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基于网络数据库检索的重要病原微生物研究现状分析

作　者: 王敏
导　师: 杨瑞馥; 郑涛
学　校: 中国人民解放军军事医学科学院
专　业: 军事预防医学
关键词: 数据库检索病原微生物 SCI文献基因组测序疫苗
分类号: R378
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

病原微生物在微生物世界中所占比重不大,但是其对人类健康、经济发展与社会稳定构成了极大的威胁。这种威胁体现在生物恐怖、新发传染病以及一些难以控制的传染病。我国近几年加强了病原微生物的研究,科研投入不断增加,科研实力不断增强,但与发达国家相比还有差距。为了提高我国病原微生物应对科研能力,我们有必要对全球病原微生物研究现状有一个全面的了解,明确我们国家的优势和不足,为我国病原微生物研究科研规划提供依据。随着互联网技术,生物信息学技术的发展以及各种不同数据库的完善,基于互联网检索与分析可以获得病原微生物研究SCI文献,全基因组测序,批准新药等各种客观数据。本研究主要基于这些数据,分析一些重要病原微生物全球及我国研发现状,提出我国病原微生物研究今后应重点加强的方面,为国家相关科研规划提供参考。本研究通过《科学引文索引》(Science Citation Index Expanded)数据库(http://apps.isiknowledge.com)检索病原微生物SCI文献情况,从文献年度数量变化、主要国家或地区分布、主要研究机构等方面进行统计分析,并对中国相关文献情况进行文献数量、主要机构等方面的分析。通过NCBI网站(www.ncbi.nlm.nih.gov)基因组数据库汇总数据分析主要病原微生物基因组测序完成菌株,机构等。通过美国食品与药品监督管理局网站(www.fda.gov)数据库及我国国家食品与药品监督管理局网站(www.sfda.gov.cn)数据库分析美国及我国病原微生物相关疫苗批准情况。从检索与分析结果可以看出:1)发达国家病原微生物SCI文献总体数量较多。美国,英格兰,法国,日本,德国等发达国家病原微生物SCI文献总体数量较多,研究范围也较广。相比之下,发展中国家除了一些地区流行性疾病病原微生物SCI文献数量较多以外,整体上病原微生物SCI文献数量较少,研究范围也较局限。2)病原微生物SCI文献年度变化趋势存在差异。本研究涉及的70种病原微生物在1995年到2009年间的文献数量变化趋势不同,一些病原微生物的SCI文献数量有较为明显的增长趋势,一些病原微生物SCI文献数量是先下降,后上升的趋势;一些病原微生物SCI文献数量是先上升,后下降的趋势。3)不同病原微生物SCI文献数量存在明显差异。一些病原微生物,如人免疫缺陷病毒,幽门螺杆菌,沙门氏菌,人乳头瘤病毒,结核分枝杆菌等检索得到的SCI文献数量都在10000篇以上,而其他一些病原微生物,如亨德拉病毒,辛诺柏病毒,猴痘病毒,破伤风梭菌,阿尼昂尼昂病毒,天花病毒,萨比亚病毒检索得到的文献数量都在100篇以下,这体现了研究的普遍性、投入的科研力量及关注程度的不同。4)病原微生物SCI文献数量与疾病流行程度有关。本研究中,一些国家在某些病原微生物方面具有较多的SCI文献数量,甚至其中一些超过了美国,很重要的原因是这种疾病在这些国家存在较高的流行,这些国家对该病原微生物研究较多。5)中国不同病原微生物SCI文献数量差别较大。在本研究涉及的70种病原微生物中,中国SCI文献数量与其他国家比较排序在前五位的病原微生物有鼠疫耶尔森氏菌,志贺氏菌,汉滩病毒,H5N1流感病毒,SARS冠状病毒,甲型H1N1流感病毒,乙型肝炎病毒,日本脑炎病毒等。6)一些机构在病原微生物研究方面有较强的实力。美国疾病预防控制中心在尼巴病毒、轮状病毒、辛诺柏病毒、西尼罗河病毒、甲型H1N1流感病毒、猴痘病毒、脊髓灰质炎病毒、肺炎链球菌等方面的SCI文献数量是最多的;法国巴斯德研究所在志贺氏菌、裂谷热病毒、狂犬病病毒、结核分枝杆菌、百日咳鲍特氏菌、破伤风梭菌、钩端螺旋体等方面的SCI文献数量是最多的;美国陆军在炭疽芽孢杆菌、埃博拉病毒等方面的SCI文献数量是最多的;7)中国一些机构在某些病原微生物研究方面具有较强的实力。军事医学科学院在炭疽芽孢杆菌、鼠疫耶尔森氏菌、布鲁氏菌等方面的SCI文献数量最多;北京微生物流行病研究所在土拉热弗朗西斯氏菌、贝氏柯克斯体、汉坦病毒等方面的SCI文献数量最多;中国科学院在葡萄球菌、人免疫缺陷病毒、SARS冠状病毒、钩端螺旋体等方面的SCI文献数量最多;中国疾病预防控制中心在霍乱弧菌、脑膜炎奈瑟氏菌等方面的SCI文献数量最多;香港大学在类鼻疽伯克霍尔德氏菌、幽门螺杆菌、H5N1流感病毒、甲型H1N1流感病毒、乙型肝炎病毒、流感嗜血杆菌等方面的SCI文献数量最多。在病原微生物基因组测序方面,中国提交全基因组序列的细菌类病原微生物包括鼠疫耶尔森氏菌,沙门氏菌,志贺氏菌,葡萄球菌,霍乱弧菌,结核分枝杆菌,脑膜炎球菌,钩端螺旋体,肺炎链球菌等。从病原微生物疫苗研制情况可以看出许多病原微生物目前还没有理想的疫苗,本研究涉及的70种病原微生物中,中国批准的疫苗数量与美国相差不多,但是很多疫苗的批准年代都较早,一些疫苗的有效性及副作用控制都不能达到理想的水平。为了提高我国病原微生物应对能力,中国应当:1)增加科研投入。中国对病原微生物的科研投入最近几年不断增加,“十一五”开始设置了“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”国家科技重大专项。今后还应有重点地持续增加对一些重要病原微生物的科研投入。2)调整科研布局。中国在一些病原微生物研究方面具有一定的优势,而对某些病原微生物研究投入力量不足。今后,中国应该巩固一些优势领域的研究,同时应加强对研究投入不足一些领域的研究。中国要加强中国疾病预防控制中心对新发传染病的研究支持,加强军事医学科学院对具有潜在生物威胁病原微生物的研究,加强地方科研机构,大学,公司等对其他一些病原微生物的研究。3)完善基础设施。一些病原微生物的研究需要较高级别的生物安全实验室。中国为了提高生物恐怖与新发、突发传染病的应对能力要加快高等级生物安全实验室的建设。4)重视人才培养。要加强人才培养,并通过各种方式吸引、保留人才,鼓励优秀科研人员从事病原微生物研究。5)发挥企业作用。我国要借鉴发达国家在病原微生物药品及疫苗等应对措施研究机制体制上的一些成功经验,充分发挥与调动企业的作用。

