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Th极化关键基因TBX21和TIM-1与甲/乙型肝炎及自身免疫性肝炎的遗传关联研究

作　者: 赵文利
导　师: 王宇明
学　校: 第三军医大学
专　业: 内科学
关键词: 乙型肝炎病毒甲型肝炎病毒自身免疫性肝炎单核苷酸多态性 TBX21 T-bet TIM-1 单倍型等位遗传关联研究
分类号: R575.1
类　型: 博士论文
年　份: 2008年
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内容摘要

研究背景:我国肝病临床资源丰富。与西方国家以脂肪肝、酒精性肝炎、丙型肝炎、药物性肝炎和自身免疫性肝病为主的慢性肝病谱不同,慢性乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染相关慢性肝病(慢性乙型肝炎、肝硬化、原发性肝癌)一直是我国主要的肝病类型。同时,丙型、甲型、戊型肝炎病毒感染也不容忽视,病毒性肝炎成为我国的优势疾病资源。同时,随着诊断方法和重视程度的提高,自身免疫性肝病的就诊率和诊断率不断上升。自身免疫疾病存在显著的种族差异(发病率、临床表现),如中国人群自身免疫性肝病合并其他系统自身免疫疾病者少见,我国自身免疫性肝病的临床特点及遗传易感性尚未得到充分的研究。鉴定病毒性肝炎和自身免疫性肝炎的遗传因素是一个重要同时又具有挑战性的问题,目前的认识并不充分。对于病毒性肝炎和自身免疫性肝炎这类常见复杂疾病,基于病例-对照设计的遗传关联研究的广泛使用,通常根据生物学功能选择候选基因进行遗传变异与疾病关联的检测。T辅助细胞(Th)极化在病毒性肝炎和自身免疫性肝炎的病理生理过程中发挥关键的作用。近年的研究表明T-bet(由TBX21基因编码)和TIM-1分子是Th细胞极化的关键分子,在病毒感染及自身免疫疾病发病过程中发挥着极其重要的作用。T-bet属于T-box转录因子家族,是调节Th细胞分化的T细胞特异性转录因子,也是CD8+初始T细胞分化为CTL的关键调节因子。T细胞T-bet蛋白水平的下降与机体对一些病毒感染的反应性降低有关,例如HIV感染以及土拨鼠肝炎病毒(woodchuck hepatitis virus, WHV)感染;而T细胞T-bet蛋白水平的升高与炎症反应的结局相关,例如Th1介导的肠炎及肝损伤。人类T-bet蛋白由TBX21基因编码,其常见单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点位于启动子区。T-1993C位点变异影响TBX21基因的转录活性。T细胞表面免疫球蛋白-黏蛋白样结构蛋白1(T cell immunoglobin domain and mucin domain protein 1,TIM-1)是一种膜表面糖蛋白,表达于CD4+T辅助细胞表面,影响CD4+T辅助细胞发生Th1/Th2极化的关键时期。其在活化的Th2细胞表面高表达,作为共刺激分子,诱导Th2活化增殖。与此同时,TIM-1也是目前已知的甲型肝炎病毒进入细胞的唯一受体。人群中TIM-1基因存在多态性,其外显子4编码的粘蛋白结构域存在插入缺失变异。目的:TBX21和TIM-1基因遗传变异与病毒性肝炎和自身免疫性肝炎的关系值得探讨。本研究基于医院和社区收集病例对照,采用生物学功能候选基因-遗传关联策略,进行Th细胞极化关键基因TBX21和TIM-1与乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)感染、甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)感染和自身免疫性肝炎的遗传关联研究。方法:主要研究工作有:1.在本单位以前的样本库基础上,新收集到1758份人群样本,其中包括男性1241人,女性517人,涵盖了正常对照人群、慢性HBV感染者/自限性清除者、甲型肝炎显性感染患者、隐性感染者、HAV标志物全阴性者以及自身免疫性肝炎患者等临床分组,成功提取DNA。完成新收集到的1758份样本相关病史资料查阅和资料的录入,并对我所前期工作中收集到的4700余例病人病史资料进行完善。对上述病史资料进行整理,剔除重复,获得包括完整病史资料、血DNA和血清的样本4181人份,完成了DNA提取及Panel制作。2.对dbSNP数据库及文献报道的TBX21基因的8个SNP位点,T-1993C、T-1514C、G-1499A、C99G、T1298C、G6547A、T7725C、T9903C,在我们的代表性样本中进行了测序验证及分型方法探索。3.对TIM-1基因外显子4多态性进行了克隆-测序发掘,构建了单倍型,并摸索了157MVTTTP插入缺失多态性的GeneScan分型方法。4.选择了TBX21基因T-1993C和TIM-1基因157MVTTTP插入缺失多态位点,对正常对照人群、慢性HBV感染者/自限性清除者、甲型肝炎显性感染患者、隐性感染者、HAV标志物全阴性者以及自身免疫性肝炎患者进行了基因分型及疾病关联分析。结果:主要研究结果有:1.重庆人群中,TBX21基因外显子区和启动子区的最高频多态位点是T-1993C,国外报道的G-1499A和T9903C位点频率极低(等位频率< 1%)。2.重庆人群中,TIM-1基因外显子4有高度多态性,主要单倍型有4种。3.以无症状携带者为对照,TBX21基因T-1993C位点与慢性HBV感染疾病进程无显著关联。以隐性感染者为对照,TBX21基因T-1993C位点与HAV感染疾病状态无显著关联。4.以慢性HBV感染者为对照,TBX21基因T-1993C位点与HBV自限性清除存在显著的关联(χ2 = 20.4, P = 0.0000063);启动子区单倍型-1993T-1514T显著降低慢性HBV感染的风险(P = 0.000017, OR = 0.46, 95% CI 0.32～0.65)。5.以献血员为对照,TBX21基因T-1993C位点与自身免疫性肝炎存在显著关联,-1993T等位与自身免疫性肝炎显著相关(χ2 = 13.7, P = 0.00004)。多因素Logistic回归校正年龄、性别等因素,-1993T/T纯合子发生自身免疫性肝炎的风险度显著升高(P=0.00043,OR=0.26,95%CI=0.12～0.55)。6. TIM-1基因157MVTTTP插入缺失多态位点对HBV感染、HAV感染和自身免疫性肝炎的遗传风险度没有显著影响。结论:我们基于医院的病例对照研究结果表明,TBX21基因T-1993C位点与HBV自限性清除及自身免疫性肝炎相关联。根据文献报道,疾病关联的T-1993C位点是TBX21基因启动子的潜在调节性SNP位点,其遗传变异影响TBX21基因的转录活性,-1993C等位的转录活性较强。有关TBX21基因T-1993C位点与HBV自限性清除及自身免疫性肝炎的遗传关联及机制,值得进一步深入研究。

