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EBV相关胃癌抑癌基因甲基化状态的研究

作　者: 晁艳
导　师: 罗兵
学　校: 青岛大学
专　业: 病原生物学
关键词: EB病毒 胃癌 甲基化 抑癌基因
分类号: R735.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要


EB病毒(Epstein-Barr virus, EBV)是重要的DNA肿瘤病毒,与人类多种恶性肿瘤密切相关。DNA甲基化是目前最为前沿及研究最为深入的表观遗传学机制,其中抑癌基因(tumor suppressor genes, TSGs)启动子高度甲基化被认为是除突变和缺失以外抑癌基因功能失活的关键机制。目的筛选鉴定EBV阳性胃癌细胞系中由于甲基化而沉默的抑癌基因。方法选取EBV阳性(GT38、PT和SNU719)和阴性(SGC7901)胃癌细胞系,用5-氮杂-2’-脱氧胞苷(5-Aza-CdR)处理,然后采用Agilent人类全基因组表达谱芯片(4x44K)检测处理前后基因表达水平。采用荧光实时定量PCR法(Real-time quantitative PCR, real-time qPCR)验证基因芯片结果,甲基化特异性PCR (Methylation-Specific PCR,MSP)及亚硫酸氢盐基因组测序法(Bisulfite genomic sequencing, BGS)检测部分基因启动子区域CpG岛甲基化情况。结果①芯片检测结果显示,5-Aza-CdR处理后表达显著上调的基因：GT38细胞系860条；PT细胞系804条；SNU719细胞系1099条；SGC7901细胞系5924条。表达显著下调的基因：GT38细胞系679条；PT细胞系667条；SNU719细胞系667条；SGC7901细胞系5882条。②三种EBV阳性胃癌细胞系(GT38、PT和SNU719)中筛选出42条共表达上调基因,与SGC7901处理后表达上调基因比较,筛选出差异表达基因19条。③采用real-time qPCR检测细胞5-Aza-CdR处理前后差异表达基因(H19、LOXL1、ARMCX2、LXN、CDH3和MMP7)的表达水平,结果与基因芯片分析结果基本一致。④MSP和BGS法检测结果显示在EBV阳性细胞系中LOXL1基因启动子均存在不同程度的甲基化,且在GT38和PT中呈完全甲基化,SGC7901和HGC-27中未发生甲基化,提示该基因为因甲基化而沉默的候选抑癌基因。⑤EBVaGC和EBVnGC组织中LOXL1基因启动子甲基化状态有差别,EBVaGC组织中其甲基化程度明显高于EBVnGC。结论①表达谱芯片初步筛选出19条EBV诱导甲基化而表达下调的基因,其基因调控区甲基化导致表达下调,甲基化转移酶抑制剂可激活这些基因表达,它们在EBVaGC发病中可能具有重要作用。②候选抑癌基因LOXL1启动子区均呈高甲基化状态,表明EBV是导致LOXL1基因调控区域甲基化的重要原因；启动子CpG岛发生异常甲基化进而引起抑癌基因失活可能是EBV参与EBVaGC发生的一种机制。

全文目录


中文摘要  2-3
Abstract  3-6
引言  6-7
第1章 材料与方法  7-17
  1.1 仪器、试剂和耗材  7-8
  1.2 细胞培养及药物处理  8
  1.3 Agilent基因表达谱芯片  8-12
  1.4 Real-time qPCR验证基因芯片中差异表达基因  12-14
  1.5 DNA甲基化分析  14-17
第2章 结果  17-28
  2.1 Agilent基因表达谱芯片结果  17-22
  2.2 Real-time qPCR验证部分差异表达基因结果  22-23
  2.3 检测候选抑癌基因启动子甲基化状态结果  23-27
  2.4 LOXL1基因甲基化与病人临床病理特征的关系  27-28
第3章 讨论  28-33
结论  33-34
参考文献  34-36
综述  36-57
  参考文献  46-57
攻读学位期间研究成果  57-59
致谢  59-60

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中图分类: > 医药、卫生 > 肿瘤学 > 消化系肿瘤 > 胃肿瘤
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