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VARS2和FGFR2基因单核苷酸多态性与乳腺癌易感性及FGFR2基因剪接相关研究

作　者: 黄传蔷
导　师: 叶长生
学　校: 南方医科大学
专　业: 普通外科学
关键词: 乳腺癌 FGFR2 VARS2 单核苷酸多态性选择性剪接
分类号: R737.9
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

乳腺癌是世界范围内女性最常见的恶性肿瘤之一,其发病率在不断上升。在美国等发达国家,其发病率占女性恶性肿瘤的30-32%,占女性恶性肿瘤之首。在我国的部分发达省市,乳腺癌的发病率也已跃居第一位。乳腺癌是严重威胁女性身心健康的疾病。乳腺癌的发生发展是多阶段多基因参与的事件,在正常乳腺上皮转化为恶性乳腺癌的过程中,多个基因发生了有序的改变。乳腺癌是环境因素和遗传因素共同作用的结果,在相同的致癌因素作用下,只有小部分人发生乳腺癌,提示遗传背景的差异导致个体对乳腺癌易感性的不同。目前研究较多的与乳腺癌易感性相关的基因有BRCA1和BRCA2基因,研究显示BRCA突变基因携带者在任何年龄发生乳腺癌的危险性都比非携带者大。但BRCA基因突变所引起乳腺癌的比例大约只占5%-10%,这说明还存在其他的与乳腺癌相关的易感基因。近年来,全基因组关联研究(GWAS)为研究那些低外显率高变异频率的易感位点提供了良好的技术支持。通过研究发现了大量的和乳腺癌相关的易感基因和单核苷酸多态性位点,例如FGFR2、LSP1、MAP3K1、TGFB1、TOX3等。VARS2基因即位于人类HLA基因区,它的主要功能为编码ValRS合成。国外有研究推测此基因与肺癌及一些自身免疫性疾病有一定关系,也有报道认为此基因的变异和早期乳腺癌的预后有一定相关性。成纤维细胞生长因子受体2(FGFR2)是酪氨酸激酶受体家族的成员之一,它的主要作用是介导FGFs信号传导,在细胞的增殖、分化、血管生成、骨骼发育以及人体的生长发育相关过程中发挥重要的作用。FGFR2已经被证实和许多疾病相关,尤其FGFR2与肿瘤的关系成为近年来研究的热点。GWAS已经证实FGFR2基因是乳腺癌易感基因之一,尤其是它的第2个内含子中存在8个SNP位点rs35054928, rs2981578, rs2912778, rs2912781, rs35393331, rs10736303, rs7895676, rs33971856,已经证实与增加乳腺癌的风险高度相关。此外,FGFR2基因的选择性剪接也成为近年来的研究热点。其中FGFR2IIIB和FGFR2IIIC是其中最重要的两种剪接变异体,FGFR2基因的第三个免疫球蛋白样区域的互相排斥的选择性剪接产生了FGFRIIIB受体或者FGFR2IIIC受体。国外已有研究报道在膀胱癌中发现FGFR2IIIB向FGFR2IIIC亚型的转化,并且认为这种转化与癌肿的浸润能力增强有关；也有学者在转移性乳腺癌中发现了FGFR2IIIC比FGFR2IIIB的表达量高。因此我们推测FGFR2IIIB和FGFR2IIIC的表达与乳腺癌的进展有关。本研究主要分为两个部分：第一部分主要目的是通过病例对照研究的方法,利用MassARRAY(?)-IPLEX SNP分型技术,探索VARS2和FGFR2两个基因的单核苷酸多态性与中国女性乳腺癌的易感性之间的关系,并进一步根据激素受体的状态进行分层分析；第二部分主要目的是通过病例对照研究的方法,利用qPCR技术,研究FGFR2剪接变异体与乳腺癌之间的关系,并进一步研究剪接变异体与临床病理资料的关系。第一部分VARS2和FGFR2基因单核苷酸多态性与中国女性乳腺癌易感性的研究VARS2基因的单核苷酸多态性与乳腺癌的易感性研究目的：探讨VARS2(valyl-tRNA synthetase2)基因中单核苷酸多态性位点(single nucleotide polymorphisms, SNP) rs2249464与广东省汉族女性散发性乳腺癌的相关性。方法：采用MassARRAY(?)