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基于Allglo~（TM）探针检测IL-1核苷酸多态性检测方法的建立

作　者: 潘云燕
导　师: 焦海胜
学　校: 兰州大学
专　业: 药剂
关键词: AllgloTM探针白细胞介素-1 单核苷酸多态性
分类号: R440
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

目的：快速简便、低成本和高通量是常规化的方法检测SNP所应具备的特点。本文使用的实时荧光PCR技术是在PCR反应体系中加入了AllgloTM探针,PCR结束后,根据扩增曲线,直接对IL-1的基因多态性进行分析,无需琼脂糖电泳等其他的PCR后处理,真正的实现了闭管操作,切实避免了普通PCR检测,可能由于扩增产物、染料等,所导致的污染,且无需专业生物公司进行基因测序,降低了检测成本,减少了工作流程,对临床大标本的检测更有其实用性。方法：采用AllgloTM探针进行实时荧光PCR,对IL-1β基因3954C>T、-511T>C两个SNP位点进行基因分型。设计IL-1β基因3954C>T、-511T>C位点PCR扩增引物和AllgloTM探针序列,按实时荧光PCR扩增效率和产物特异性,对反应体系的引物浓度、退火温度等条件进行不断优化,并将以AllgloTM探针实时荧光PCR的IL-1β基因分型结果与测序结果进行比对。结果：1 AllgloTM探针实时PCR反应体系优化。首先对引物浓度进行优化,当引物浓度为0.4μM时,扩增效率和PCR扩增产物量都是最佳的；其次,在梯度PCR仪上进行退火温度的优化,58.9℃、61.8℃分别为3954C>T、-511T>C位点最佳退火温度。2选择100例健康体检人员,用已建立好的,以AllgloTM为探针的实时荧光PCR反应体系,对IL-1β基因3954C>T、-511T>C两个SNP位点进行检测、基因分型,并随意抽取这100例健康体检人员的十份DNA模板,进行普通PCR,并对其扩增产物进行测序,将其测序结果与AllgloTM探针实时荧光PCR基因分型结果进行比对,结果一致。结论：1以AllgloTM为探针进行实时荧光PCR的检测,扩增效率高、产物特异性好。2 SNP的基因分型可以用AllgloTM探针实时荧光PCR进行检测。对IL-1β基因3954C>T位点和-511T>C位点基因分型,并用测序的方法进行验证,其基因分型结果与测序结果一致。3通过验证、比对,以AllgloTM探针实时荧光PCR进行基因分型是一种简单易行、快速准确、高通量的基因分型方法,集合了普通Taqman、Taqman-MGB及分子信标(molecular beacon)探针的所有优点。

基于Allglo~（TM）探针检测IL-1核苷酸多态性检测方法的建立

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