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文蛤线粒体基因组序列测定及进化分析

作　者: 王健
导　师: 赫崇波
学　校: 辽宁师范大学
专　业: 海生生物学
关键词: 文蛤 线粒体基因组 基因结构与组成 基因重排
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 104次
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内容摘要


文蛤（Meretrix meretrix）属软体动物门（Mollusca）、双壳纲（Lamellibranchia）、异齿亚纲（Heterodonta）、帘蛤目（Veneroida）、帘蛤科（Veneridae）、文蛤属（Meretrix）。文蛤是一种天然资源丰富的滩涂贝类,具有较高的营养和药用价值,是重要的海水增养殖优良品种,也是主要出口的鲜活水产品之一。本研究采用PCR扩增和基因克隆等常规分子生物学手段,并结合生物信息学方法对文蛤线粒体基因组全序列进行测定与分析。同时,探讨了双壳类线粒体基因的重排,采用NJ和MP法构建了双壳类的系统进化树。所获得的主要结论如下:1.本研究所测定的文蛤线粒体基因组全序列长度为19,826bp,编码37个基因,包括2个rRNA基因、23个tRNA基因和12个蛋白质编码基因,所有的基因都由H链编码。与典型的后口动物相比,缺失了ATP8。2.文蛤线粒体起始密码子包括ATG、ATA和TTG,终止密码子包括TAA和TAG。3.文蛤mtDNA编码23个tRNA,长度在62 bp到71 bp之间,二级结构保守,全部能够折叠成典型的三叶草结构。缺少tRNASer（AGN）,但含有两个tRNAGln的拷贝,这在双壳类中是首次发现。4.比较分析了双壳类线粒体基因的重排,在帘蛤科内,菲律宾蛤仔与文蛤和中华文蛤在基因排列上共享3个基因框:5’-COI-tRNALeu（CUN）-ND1-ND2-ND4L- tRNAIle-3’,5’-COII-tRNAPro-Cyt b-16S rRNA-ND4- tRNAHis- tRNAGlu-tRNASer（UCN）- ATP6-ND3-ND5-3’, and 5’- tRNAAsn- tRNAThr-3’。。5.应用ClustalX1.83和Mega4.0采用NJ法和MP法构建双壳纲系统进化树。所有物种分成4支,牡蛎科和扇贝科聚为一支;贻贝科和蚌科各自聚为一支;帘蛤科的三个物种聚为一支,置信度为100;然后和鸟蛤科聚为一支。

全文目录


摘要  4-5
Abstract  5-9
引言  9-10
1 文献综述  10-20
  1.1 线粒体基因组研究进展  10-14
    1.1.1 线粒体及线粒体基因组的发现  10
    1.1.2 线粒体基因组结构特征及组成  10-14
  1.2 线粒体基因组DNA 研究趋势  14-16
    1.2.1 线粒体基因组DNA 在分子系统学研究中的应用  14-15
    1.2.2 mtDNA 在系统学研究中的应用方法  15-16
    1.2.3 母系演化的研究  16
    1.2.4 线粒体其他方面的研究  16
  1.3 文蛤概述及双壳纲线粒体基因组的研究现状  16-18
    1.3.1 文蛤概述  16-18
    1.3.2 双壳纲线粒体基因组研究现状  18
  1.4 本研究目的和意义  18-20
2 材料和方法  20-29
  2.1 试验材料  20-21
    2.1.1 样本的采集与保存  20
    2.1.2 实验仪器与试剂  20-21
  2.2 实验方法  21-27
    2.2.1 总DNA 的提取  22-24
    2.2.2 PCR 扩增检测及纯化  24-26
    2.2.3 PCR 扩增产物测序  26-27
  2.3 序列的拼接与注释  27-29
    2.3.1 测序结果的片段拼接与组装  27
    2.3.2 线粒体基因组序列的基因定位与注释  27-28
    2.3.3 文蛤线粒体基因组组成、基因重排分析及系统进化树的构建  28-29
3 结果分析与讨论  29-46
  3.1 文蛤总DNA 提取与PCR 扩增结果  29-30
    3.1.1 文蛤总DNA 提取结果  29
    3.1.2 PCR 扩增结果  29-30
  3.2 文蛤线粒体基因组结构与进化分析  30-44
    3.2.1 文蛤线粒体基因组基本情况  30-37
    3.2.2 线粒体进化分析  37-44
  3.3 讨论  44-46
    3.3.1 PCR 实验条件优化  44
    3.3.2 进化树的构建  44-45
    3.3.3 线粒体DNA 作为分子标记的可靠性分析  45-46
结论  46-47
参考文献  47-52
论文发表情况  52-53
致谢  53

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