学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

鹅色素相关基因TYR和MITF的单核苷酸多态性与羽色性状的相关性研究

作　者: 黄晶
导　师: 刘益平
学　校: 四川农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: TYR基因 MITF基因 浙东白鹅 朗德鹅 羽色变异
分类号: S835
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
下　载: 65次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


动物的毛色或羽色由黑色素的含量和分布决定,家禽的羽色性状除了是其重要的经济性状外,在育种上也是品种(系)选育的遗传标记。酪氨酸酶(tyrosinase, TYR)基因和小眼畸形相关转录因子(Microphthalmia-associated transcription factor, MITF)基因的变异与动物的毛色或羽色性状相关,是毛色或羽色遗传的重要候选基因。本研究以鹅TYR基因和MITF基因为候选基因,选用浙东白鹅(白羽)、朗德鹅灰羽和花羽(灰白相间)3种羽色系的鹅为试验材料,采用PCR产物直接测序的方法,对TYR基因外显子1和MITF基因部分编码区进行了单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)筛查,探讨其多态性与鹅羽色性状的关联性,从而为遗传育种研究提供分子生物学依据。本试验扩增获得了鹅TYR基因外显子1序列588bp和MITF基因全部编码区(CDS)序列1397bp。生物信息学分析表明TYR基因外显子1序列和MITF基因CDS序列与红原鸡等禽类TYR基因和MITF基因的核苷酸同源性在分别在90%和93%以上。在试验鹅群体中进行SNP位点筛查,在TYR基因外显子1上共发现4个SNPs,即c.138G>A、c.280T>C、c.345G>A和c.369G>A,其中c.138G>A为稀有突变；在MITF基因部分编码区(280bp)上发现1个SNPs,即c.1109C>T,并在该位点上检测到2个等位基因,产生3种基因型：CC、CT和TT。将核苷酸序列翻译后发现TYR基因的c.280T>C突变导致所编码氨基酸的改变(Tyr92His),是错义突变,其他突变位点均未引起氨基酸的改变,是同义突变。通过Phase软件对TYR基因的SNPs进行单倍型分析,共得到6种单倍型和6种单倍型组合,其中H3(T-G-G)和H3H3分别为优势单倍型和优势单倍型组合。关联性分析表明,单倍型H1和H5与浙东白鹅的白羽性状极显著相关(P<0.01),H2和H3与这三种羽色均表现为极显著相关(P<0.01)。在MITF基因c.1109C>T位点上,TT基因型是浙东白鹅白羽性状的优势等位基因型并与白羽性状显著相关(P<0.05)。因此,TYR基因和MITF基因的突变与鹅羽色性状存在一定的相关性,是影响鹅羽色性状的候选基因。

