49-51
综述(二) 肺部真菌感染的病原学  51-57
  参考文献  56-57
致谢  57-59

上海市医院供水系统军团菌污染情况及嗜肺军团菌血清1型基因分型

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