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中国汉族人群UMODL1基因多态性与高度近视的关联研究

作　者: 朱苗苗
导　师: 顾扬顺
学　校: 浙江大学
专　业: 眼科学
关键词: 高度近视 UMODL1基因 单核苷酸多态性 单体型 关联分析 第二表型分析
分类号: R778.11
类　型: 博士论文
年　份: 2012年
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内容摘要


目的：基于日本全基因组关联分析研究结果,选择新候选基因UMODL1为目的基因,研究该基因单核苷酸多态性与中国汉族人群高度近视的关联性,进而为研究近视的发病机制奠定基础。材料和方法：采用病例-对照关联分析方法,共收集2组研究对象,其中组1含356名高度近视(双眼近视屈光度≥-8.00D)和356名正常对照(双眼屈光度在±1.00D之间)个体；组2含526名高度近视和394名正常对照个体。两组研究对象入选标准相同。所有样本提取全血DNA。应用HapMap数据库在研究区域内选取59个标签SNP,进行初步关联分析研究。采用多引物延伸结合MALDI-TOF MS、 PCR-RFLP、PE-DHPLC技术检测基因型。运用SPSS软件进行研究对象的基本数据和眼部参数分析；运用Plink软件进行单个SNP在5种遗传模式(等位基因、基因型、加性、显性、隐性)下与高度近视的关联分析；运用Haploview、Plink、 Beagle软件分别进行基于连锁不平衡模型、滑动窗口模型、局部单体型簇模型的单体型关联分析；采用10000次的置换检验进行多重检验矫正。初步关联组研究的阳性结果进行后续的扩大样本量研究(组2),共检测了4个标签SNP(rs220168、rs220170、rs11911271和rs3819142)。第二表型关联分析采用SPREG2.0程序进行,结果经FDR多重检验矫正。最后,进行荟萃分析综合评价本研究及相关研究。结果：初步关联研究(组1)显示,57个SNPs的单个SNP等位基因或基因型频率与高度近视均无显著关联性。另有2个SNPs(rs1571737、rs220279)因不处于Hardy-Weinberg平衡而未被纳入分析。基于局部单体型簇的单体型分析显示由SNPs rs220168-rs220170-rs11911271组成的单体型GCT与超高度近视(近视屈光度≥-12.00D)存在关联性(P=0.0015,OR：3.78)。这3个SNP以及与其在同一个LD内的非同义SNPrs3819142被纳入扩大样本量关联研究(组2)。扩大样本量关联研究显示,SNP rs3819142与超高度近视组(近视屈光度≥-10.00D)存在关联性(P=0.0021,矫正P=0.0168)。然而该关联性在合并组(组1与组2)研究中不能被重复验证。第二表型关联研究显示SNPrs220120的C等位基因与前房深度之间存在关联性(P=0.001,矫正P=0.046),回归系数为-0.066(95%CI：-0.104～-0.027)。当高度近视标准设为≥-10.00D时,该关联性信号加强(P=0.0003,矫正P=0.019)。结论：中国汉族人群UMODL1基因及其上下游3Kb区域单核苷酸多态性与高度近视无显著关联性。但与前房深度相关联,该结果还需覆盖其他种族人群的研究来进一步确认。

全文目录


致谢  5-6
中文摘要  6-8
Abstract  8-10
缩略词表  10-11
目次  11-12
1 绪论  12-17
  1.1 近视遗传因素概述  12-13
  1.2 近视遗传因素分析方法  13-15
  1.3 UMODL1基因作为近视候选基因的依据  15-16
  1.4 本研究的目的和策略  16-17
2 材料和方法  17-43
  2.1 研究对象和DNA样本  17-19
  2.2 标签SNP的选择  19-22
  2.3 Tag SNPs基因分型  22-39
  2.4 统计分析  39-43
3 结果  43-68
  3.1 研究对象基本资料及眼部参数  43-46
  3.2 Tag SNPs基因分型结果  46
  3.3 Hardy-Weinberg平衡检验  46
  3.4 组1单个SNP和高度近视关联分析  46-55
  3.5 组1中57个SNPs的单体型关联分析  55-63
  3.6 组2及合并组中单个SNP和高度近视的关联分析  63
  3.7 组2及合并组中4个SNPs单体型关联分析  63-64
  3.8 第二表型关联分析  64-65
  3.9 荟萃分析  65-68
4 讨论  68-76
5 结论  76-78
参考文献  78-84
综述  84-113
  参考文献  100-113
作者简历及科研成果  113

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中图分类: > 医药、卫生 > 眼科学 > 眼屈光学 > 眼应用屈光学 > 近视
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