全文目录


摘要  5-6
ABSTRACT  6-9
1 文献综述  9-25
  1.1 前言  9-10
  1.2 黑色素的概念和分类  10
  1.3 黑色素的形成机理  10-12
  1.4 黑色素合成相关的基因及其变异  12-16
    1.4.1 黑色素皮质激素受体1基因  12-13
    1.4.2 Agouti基因  13
    1.4.3 P基因  13-14
    1.4.4 溶质转运蛋白家族  14
    1.4.5 KIT基因和TPCN2基因  14-15
    1.4.6 TYRP-1基因与TYRP-2基因  15-16
  1.5 TYR(酪氨酸酶)基因与色素沉积  16-19
    1.5.1 TYR基因的定位和结构  16-17
    1.5.2 酪氨酸酶(TYR)基因变异与表型  17-19
  1.6 MITF(小眼畸形相关转录因子)基因与色素沉积  19-23
    1.6.1 MITF基因结构及蛋白异构体  20-21
    1.6.2 MITF基因与黑色素生成的调控  21
    1.6.3 MITF基因突变与表型  21-23
  1.7 浙东白鹅和朗德鹅品种介绍  23-24
    1.7.1 朗德鹅  23-24
    1.7.2 浙东白鹅  24
  1.8 目的和意义  24-25
2 材料与方法  25-33
  2.1 材料  25-27
    2.1.1 试验材料  25
    2.1.2 试验试剂与主要仪器  25-26
    2.1.3 主要试剂的配制  26-27
  2.2 试验方法  27-31
    2.2.1 组织总RNA的提取  27-28
    2.2.2 总RNA的检测  28
    2.2.3 反转录反应  28-29
    2.2.4 基因组DNA的提取  29
    2.2.5 引物设计及合成  29-30
    2.2.6 PCR反应条件及体系  30-31
  2.3 统计分析  31-33
    2.3.1 基因频率和基因型频率的计算  31
    2.3.2 遗传多态性分析  31-33
3 结果与分析  33-39
  3.1 RNA和DNA的抽提与PCR结果  33-34
    3.1.1 RNA抽提结果  33
    3.1.2 DNA抽提结果  33-34
    3.1.3 PCR扩增结果  34
  3.2 TYR基因与MITF基因序列分析  34-39
    3.2.1 目的片段的确定  34-35
    3.2.2 基因碱基组成分析  35
    3.2.3 开放性读码框  35-36
    3.2.4 鹅TYR基因与MITF基因序列测定及SNP筛查  36
    3.2.5 鹅TYR基因与MITF基因各SNPs与羽色的相关性分析  36-38
    3.2.6 TYR基因单倍型分析  38-39
4 讨论与结论  39-43
  4.1 讨论  39-42
    4.1.1 关联性分析方法  39-40
    4.1.2 同义突变对基因功能和表型的影响  40-41
    4.1.3 TYR基因和MITF基因突变与黑色素形成及羽色的关系  41-42
  4.2 结论  42-43
参考文献  43-53
致谢  53-54
攻读学位期间发表的学术论文目录  54-55
附录  55-56

相似论文

  1. 开填体重和饲喂油脂对朗德鹅肥肝性能的影响,S835
  2. 朗德鹅肥肝脂肪沉积候选基因多态性与产肝性能的初步研究,S835.2
  3. 浙东白鹅和朗德鹅MC1R基因变异与定量表达研究,S835
  4. 软组织透明细胞肉瘤融合基因及组织发生研究,R738.6
  5. 荣昌猪毛色分子遗传标记的研究,S828
  6. Waardenburg综合征Ⅱ型一家系的临床分析和MITF基因的突变检测,R764.43
  7. 浙东白鹅就巢性的分子遗传机理研究,S835
  8. 固原鸡耐寒性状微卫星标记及其相关基因遗传变异研究,S831
  9. FATP1和FATP4基因在浙东白鹅和朗德鹅中的发育性表达研究,S835
  10. OCA患者基因突变及其致病机理的初步分析,R596
  11. 朗德鹅C/EBP基因的克隆、表达及DNA甲基化分析,S835
  12. 鹅SCD1基因的遗传变异及其组织表达规律的研究,S835
  13. 维生素、大豆黄酮和能量蛋白水平对浙东白鹅母鹅繁殖性能的影响,S835
  14. 填饲前期添加发酵剂对朗德鹅肥育、抗氧化应激及产肝性能的影响,S835
  15. 边鸡MC1R和TYR基因序列及mRNA表达研究,S831.2
  16. 糙米型日粮中添加胆碱、肉碱对朗德鹅产肝性能及胴体品质影响的研究,S835.5
  17. 朗德鹅对能量、蛋白质和钙营养需要的研究,S835
  18. 不同能量饲料对朗德鹅产肝性能影响的研究,S835.5
  19. 超饲养对鹅肝脏差异表达基因转化生长因子β_2基因表达的影响,S835
  20. 不同脂肪酸对朗德鹅填饲的效果及脂肪酸合成酶RFLP多态性与生产性能的相关研究,S835

中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家禽 > 鹅
© 2012 www.xueweilunwen.com