全文目录

主要英文缩写一览表  6-9
Abstract  9-13
中文摘要  13-16
论文正文 Th 极化关键基因TBX21 和TIM-1 与甲/乙型肝炎及自身免疫性肝炎的遗传关联研究  16-102
  前言  16-20
  第一部分 TBX21 和TIM-1 基因多态性与乙型肝炎的遗传关联研究  20-75
    第一节乙型肝炎样本的收集、整理及模板的制备  20-29
      材料  20-23
      方法  23-25
      结果  25-28
      讨论  28-29
    第二节 TBX21 基因多态位点筛选、分型方法建立  29-47
      材料  29-30
      方法  30-39
      结果  39-45
      讨论  45-47
    第三节重庆人群TIM-1 基因外显子4 多态性发掘、单倍型构建及分型方法建立  47-65
      材料  47-49
      方法  49-54
      结果  54-64
      讨论  64-65
    第四节 TBX21 和 TIM-1 基因多态性与HBV 感染的关联研究  65-75
      材料  65-67
      方法  67-69
      结果  69-73
      讨论  73-75
  第二部分 TBX21 和TIM-1 基因多态性与甲型肝炎的遗传关联研究  75-85
    材料  75-76
    方法  76-77
    结果  77-80
    讨论  80-85
  第三部分 TBX21 和TIM-1 基因多态性与自身免疫性肝炎的遗传关联研究  85-94
    材料  85-86
    方法  86
    结果  86-91
    讨论  91-94
  全文结论  94-95
  本研究的创新之处  95
  存在问题及展望  95-96
  致谢  96-97
  参考文献  97-102
文献综述病毒性肝炎的遗传因素研究及遗传关联分析方法学进展  102-132
  参考文献  122-132
博士在读期间发表的文章  132-133
英文论著  133-145

Th极化关键基因TBX21和TIM-1与甲/乙型肝炎及自身免疫性肝炎的遗传关联研究

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