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大兴安岭地区部分种DNA条形码研究

作　者: 李金璐
导　师: 王玲
学　校: 东北林业大学
专　业: 园林植物与观赏园艺
关键词: 大兴安岭 植物 DNA条形码 物种鉴定
分类号: Q943
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要


DNA条形码技术是利用一段标准的DNA片段快速、准确的识别、鉴定物种的新技术,是传统分类学的有效补充。本研究利用植物DNA条形码技术完成野外采集到的未知样品的识别及鉴定工作,本研究还专门以大兴安岭地区的木本植物为研究对象,筛选适合区系植物DNA条形码研究的DNA条形码。在研究中利用自己改进的植物DNA提取技术,进行DNA提取。研究成果如下：1、植物组织中含有大量多糖、酚、酯等次生代谢产物,要从中提取高质量的DNA比较困难。针对这一情况,本研究提出一种改良CTAB法提取植物DNA,并以10种常见植物为实验材料,分别用改良CTAB法(mCTAB)与常用的四种植物DNA提取试剂盒提取植物DNA。结果表明,改良CTAB法提取的DNA产率高,质量较好,PCR扩增成功率较高,成本显著低于DNA提取试剂盒的成本,可有效用于植物DNA提取。2、利用DNA条形码技术对22个未知样品进行物种识别及鉴定,经过DNA提取,PCR扩增,数据处理及分析等操作,8个未知样品能初步鉴定到种,9个未知样品鉴定到属,5个未知样品鉴定到科。3、42个禾本科未知样品中,经过DNA提取,PCR扩增,数据处理及分析等操作,5个未知样品能够准确鉴定到种,8个未知样品初步鉴定到种,29个未知样品鉴定到属。4、以大兴安岭地区木本植物为研究对象,评估在植物区系水平上3个叶绿体基因matK、rbcL、ycfl及1个核基因片段ITS的引物通用性及物种鉴定成功率。通过PCR扩增及测序成功率,序列变异,种内种间遗传变异,Barcoding Gap检测,Wilcoxon秩和检验,物种鉴定成功率等方面进行比较、分析,最终得出结论：ycfl基因片段是理想的区系植物DNA条形码,matK和ycfl2个基因片段可以作为候选DNA条形码。

全文目录


摘要  4-5
Abstract  5-6
目录  6-8
1 绪论  8-24
  1.1 DNA条形码概述  8-10
    1.1.1 DNA条形码的定义  8-9
    1.1.2 DNA条形码的原理  9
    1.1.3 DNA条形码的优点  9-10
    1.1.4 DNA条形码的选择标准  10
  1.2 DNA条形码国内外研究进展  10-14
  1.3 DNA条形码技术应用  14
  1.4 植物DNA条形码工作流程及技术方法  14-21
    1.4.1 植物DNA条形码的工作流程  14-15
    1.4.2 植物DNA条形码技术及技术方法  15-21
  1.5 植物DNA条形码研究存在的问题及展望  21-22
  1.6 本研究的目的和意义  22-24
2 植物DNA条形码研究中DNA提取方法研究  24-33
  2.1 材料与方法  24-27
    2.1.1 材料  24-25
    2.1.2 DNA提取方法  25-27
    2.1.3 DNA产率和质量的检测方法  27
  2.2 结果与讨论  27-32
    2.2.1 DNA产率  27-29
    2.2.2 DNA的质量  29-31
    2.2.3 成本核算  31-32
  2.3 本章小结  32-33
3 大兴安岭地区未知样品DNA条形码鉴定  33-38
  3.1 实验材料与方法  33-35
    3.1.1 实验材料  33-34
    3.1.2 实验方法  34-35
  3.2 结果和讨论  35-37
    3.2.1 BLAST分析  35-36
    3.2.2 建树法  36-37
  3.3 本章小结  37-38
4 禾本科未知样品的DNA条形码鉴定  38-46
  4.1 实验材料及方法  38-40
    4.1.1 实验材料  38-40
    4.1.2 实验方法  40
  4.2 结果和讨论  40-45
    4.2.1 形态特征鉴定结果  40
    4.2.2 BLAST分析  40-41
    4.2.3 建树法  41-43
    4.2.4 距离法  43-45
  4.3 本章小结  45-46
5 木本植物DNA条形码研究  46-59
  5.1 实验材料及方法  46-51
    5.1.1 实验材料  46-50
    5.1.2 实验方法  50-51
  5.2 结果与讨论  51-57
    5.2.1 PCR扩增成功率及测序成功率  51-53
    5.2.2 不同DNA条形码候选基因片段序列变异分析  53
    5.2.3 不同DNA条形码候选序列种内种间变异分析  53-54
    5.2.4 不同DNA条形码候选序列Barcoding Gap检验  54-55
    5.2.5 Wilcoxon非参数秩和检验  55-56
    5.2.6 DNA条形码候选片段鉴定成功率  56-57
  5.3 本章小结  57-59
结论  59-60
参考文献  60-66
附录  66-92
攻读学位期间发表的学术论文  92-93
致谢  93-94

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中图分类: > 生物科学 > 植物学 > 植物细胞遗传学
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