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基于核糖体18SrRNA和28SrRNA基因的常见肉食螨系统关系分析

作　者: 张素卿
导　师: 夏斌
学　校: 南昌大学
专　业: 动物学
关键词: 肉食螨 18SrRNA基因 28SrRNA基因系统分析
分类号: Q951.3
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 14次
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内容摘要

本论文在探索运用Chelex-100螯合树脂提取单头螨DNA的方法基础之上,基于核糖体18SrDNA基因、28SrDNA基因对肉食螨亚科常见的2属4种肉食螨(马六甲肉食螨、强壮肉食螨、转开肉食螨及磷翅触足螨)的系统关系进行分析,主要研究内容和结果如下：1、单头螨DNA的提取方法成功探索了用Chelex-100螯合树脂从单头螨种提取DNA的快速而简便的方法。结果表明：与传统方法相比,此方法提取单头螨的DNA效果理想,稳定性好,保存时间较长,可广泛用于各种螨的单头螨DNA提取。而且对于应用到螨这类微小动物具有许多优点：痕量取材,操作简单、安全无毒,标本提取,费用低廉等。2、四种肉食螨的18SrRNA基因系统分析对四种肉食螨的18SrRNA基因碱基组成研究发现,该片段具有A+T含量偏向性,进行四种肉食螨的序列进行对比,共检测到此段序列含变异位点92个简约信息位点52个,变异位点大都集中在该片段的中部。此段序列插入/缺失较少,相对保守。肉食螨属的马六甲肉食螨与强壮肉食螨其遗传距离为0,两者与同为肉食螨属的转开肉食螨间的遗传距离为0.085,因此认为马六甲肉食螨与强壮肉食螨为同物异名种。对肉食螨亚科的5个属7种肉食螨包括肉食螨属3种、触足螨属1种、仿螯螨属一种、奥螯螨属一种及Neochelacheles(仿螯螨属一种、奥螯螨属一种及Neochelacheles均从genebank中下载)一种,基于18SrRNA基因肉食螨序列比对分析,结合建立系统发育树,表明此段18SrRNA序列能够很好的区分肉食螨种属间的差异。从NJ和MP树显示,拓扑结构一致,肉食螨科5个属间的系统关系为[(马六甲肉食螨+强壮肉食螨)+转开肉食螨]+{ [(Che.wellsi+磷翅触足螨)+O. sp.]+N.messersmithi)。3、四种肉食螨的28SrRNA基因系统分析对四种肉食螨的28SrRNA基因碱基组成研究发现,该片段A+T与G+C平均含量基本持平,进行四种肉食螨的序列进行对比,共检测到此段序列含变异位点197个,简约信息位点72个,变异位点大都集中在该片段的100-400bp之间。肉食螨属的马六甲肉食螨与强壮肉食螨其遗传距离为0,两者与同为肉食螨属的转开肉食螨间的遗传距离为0.196,因此认为马六甲肉食螨与强壮肉食螨为同物异名种。对肉食螨亚科4种肉食螨包括肉食螨属3种、触足螨属1种构建了分子系统发育树,从NJ和MP树显示,拓扑结构一致,肉食螨科2个属间的关系为(马六甲肉食螨+强壮肉食螨)+(转开肉食螨+磷翅触足螨)。4、马六甲肉食螨18SrRNA和28SrRNA基因地理种群研究本论文同时还对马六甲肉食螨5个地理种群包括江西南昌、九江,广东广州,山东济宁,安徽桐城的18SrRNA和28SrRNA基因进行测序,结果表明马六甲肉食螨此段18SrRNA和28SrRNA基因的地理种群之间均无差异,此两段核糖体基因相对比较保守,不适于做肉食螨种内差异分析。

