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秦川牛PACAP基因多态性及其与部分生长性状的关联研究

作　者: 郝瑞杰
导　师: 昝林森
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 动物学
关键词: 秦川牛 PCR-SSCP PACAP基因生长性状
分类号: S823
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 34次
引　用: 2次
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内容摘要

本研究利用PCR-SSCP结合测序技术检测PACAP基因在257头秦川牛群体中的多态性,并构建最小二乘分析模型,分析基因型与部分生长性状的相关性,获得结果如下:1.在PACAP基因-465bp处发生T/G突变,基因型检测共发现3种基因型,分别为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.6059和0.3941;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态;在体斜长和胸深上,AB,AA基因型个体显著高于BB基因型个体(P<0.05);在胸宽和腰角宽上,AB基因型个体显著高于BB基因型个体(P<0.05);在其他性状上, AA和AB基因型个体都高于BB基因型个体,但未达到显著水平。2.在PACAP基因87bp处发生T/C突变,基因型检测结果共发现3种基因型,分别命为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.9582和0.0419;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态;不同基因型个体对生长性状的影响并未达到显著水平3.在PACAP基因2805bp处发生T/C突变,并导致脯氨酸(P)99亮氨酸(L)变异。基因型检测共发现3种基因型,分别为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.6233和0.3767;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery不平衡状态;在体斜长上,AB基因型个体极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA基因型个体显著高于BB基因型个体(P<0.05);在胸宽上,AB基因型个体显著高于BB基因型个体(P<0.05);而在其他性状上差异均不显著。4.在PACAP基因3909bp处发生G/A突变,基因型检测共发现3种基因型,分别为AA、AB和BB, A和B等位基因的频率分别为0.5992和0.4008;该位点在所检测秦川牛群体中处于Hardy-Weinbery平衡状态;在体斜长上,AA、AB和BB基因型个体之间差异均达到极显著(P<0.01);在体高上,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA基因型个体显著高于AB基因型个体(P<0.05);在体重上,AA和AB基因型个体极显著高于BB基因型个体(P<0.01);在胸围上,AA基因型极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA基因型个体显著高于AB基因型个体(P<0.05),AB基因型个体显著高于BB基因型个体(P<0.05);在胸宽上,AB基因型个体显著高于BB基因型个体(P<0.05);而在其它性状上差异均不显著(P>0.05)。T-465G,T2805C,G3909A,突变位点可能是影响秦川牛生长性状的主效QTN或与之紧密连锁,可作为秦川牛选育的侯选分子标记。

