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白蛉的数值分类和基于DNA条形码的分子系统学研究

作　者: 孙家梅
导　师: 张玲敏
学　校: 暨南大学
专　业: 病原生物学
关键词: 白蛉亚科白蛉生物系统学数值分类聚类分析分子系统学 DNA条形码 COI
分类号: R384
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 130次
引　用: 2次
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内容摘要

【目的】对中国白蛉进行数值分类研究,探索种间分类关系；并通过分子系统学分析探讨DNA条形码用于白蛉种类鉴定的有效性及系统发育探索的可行性；综合传统分类学、数值分类及DNA条形码的分子系统学,以期补充完善白蛉系统学。【方法】1.采用选取中国白蛉40个种作为分类单元、68项形态特征为分类指标,通过SPSS15.0软件进行系统聚类分析,用树状图输出结果。2.选点采集白蛉标本；以传统分类方法进行种类鉴定；进行COI序列扩增及测序；测序结果通过BioEdit软件进行手工校对,用DNAstar中的Seqman进行序列拼接,经在NCBI中Blast相似性搜索,确保为目标序列：最后用MEGA v4.1软件自带的Clustal W程序进行序列比对,并进行序列组成分析、遗传距离计算和分子系统树的构建。【结果】1.聚类分析结果与传统分类中的属级分类及白蛉属的亚属级分类情况完全吻合,显示出分类稳定性较强；而在司蛉属内对个别蛉种分类地位给予了一些启示：应氏司蛉、马来司蛉、南京司蛉、兰洲司蛉和吐鲁番司蛉可能居于亚属水平的一个多种亚属或组的位置；歌乐山司蛉、方亮司蛉、云南司蛉和尼克组,则可能占据着一个新的属级阶元的位置。2.筠连秦蛉、冷氏白蛉、云胜白蛉、鳞喙司蛉标本的COI序列长度包括引物序列在内皆为709bp,碱基使用频率有明显的A、T偏向性；平均转换颠换比为39／34=1.14；种内距离平均为0.0094,远小于种间距离平均值0.1590；基于邻接法(NJ)、最小进化法(ME)、最大简约法(MP)、非加权组平均法(UPGMA)构建的分子系统树显示各蛉种皆形成高支持率的单系,并具有稳定的拓扑结构,支持传统分类结果。【结论】数值分类结果与传统分类大体一致,验证了传统分类的可靠性,并揭示了司蛉属中一些蛉种不确定分类问题；COI序列的遗传距离和分子系统树分析结果显示DNA条形码能够很好的对白蛉进行物种识别和系统发育探索,构建综合多方位资料的白蛉DNA条形码数据库系统具有可行性和重要意义。

全文目录

中文摘要  4-6
英文摘要  6-8
目录  8-10
第一章前言  10-19
  1.1 昆虫分类  10-14
    1.1.1 数值分类学概述  10-11
    1.1.2 分子系统学与DNA条形码  11-14
  1.2 白蛉研究现状  14-18
    1.2.1 白蛉概述  14
    1.2.2 白蛉的形态特征  14-15
    1.2.3 白蛉的分类进展  15-18
  1.3 本研究的目的和意义  18-19
第二章白蛉数值分类学研究  19-31
  2.1 实验材料  19
    2.1.1 主要仪器  19
    2.1.2 白蛉标本及相关资料收集  19
  2.2. 实验方法  19-27
    2.2.1 分类单元的选取  19
    2.2.2 形态特征指标的选取及数量化  19
    2.2.3 特征描述的获得  19-27
    2.2.4 聚类分析  27
  2.3 结果与分析  27-28
  2.4 讨论  28-29
  2.5 结论  29-31
第三章 DNA条形码构建和分析  31-50
  3.1 实验材料  31-33
    3.1.1 实验仪器  31
    3.1.2 实验试剂  31-32
    3.1.3 主要试剂配制方法  32-33
  3.2 实验方法  33-37
    3.2.1 标本采集  33
    3.2.2 标本处理及研究标本的确定  33-34
    3.2.3 白蛉DNA提取  34
    3.2.4 COI的PCR扩增及检测  34-35
    3.2.5 PCR产物纯化及测序  35-36
    3.2.6 测序结果处理及分析  36-37
  3.3 结果与分析  37-47
    3.3.1 标本采集情况  37
    3.3.2 COI的PCR扩增及测序  37
    3.3.3 序列校正及比对  37-42
    3.3.4 COI序列组成分析  42
    3.3.5 基于COI的系统树  42-47
  3.4 讨论  47-49
  3.5 结论  49-50
第四章总结  50-52
参考文献  52-58
附录  58-64
在校期间发表文章  64-65
致谢  65

白蛉的数值分类和基于DNA条形码的分子系统学研究

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