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猪两个与脂肪性状相关基因的分离、定位、SNP筛查及其与经济性状的关联分析

作　者: 殷勤
导　师: 刘榜
学　校: 华中农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 猪类β连环蛋白1 分离基因定位二脂酰甘油酰基转移酶2 表达谱 SNPs 关联分析
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 24次
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内容摘要

分子生物学的诞生及其在猪育种中的应用,为猪遗传育种提供了新的契机。猪高密度基因图谱的建立、对基因的结构、功能以及基因与性状关系等的充分了解,是未来动物分子育种的主要依据。生物信息学的发展和大量公共数据库的共享,为分离、定位基因提供了新的思路。本论文根据猪EST信息和比较基因组策略,分离鉴定了猪的两个新基因,取得了如下的结果:1.依据人cDNA信息获得的猪EST所构建的EST重叠群设计的猪特异引物,从大白猪基因组中分离克隆了CTNNBL1和DGAT2基因完整编码区的cDNA序列。2.利用RH克隆板对CTNNBL1和DGAT2两个基因分别进行了染色体精细定位,结果表明CTNNBL1基因定位在猪17q21-23,连锁标记为SW1920,与标记的距离为69.69cR,LOD值为5.23。DGAT2基因定位在猪2p14-2p17,连锁标记为SWR1445,与标记的距离为67.31cR,LOD值为5.09。3.以大白猪的心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脑、小肠和脂肪组织作为研究材料,利用半定量RT-PCR研究猪CTNNBL1和DGAT2基因在各组织的表达谱和表达规律,结果发现CTNNBL1基因在这上述九种组织中均表达,但在心和脾中的表达丰度最高;DGAT2在上述九中组织中广泛表达,但在肝中表达较高。4.在本室与通城县畜牧局种畜场合作所建立的试验群体(含通城、长大通、大长通、长白和大白猪群)中分析了CTNNBL1第8外显子Bsul5Ⅰ-RFLP位点的多态性和DGAT2基因3’非翻译区的BCNⅠ—RFLP位点和缺失突变,利用SPSS中的广义线性模型程序分析了两个基因与部分经济性状的关联,初步研究的结果发现CTNNBL1基因第8外显子的Bsul5Ⅰ—RFLP位点与肩膘和臀膘显著相关(P＜0.05),最小二乘均数的两两比较发现CC等位基因型个体的肩膘和臀膘比TT型高,达到显著水平(P＜0.05);DGAT2基因3’非翻译区的BCNⅠ—RFLP位点与6-7肋骨间膘厚显著相关(P＜0.05);DGAT2基因3’非翻译区的缺失突变与胸腰椎膘厚显著相关(P＜0.05)。5.对CTNNBL1基因第8外显子Bsul5Ⅰ—RFLP位点的多态性进行了遗传多样性检测,计算了CTNNBL1基因的Bsul5Ⅰ—RFLP位点的基因型频率和基因频率,分析了各基因型在不同猪群中的分布差异。

全文目录

中文摘要  7-8
ABSTRACT  8-10
缩略词表  10-11
主要性状的中英文对照和英文缩写  11-12
1 前言  12-24
  1.1 研究问题的由来  12
  1.2 文献综述  12-23
    1.2.1 猪脂肪性状候选基因的研究进展  12-14
    1.2.2 猪脂肪性状相关基因的分离方法  14-16
    1.2.3 猪基因物理定位技术  16-19
    1.2.4 两个拟分离基因的研究进展  19-23
  1.3 本研究的目的和意义  23-24
2 材料与方法  24-36
  2.1 材料  24-26
    2.1.1 样品  24
    2.1.2 主要试剂及配制  24-26
    2.1.3 主要分子生物学软件、网站和统计软件  26
  2.2 试验方法  26-29
    2.2.1 猪基因组DNA的提取  26-28
    2.2.2.总RNA的提取和检测  28-29
  2.3 方法  29-36
    2.3.1 候选基因的分离  29-31
    2.3.2 基因染色体的精细定位—RH法  31-33
    2.3.3 PCR-RFLP方法检测猪CTNNBL1和DGAT2基因的多态性  33
    2.3.4 多态标记与性状的关联分析方法  33-34
    2.3.5 利用半定量RT-PCR进行CTNNBL1和DGAT2基因组织表达谱研究的方法  34-36
3 结果  36-42
  3.1 基因的克隆结果  36-37
  3.2 RH精细定位结果  37
  3.3 基因的组织表达谱结果  37-38
  3.4 猪CTNNBL1基因遗传多态检测分型结果  38-39
  3.5 猪CTNNBL1的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果  39-40
  3.6 猪DGAT2基因的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果  40-42
4 讨论  42-46
  4.1 关于根据EST的基因分离  42
  4.2 关于引物的设计策略  42-44
  4.3 关于CTNNBL1基因和DGAT2基因的组织表达谱  44
  4.4 关于CTNNBL1和DGAT2基因的多态性检测及性状关联分析  44-46
5 小结  46-47
  5.1 本研究获得的结果  46
  5.2 本研究的创新点及特色  46
  5.3 本研究不足之处及下一步值得研究的工作  46-47
参考文献  47-53
致谢  53-54
附录1:CTNNBL1 CDS序列  54
附录2:DGAT2 CDS序列  54

猪两个与脂肪性状相关基因的分离、定位、SNP筛查及其与经济性状的关联分析

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