全文目录

摘要  3-5
ABSTRACT  5-7
目录  7-9
第一章绪论  9-18
  1.1 肉食螨的分类研究概况  9-10
  1.2 蜱螨分子系统学研究概况  10-15
    1.2.1 分子系统学研究概况  11
    1.2.2 分子系统学在蜱螨中的应用概况  11-14
    1.2.3 核糖体rRNA在蜱螨学中的研究应用  14-15
  1.3 系统发育树的构建方法  15-16
  1.4 单头螨DNA提取的研究  16-17
    1.4.1 Chelex-100螯合树脂  16
    1.4.2 单头蜗DNA提取探索的意义  16-17
  1.5 本论文研究目的和意义  17-18
第二章 Chelex-100法提取单头螨DNA的探索  18-27
  2.1 材料与方法  18-20
    2.1.1 样品采集  18-19
    2.1.2 主要试剂及配制  19
    2.1.3 仪器  19-20
  2.2 总基因组提取  20-21
    2.2.1 传统方法—酚氯仿法  20-21
    2.2.2 改进方法—Chelex-100方法从单头螨中提取DNA  21
  2.3 实验处理  21
    2.3.1 传统酚氯仿提取法与Chelex-100抽提法效果对比  21
    2.3.2 4种螨Chelex-100抽提法效果探索  21
    2.3.3 螨在不同保存条件下Chelex-100抽提法效果对比  21
    2.3.4 单头螨Chelex-100抽提法所获得模板保存时间探索  21
  2.4 C01与ITS的PCR扩增  21-22
  2.5 结果与分析  22-25
    2.5.1 传统方法与Chelex-100方法对比  23
    2.5.2 4种螨Chelex-100抽提法效果探索  23-24
    2.5.3 螨在不同保存条件下Chelex-100抽提法效果对比  24-25
    2.5.4 单头螨Chelex-100抽提法所获得模板保存时间的研究  25
  2.6 小结与讨论  25-27
第三章常见肉食螨核糖体18SrRNA基因序列测定及系统发育分析  27-39
  3.1 实验材料  27-28
    3.1.1 肉食螨的采集  27-28
    3.1.2 肉食螨鉴定及分离  28
  3.2 主要试剂和仪器  28
  3.3 实验方法  28-30
    3.3.1 总基因组提取  28-29
    3.3.2 18SrRNA-PCR扩增体系与条件  29
    3.3.3 扩增产物的检测  29
    3.3.4 PCR产物的纯化及目的片段序列的测定  29-30
    3.3.5 序列结果分析  30
  3.4 结果与分析  30-37
    3.4.1 肉食螨18SrRNA扩增结果  30-32
    3.4.2 肉食螨18SrRNA基因序列比较分析  32-35
    3.4.3 系统关系分析  35-37
  3.5 小结与讨论  37-39
    3.5.1 肉食螨科7种肉食螨系统关系分析  37-38
    3.5.2 马六甲肉食螨18SrRNA地理种群研究  38-39
第四章常见肉食螨核糖体28SrRNA基因序列测定及系统发育分析  39-48
  4.1 实验材料  39
  4.2 主要试剂和仪器  39
  4.3 实验方法  39-40
    4.3.1 总DNA提取  39
    4.3.2 28SrDNA-PCR扩增体系与条件  39-40
    4.3.3 扩增产物的检测  40
    4.3.4 PCR产物的纯化及目的片段序列的测定  40
    4.3.5 序列结果分析  40
  4.4 结果与分析  40-46
    4.4.1 肉食螨28SrRNA基因扩增结果  40-42
    4.4.2 4种肉食螨28SrRNA基因序列比较分析  42-45
    4.4.3 分子系统树的构建  45-46
  4.5 小结与讨论  46-48
    4.5.1 肉食螨科4种肉食螨系统关系分析  47
    4.5.2 马六甲肉食螨28SrRNA地理种群研究  47-48
第五章结论  48-50
致谢  50-51
参考文献  51-55
附录A 肉食螨部分种类18SrRNA基因测序荧光峰图  55-57
攻读学位期间的研究成果  57

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