全文目录

缩略词  5-7
摘要  7-10
abstract  10-11
一、前言  11-16
二、研究方法  16-24
三、结果  24-283
  1 炭疽芽孢杆菌  24-29
  2 肉毒梭菌  29-32
  3 鼠疫耶尔森氏菌  32-36
  4 天花病毒  36-38
  5 土拉热弗朗西斯氏菌  38-42
  6 埃博拉病毒  42-45
  7 马尔堡病毒  45-48
  8 拉沙病毒  48-51
  9 布鲁氏菌  51-55
  10 产气荚膜梭菌  55-58
  11 沙门氏菌  58-64
  12 O157:H7 大肠杆菌  64-67
  13 志贺氏菌  67-71
  14 鼻疽伯克霍尔德氏菌  71-74
  15 类鼻疽伯克霍尔德氏菌  74-77
  16 鹦鹉热嗜衣原体  77-80
  17 贝氏柯克斯体  80-84
  18 葡萄球菌  84-88
  19 普氏立克次氏体  88-91
  20 马脑炎病毒  91-94
  21 霍乱弧菌  94-99
  22 尼巴病毒  99-102
  23 汉坦病毒  102-105
  24 轮状病毒  105-111
  25 细小病毒B19  111-113
  26 嗜肺军团菌  113-117
  27 汉滩病毒  117-120
  28 空肠弯曲菌  120-123
  29 伯氏疏螺旋体  123-126
  30 人免疫缺陷病毒  126-130
  31 幽门螺杆菌  130-134
  32 肺炎嗜衣原体  134-137
  33 阮粒  137-140
  34 O139 霍乱弧菌  140-143
  35 汉氏巴尔通体  143-146
  36 辛诺柏病毒  146-148
  37 萨比亚病毒  148-149
  38 H5N1 流感病毒  149-154
  39 西尼罗河病毒  154-157
  40 SARS冠状病毒  157-161
  41 甲型H1N1 流感病毒  161-165
  42 登革热病毒  165-169
  43 亨德拉病毒  169-171
  44 猴痘病毒  171-173
  45 阿尼昂尼昂病毒  173-175
  46 裂谷热病毒  175-177
  47 黄热病毒  177-181
  48 乙型肝炎病毒  181-186
  49 脊髓灰质炎病毒  186-190
  50 麻疹病毒  190-195
  51 出血热病毒  195-199
  52 狂犬病病毒  199-204
  53 日本脑炎病毒  204-209
  54 结核分枝杆菌  209-213
  55 脑膜炎奈瑟氏菌  213-218
  56 百日咳鲍特氏菌  218-223
  57 白喉棒状杆菌  223-230
  58 破伤风梭菌  230-236
  59 化脓性链球菌  236-240
  60 淋病奈瑟氏菌  240-243
  61 梅毒螺旋体  243-246
  62 钩端螺旋体  246-250
  63 流感病毒  250-256
  64 风疹病毒  256-260
  65 麻风分枝杆菌  260-262
  66 肺炎链球菌  262-266
  67 流感嗜血杆菌  266-270
  68 肺炎支原体  270-273
  69 EB病毒  273-277
  70 人乳头瘤病毒  277-283
四、讨论  283-299
  （一）病原微生物SCI文献分析  283-289
  （二）病原微生物基因组测序分析  289-293
  （三）病原微生物疫苗研究分析  293-297
  （四）提高我国病原微生物应对能力的主要措施  297-299
参考文献  299-301
总结  301-302
综述  302-307
  参考文献  306-307
个人简历  307-308
致谢  308

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