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与先天性心脏传导阻滞（CHB）相关小分子药物靶点的研究

作　者: 解瑯明
导　师: 闫玉清
学　校: 哈尔滨师范大学
专　业: 遗传学
关键词: 先天性心脏传导阻滞药物靶点语义相似性富集分析
分类号: R714.5
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

先天性心脏传导阻滞(CHB)是一种完全性房室传导阻滞,这种疾病严重危害胎儿健康。据估计会影响到1/5,500的孕妇(50%胎儿死亡率)和1/11,000的新生儿,并导致患儿终身需要靠心脏起搏器生活。研究该病相关药物靶点能够加快该病相关药物的研发速度、极大的推动CHB的靶向治疗,同时更好的阐明该病病理。本文构建了与先天性心脏传导阻滞直接相关的阳性集和该病的候选阴性集,两个集合都由基因和蛋白相关信息构成。首先,通过网络数据平台利用文本挖掘就目前研究较多可信度高的该病相关蛋白进行了信息整合,构建了该病相关的阳性集。其次,利用PubMed、OMIM查找该病与房室心律失常、心脏衰竭间存在的疾病关联,将通过疾病间关联分析研究复杂疾病的报道为理论依据,在DrugBank数据库中间接寻找该病相关潜在药物靶点,构建了该病的候选阴性集。通过两个集合间基因语义相似性计算比较,以及ENDEAVOUR数据库数据注释达到了优化该病相关潜在药靶蛋白的目的。结果,预测了20个潜在药物靶点。随后,使用GENECODIS对预测出的20个潜在药物靶点的药靶蛋白及相应基因做了GO功能、相关通路和MicroRNA、SNP的富集分析。本文通过研究发现20个潜在药物靶点的功能较多集中在门控离子通道活性、转运活性、信号传导活性、离子转运活性和离子通道活性;候选阴性集中基因富集到最多的一条通路是(KEGG)04020的钙信号传导通路,与之前类似研究结果相符。其次,还找到富集效果较好之前未有报道的(KEGG)04010的MAPK信号通路、(KEGG)05410的肥厚性心肌病等多条通路。同时,发现hsa-miR-770-5P富集在候选阴性集基因中的15个基因上。本文的研究对于先天性心脏传导阻滞今后的治疗具有一定的意义,并将为进一步该病相关药物研发提供一定依据。

全文目录

摘要  9-10
Abstract  10-11
第1章绪论  11-17
  1.1 先天性心脏传导阻滞研究进展  11-12
    1.1.1 先天性心脏传导阻滞简介  11
    1.1.2 先天性心脏传导阻滞发病机制  11
    1.1.3 先天性心脏传导阻滞疾病类型  11-12
    1.1.4 自身抗体与先天性心脏传导阻滞  12
  1.2 药物靶点  12-13
    1.2.1 药物靶点及药物靶点的生物学特征  12
    1.2.2 寻找、验证药物靶点的方法  12-13
      1.2.2.1 基因水平的技术  12-13
      1.2.2.2 蛋白质水平技术  13
  1.3 药物靶点与先天性心脏传导阻滞  13-14
  1.4 生物信息学的研究与应用  14-15
    1.4.1 生物信息学概述  14
    1.4.2 生物信息学在生物学领域中的应用  14-15
  1.5 本课题的选题背景和研究内容  15-17
第2章数据  17-24
  2.1 获取已知先天性心脏传导阻滞相关的基因、蛋白构建阳性集合  17-19
    2.1.1 HsEg5 抗体  17-18
    2.1.2 L -型钙通道  18
    2.1.3 a1-肾上腺素受体  18
    2.1.4 转化生长因子β1  18-19
  2.2 构建CHB 候选阴性集合  19-23
  2.3 本章小结  23-24
第3章利用语义相似性方法计算阳性集和候选阴性集间功能相似性  24-27
  3.1 引言  24
  3.2 方法  24-26
    3.2.1 GO 节点相似性  24-25
    3.2.2 GO 节点集合间的相似性  25
    3.2.3 两个基因集合的相似性  25-26
    3.2.4 随机检验  26
  3.3 结果与讨论  26
  3.4 本章小结  26-27
第4章基于 Endeavour 预测潜在 CHB 药物靶点及 GeneCodis 优化、富集分析候选基因  27-35
  4.1 引言  27
  4.2 方法  27-28
  4.3 结果与讨论  28-34
  4.4 本章小结  34-35
结论  35-36
参考文献  36-39
在读期间发表的文章  39-40
致谢  40

与先天性心脏传导阻滞（CHB）相关小分子药物靶点的研究

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