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miRNA靶基因计算分析新方法及其应用研究

作　者: 余光创
导　师: 秦宜德；王升启；伯晓晨
学　校: 安徽医科大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 基因组分析 靶标预测 基因本体 语义相似性 聚类分析
分类号: Q75
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要


1.结合基因组分析的miRNA靶标预测引言miRNA通过抑制靶标发挥作用,对于miRNA的功能研究,依赖于它们所调控的靶标。目的预测炎症相关miRNA及其靶基因。方法将基因组分析结果和miRNA靶标预测结果融合。结果通过两种方法所产生数据的叠加,可以挑选出候选的关键miRNA和关键靶基因作为进一步实验研究的线索。结论将基因组分析与靶标预测相结合可以有效地减少假阳性预测结果,缩小实验验证的范围。2.基于功能注释的基因(簇)相似性度量与GOSemSim软件包实现引言GO提供了可供计算的基因注释数据。目的度量基因(簇)功能相似性。方法基于信息含量和GO图结构的五种计算方法。结果开发了基于GO注释的基因(簇)功能度量软件包GOSemSim。结论GOSemSim实现了五种方法,并支持5个物种的计算。3.基于靶标功能的人miRNA聚类分析引言聚类分析在生物学研究中常应用于分析高通量的基因组数据,通过聚类分析进行数据抽提,提取数据中隐藏的结构信息,并且可以应用于未来数据的预测和分类。目的对人类所有miRNA进行功能聚类。方法使用自主开发的GOSemSim软件包,基于miRNA靶基因的功能注释,进行聚类。结果使用kmeans算法,可以把人类所有miRNA的聚成28个子类。结论类结构显示了miRNA之间功能的相似性,聚类图上距离越近的miRNA,功能越相似。

全文目录


英文缩略词  4-6
中文摘要  6-7
Abstract  7-9
研究系列一 结合基因组分析的miRNA 靶标预测  9-23
  1 引言  9-13
  2 材料与方法  13-14
  3 结果  14-21
  4 讨论  21-23
研究系列二 基因（簇）相似性度量与GOSemSim 软件包实现  23-32
  1 引言  23-24
  2 材料与方法  24-27
  3 结果  27-31
  4 讨论  31-32
研究系列三 基于靶标功能的人miRNA 聚类分析  32-43
  1 引言  32-37
  2 材料与方法  37-39
  3 结果  39-41
  4 讨论  41-43
参考文献  43-48
总结  48-49
附录  49-52
致谢  52-53
文献综述  53-63

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中图分类: > 生物科学 > 分子生物学 > 分子遗传学
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