-IPLEX SNP分型技术,以南方医科大学南方医院的216例广东汉族乳腺癌患者及216例同期健康体检者为研究对象,对rs2249464多态性位点进行基因分型,利用χ2检验统计分析病例组和对照组的基因型频率有无差异,利用非条件Logistic回归计算比数比(odds ratio,OR)和95%可信区间(confidence interval,C1)来评价此位点多态性与乳腺癌的相关性。然后进一步将病例组按雌激素受体(estrogen receptor,ER)和孕激素受体(progesteronereceptor,PR)免疫组化结果行分层分析。结果：rs2249464位点C/C,C/T,T/T3种基因型分布在对照组和病例组之间有统计学差异。根据免疫组化情况进一步分层分析结果表明rs2249464的基因型分布在ER阳性/阴性组之间的差异无统计学意义(P>0.05)；但在PR阳性/阴性组之间的差异有统计学意义(P<0.05)。结论：VARS2基因rs2249464位点单核苷酸多态性与广东汉族散发性乳腺癌的易感性具有相关性,且携带T/T基因型的患者更容易罹患PR阴性乳腺癌。FGFR2基因单核苷酸多态性与中国女性乳腺癌易感性的研究目的：探讨FGFR.2基因中5个单核苷酸多态性位点(Rs1078806、Rs2420946、Rs2981579、Rs7895676和Rs1219648)与中国女性散发性乳腺癌的相关性。方法：采用MassARRAY(?)-IPLEX SNP分型技术,分别收集来自广东、江西、山东、重庆四个地区845例乳腺癌患者及同期健康体检的882例正常人的血清为研究对象,对Rs1078806、Rs2420946、Rs2981579、Rs7895676和Rs1219648多态性位点进行基因分型,利用χ2检验统计分析病例组和对照组的基因型频率有无差异,利用非条件Logistic回归计算比数比(odds ratio,OR)和95%可信区间(confidence interval,CI)来评价此位点多态性与乳腺癌的相关性。然后进一步将病例组按雌激素受体(estrogen receptor,ER)和孕激素受体(progesterone receptor,PR)免疫组化结果行分层分析。结果：(1)Rs1078806位点C/C, C/T, T/T3种基因型分布在对照组和病例组之间没有统计学差异。根据免疫组化情况进一步分层分析结果表明Rs1078806的基因型分布在ER阳性/阴性组之间的差异无统计学意义(P>0.05)；但在PR阳性/阴性组之间的差异有统计学意义(P<0.05)。(2)Rs2420946位点C/C, C/T, T/T3种基因型分布在对照组和病例组之间有统计学差异。根据免疫组化情况进一步分层分析结果表明Rs2420946的基因型分布在ER阳性/阴性组之间的差异有统计学意义(P<0.05)；并且在PR阳性/阴性组之间的差异有统计学意义(P<0.05)。(3)Rs2981579位点C/C, C/T, T/T3种基因型分布在对照组和病例组之间有统计学差异。根据免疫组化情况进一步分层分析结果表明Rs2981579的基因型分布在ER阳性/阴性组之间的差异有统计学意义(P<0.05)；并且在PR阳性/阴性组之间的差异有统计学意义(P<0.05)。(4)Rs7895676和Rs1219648两位点经分析后发现Hardy-Weinberg不平衡(P<0.05)。结论：1、FGFR2基因Rs2420946和Rs2981579位点单核苷酸多态性与女性乳腺癌的具有相关性,其中在Rs2420946和Rs2981579两个位点中携带T/T基因型的人群患乳腺癌的风险增加。2、Rs1078806位点的单核苷酸多态性和孕激素受体的状态相关。3、Rs2420946和Rs2981579T/T基因型携带的乳腺癌患者的激素受体状态更容易为阳性。第二部分FGFR2基因剪接体亚型与乳腺癌的相关研究目的：探讨FGFR2基因剪接变异体与乳腺癌的关系,及FGFR2基因剪接变异体与临床病理资料之间的相关性。方法：收集来自南方医院乳腺科的35例乳腺癌患者的癌组织和癌旁组织。