全文目录

摘要  5-6
ABSTRACT  6-11
引言  11-12
第一章文献综述  12-32
  1.1 秦川牛的选育概况  12-15
    1.1.1 现今肉牛业的发展现状  12
    1.1.2 黄牛在动物学上的地位  12
    1.1.3 秦川牛（Qinchuan cattle）简介  12-13
    1.1.4 秦川牛的选育进展  13-15
  1.2 主要的遗传标记介绍  15-21
    1.2.1 形态学标记  15
    1.2.2 细胞遗传标记  15-16
    1.2.3 生化遗传标记  16
    1.2.4 免疫学标记  16
    1.2.5 DNA 分子遗传标记  16-21
  1.3 分子标记在牛研究中的应用  21-26
    1.3.1 主效基因  21-23
    1.3.2 数量性状位点  23-25
    1.3.3 标记辅助选择  25-26
  1.4 侯选基因PACAP 基因的研究现状  26-31
    1.4.1 PACAP 基因  26
    1.4.2 PACAP 分子结构与进化  26-28
    1.4.3 PACAP 的组织分布  28-29
    1.4.4 PACAP 的作用机理  29
    1.4.5 PACAP 的结构与功能的关系  29
    1.4.6 PACAP 生物功能  29-31
    1.4.7 PACAP 的研究展望  31
  1.5 本研究的目的意义  31-32
第二章材料与方法  32-43
  2.1 实验材料  32-34
    2.1.1 实验动物及其血样采集，相关指标测定  32
    2.1.2 主要仪器设备  32
    2.1.3 主要试剂与药品  32-33
    2.1.4 溶液与缓冲液  33-34
  2.2 试验方法  34-41
    2.2.1 血液基因组DNA 的提取，检测以及DNA 池的构建  34-37
    2.2.2 PCR 扩增体系  37-38
    2.2.3 PCR-SSCP 分析  38-39
    2.2.4 产物的纯化、克隆鉴定和测序  39-41
  2.3 资料的统计与分析  41-43
    2.3.1 基因频率和基因型频率的计算  41
    2.3.2 基因频率和基因型频率的差异显著性检验  41-42
    2.3.3 位点遗传纯合度（Ho）、杂合度（He）和有效等位基因数（Ne）  42
    2.3.4 多态信息含量  42
    2.3.5 统计分析模型  42-43
第三章结果与分析  43-55
  3.1 血液基因组DNA 的电泳检测  43
  3.2 PACAP 基因5'端调控序列的遗传变异及其对生长性状的影响  43-46
    3.2.1 5'UTR 的SNP 检测  43-44
    3.2.2 PACAP 基因T-465G 突变位点的PCR 产物检测  44
    3.2.3 PACAP 基因T-465G 突变位点的PCR-SSCP 分析  44
    3.2.4 PACAP 基因T-465G 突变位点的遗传多态性指标  44-45
    3.2.5 PACAP 基因T-465G 突变位点对生长性状的影响  45-46
  3.3 PACAP 基因第一外显子的遗传变异及其对生长性状的影响  46-48
    3.3.1 PCR 产物检测  46
    3.3.2 SSCP 分析  46-47
    3.3.3 不同基因型序列测定及蛋白变异  47
    3.3.4 PACAP 基因T87C 突变位点的遗传多态性指标  47-48
    3.3.5 PACAP 基因T87C 突变位点对生长性状影响  48
  3.4 PACAP 基因第二外显子的遗传变异及其对生长性状的影响  48-49
    3.4.1 PCR 产物检测  48-49
    3.4.2 SSCP 分析  49
  3.5 PACAP 基因第三外显子的遗传变异及其对生长性状的影响  49-52
    3.5.1 PCR 产物检测  49
    3.5.2 SSCP 分析  49
    3.5.3 杂合子序列测定  49-50
    3.5.4 PACAP 基因T2805C 突变位点的遗传多态性指标  50-51
    3.5.5 PACAP 基因T2805C 突变位点对生长性状的影响  51-52
  3.6 PACAP 基因第 3 内含子的遗传变异及其对生长性状的影响  52-55
    3.6.1 PCR 产物检测  52
    3.6.2 SSCP 分析  52
    3.6.3 不同基因型序列测定  52-53
    3.6.4 PACAP 基因G3909A 突变位点的遗传多态性指标  53
    3.6.5 PACAP 基因G3909A 突变位点对生长性状的影响  53-55
第四章讨论  55-61
  4.1 高质量DNA 提取的改进  55
  4.2 PCR 的优化  55-56
    4.2.1 模板的质量  55
    4.2.2 退火温度的确定  55-56
    4.2.3 引物的设计  56
  4.3 SSCP 的优化  56-58
    4.3.1 扩增片段长度  56
    4.3.2 PCR 产物的浓度及上样量  56
    4.3.3 凝胶的浓度  56-57
    4.3.4 电泳的条件  57
    4.3.5 DNA 染色方法的改进  57-58
  4.4 PCR 产物的纯化测序  58
  4.5 测序峰图的判读  58
  4.6 PACAP 基因的遗传变异分析  58-59
  4.7 PACAP 基因多态位点对生长性状的影响分析  59-60
  4.8 本研究存在问题以及后续研究方向  60-61
第五章结论  61-62
参考文献  62-68
致谢  68-69
作者简介  69

秦川牛PACAP基因多态性及其与部分生长性状的关联研究

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