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我国笼养食蟹猴种群遗传多样性与亲子鉴定研究

作　者: 刘欢
导　师: 白素英
学　校: 东北林业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 食蟹猴 微卫星 MHC 遗传多样性 亲子鉴定
分类号: S865.1
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


食蟹猴(Macaca Fascicularis)是实验灵长类动物中用量最大的物种,我国饲养种群全部来源于东南亚各国,却已经成为饲养实验食蟹猴最大的输出国。为了清晰掌握我国饲养食蟹猴种群的遗传结构、遗传谱系并提供有效的遗传监测方法,本文利用微卫星DNA和MHC基因连锁的微卫星作为分子标记,构建了快速便捷的复合扩增体系；并对我国饲养食蟹猴群体进行了系统的遗传学研究,得到以下研究结果：1.利用文献上和GenBank上的引物,本文将所选的24对微卫星DNA引物和6对MHC基因连锁的微卫星引物进行复合扩增体系构建,成功地构建了以6个微卫星座位为一个组合的复合扩增体系。并获得了对食蟹猴有效的、对检测数据无干扰的18个微卫星座位和6个MHC微卫星座位,为食蟹猴物种提供了快速便捷有效的遗传分析方法。2.微卫星DNA遗传分析表明,我国饲养食蟹猴种群具有较高的遗传多样性。其18个微卫星基因座的等位基因数为9-20,平均等位基因数为16.21,有效等位基因数为3.7497-13.5035,平均等位基因数为8.65；多态信息含量为0.6921-0.9679,平均多态信息含量为0.8631；观察杂合度在0.3548-0.8897,平均观察杂合度为0.6533；期望杂合度为0.7333-0.9259,平均期望杂合度为0.8656,观察杂合度与期望杂合度之间的最小差值为0.0254(D6S1691),最大差值为0.5711 (D22S280); Hardy-Weinberg平衡检验处于不平衡状态；基因流为2.2806-12.6265,其平均值为5.2992。3.MHC基因连锁的STR标记分析表明,所选的MHC基因连锁的STR在我国食蟹猴种群中具有较好的多态性。其6个基因座的等位基因数为4-22,平均等位基因数为15,有效等位基因数为2.5944-13.7317,平均等位基因数为6.9646；多态信息含量为0.5465-0.9225,平均为0.7620；观察杂合度在0.4142-0.9588,平均观察杂合度为0.7183；期望杂合度为0.6311-0.9272,平均期望杂合度为0.7867,观察杂合度与期望杂合度之间的最小差值为0.0035(D6S2741),最大差值为0.3489 (DQcar); Hardy-Weinberg平衡检验MICA与D6S2741两个位点处于平衡状态,其余4个位点不平衡；各位点的基因流为1.8145-9.2045,平均为4.2711。4.利用MHC基因连锁的STR标记分析食蟹猴与恒河猴之间的遗传差异。经过比较食蟹猴表观等位基因和有效等位基因均分别为15和6.9646,恒河猴等位基因和有效等位基因均分别为13和5.3922,即食蟹猴的等位基因数均比恒河猴多。食蟹猴的观察杂合度与期望杂合度分别为0.7183和0.7867,恒河猴的表观杂合度与期望杂合度分别为0.6712和0.7380,即食蟹猴的观察杂合度与期望杂合度之间的差值比恒河猴之间的少。食蟹猴的基因流为4.2711,恒河猴的基因流5.2949,食蟹猴的基因流比恒河猴的基因流小。5.18个STR位点的累积非父排除概率达99.9999%,10个STR位点的双亲RCP值达99.9999%,单亲RCP值达99.99969%,可以达到亲权鉴定的要求。

全文目录


摘要  4-6
Abstract  6-10
1 绪论  10-16
  1.1 食蟹猴简介  10
  1.2 微卫星DNA遗传标记的研究现状  10-11
  1.3 微卫星DNA对灵长类的研究现状  11-12
  1.4 MHC基因标记的研究现状  12-13
  1.5 亲子鉴定的意义  13-14
  1.6 本项目研究的意义  14-16
2 材料与方法  16-25
  2.1 样品  16
  2.2 主要实验试剂和设备  16-18
    2.2.1 主要试剂及来源  16-17
    2.2.2 试剂配制  17
    2.2.3 要试验设备及来源  17-18
  2.3 基因组DNA的提起  18
  2.4 基因组DNA的检测  18-19
  2.5 多重PCR的构建  19-23
    2.5.1 STR及MCH连锁的STR引物的筛选  19-21
    2.5.2 单基因座PCR扩增体系的构建  21
    2.5.3 多重PCR扩增体系及条件的优化  21-22
    2.5.4 多重PCR扩增体系的结果检测  22-23
  2.6 数据统计分析  23-25
    2.6.1 群体遗传变异统计量  23
    2.6.2 Hardy-Weinberg平衡检验  23-24
    2.6.3 遗传距离  24
    2.6.4 统计分析(软件应用)  24
    2.6.5 亲权关系分析  24-25
3 结果  25-42
  3.1 基因组DNA的提取与检测结果  25
  3.2 PCR扩增结果  25-26
    3.2.1 单基因座PCR扩增结果  25
    3.2.2 多重PCR扩增结果  25-26
  3.3 多重PCR扩增体系的构建结果  26
  3.4 微卫星DNA遗传分析  26-34
    3.4.1 微卫星座位的多态性分析  26-32
    3.4.2 食蟹猴养殖群体间的遗传变异  32-33
    3.4.3 H-W平衡检验  33-34
    3.4.4 微卫星位点的遗传分化  34
  3.5 MHC基因连锁的STR遗传分析  34-39
    3.5.1 MHC基因连锁的STR多态性分析  34-38
    3.5.2 H-W平衡检验  38-39
  3.6 食蟹猴与猕猴MHC连锁STR的比较  39-40
  3.7 食蟹猴的亲子鉴定  40-42
    3.7.1 父权排除  40
    3.7.2 父权指数  40-42
4 讨论  42-45
  4.1 样本采集  42
  4.2 多重PCR体系的构建  42-43
  4.3 Hard-Weinberg平衡  43
  4.4 饲养种群遗传多样性  43
  4.5 群体遗传关系  43-44
  4.6 食蟹猴与恒河猴间MHC基因STR位点的比较  44-45
结论  45-46
参考文献  46-51
攻读学位期间发表的学术论文  51-52
致谢  52-53

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 狩猎、野生动物驯养 > 各种野生动物驯养 > 实验用动物
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