利用限制性内切酶技术,用限制性内切酶AVAI和ECORV剪切FGFR2基因片段(外显子6-9)区分FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC的表达,经琼脂糖凝胶电泳后在紫外透射仪下观察FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC的表达；之后利用荧光定量PCR的方法测定FGFR2ⅢB亚型和FGFR2ⅢC亚型的mRNA的绝对定量,用非参数检验的方法分析FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC mRNA的表达在乳腺癌组织和正常组织中的差异,并根据临床病理资料进一步分析FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC mRNA表达在不同分组中的差异。结果：1、FGFR2ⅢB基因经AVAI酶切后产生2个片段(70bp和230bp),FGFR2ⅢC基因经ECORV酶切后产生2个片段(180bp和120bp),在15例乳腺癌标本中15例有FGFR2ⅢB表达,7例乳腺癌标本中有FGFR2ⅢC表达。2、(1) FGFR2ⅢB、FGFR2ⅢC分别在癌组织和癌旁组织中的表达无显著差异(P>0.05)；在癌组织和癌旁组织中FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC的表达有显著差异,癌组织和癌旁组织中的FGFRⅢB均的表达量显著高于FGFR2ⅢC(P<0.05)；(2)癌症组中FGFR2ⅢB、FGFR2ⅢC各自的表达量在不同年龄组中有显著差异,在年龄<50组中FGFR2ⅢB及FGFR2ⅢC的表达量均明显大于年龄≥50组的乳腺癌患者(P<0.05)；而癌症组中FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC表达差异在不同年龄组中无明显差异(P>0.05)。(3)癌症组中FGFR2ⅢB、FGFR2ⅢC各自的表达量在不同临床分期分组中有显著差异,在临床分期为Ⅲ和Ⅳ组中FGFR2ⅢB及FGFR2ⅢC的表达量均明显大于临床分期为0、Ⅰ和Ⅲ期组的乳腺癌患者(P<0.05)；而癌症组中FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC表达差异在不同临床分期分组中无明显差异(P>0.05)。(4)癌症组中FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC各自表达量在不同淋巴结转移分组间无统计学差异(P>0.05)；癌症组中FGFR2ⅢB和FGFR2ⅢC之间表达量在不同淋巴结转移分组中无明显差异(P>0.05)。(5)癌症组中的FGFR2IIIB和FGFR2IIIC各自的表达量,以及FGFR2IIIB和FGFR2IIIC的表达差异在不同ER、PR、HER2、分子分型分组中无明显差异(P>0.05)。结论：1、FGFR2基因剪接体的亚型在乳腺癌中的表达有显著差异,其中更多表达FGFR2IIIB。2、癌组织中FGFR2IIIB和FGFR2IIIC的表达在年龄较小的乳腺癌患者中表达更高。3、癌组织中FGFR2IIIB和FGFR2IIIC在晚期的乳腺癌的表达量高于早期乳腺癌。4、综上结论提示FGFR2IIIB和FGFR2IIIC在恶性程度更高的乳腺癌中高表达。

全文目录

摘要  3-9
ABSTRACT  9-17
第一部分 VARS2基因和FGFR2基因的单核苷酸位点多态性与乳腺癌易感性的相关研究  17-49
  第一章前言  17-21
  第二章材料与方法  21-28
  第三章 VARS2基因单核苷酸多态性与乳腺癌易感性的相关性研究  28-35
  第四章 FGFR2基因多态性与乳腺癌易感性的相关研究  35-49
第二部分 FGFR2基因选择性剪接与乳腺癌的相关研究  49-70
  第一章前言  49-50
  第二章材料与方法  50-58
  第三章实验结果  58-65
  第四章讨论  65-69
  第五章结论  69-70
参考文献  70-75
英文缩略词表  75-76
硕士论文发表情况  76-77
致谢  77-79

VARS2和FGFR2基因单核苷酸多态性与乳腺癌易感性及FGFR2基因剪接相关研究

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