学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

大仓鼠，黑线仓鼠，黑线姬鼠及社鼠线粒体DNA控制区全序列SNP分析

作　者: 吴瑾
导　师: 徐来祥
学　校: 曲阜师范大学
专　业: 动物学
关键词: 大仓鼠黑线仓鼠黑线姬鼠社鼠线粒体控制区遗传多态性单核昔酸多态性(SNP) 系统进化
分类号: Q953
类　型: 硕士论文
年　份: 2006年
下　载: 100次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

本研究通过克隆与测序线粒体控制区全序列,采用单核苷酸多态性(SNP) 技术对河北、北京地区大仓鼠,山东地区黑线仓鼠、黑线姬鼠与社鼠种群的遗传多态性进行了研究,探讨了不同地理大仓鼠种群,黑线仓鼠、黑线姬鼠与社鼠种群遗传结构分布的形成原因,并对其之间的序列变异水平进行分析。主要研究结果如下: 1.通过对河北省饶阳县、顾安县、北京市顺义县大仓鼠线粒体控制区SNP的比较分析,结果表明顾安县与顺义县大仓鼠的线粒体控制区的核苷酸变异频率只有0.01%,而饶阳县与顾安县、顺义县大仓鼠的核苷酸变异频率分别高达17.3%、17.4%。在地理位置上,由于饶阳县与顾安县、顺义县相隔较远,加上河道阻隔,使得不同地区的大仓鼠种群在长期的地理隔离和片段化生境中缺乏基因交流,逐渐形成了本地区特有的基因类型。 2.通过对山东地区黑线仓鼠种群、黑线姬鼠种群及社鼠种群线粒体控制区SNP的比较分析,结果表明该地区黑线仓鼠、黑线姬鼠及社鼠各个种群的遗传结构相对单一,进化速度较慢,各鼠种的核苷酸变异频率均低于0.01%。其中原因可能是少有外来物种入侵造成了同一地区种群之间亲缘关系较近。 3.由大仓鼠、黑线仓鼠、黑线姬鼠、社鼠线粒体控制区全序列比较图谱推论线粒体控制区全序列约200～600bp段最为保守,进化速率较慢,适于鼠类系统进化分析。

全文目录

中文摘要  5-6
英文摘要  6-8
1 引言  8-20
  1.1 遗传多样性  8-11
    1.1.1 遗传多样性的内涵及其研究层次  8-10
    1.1.2 遗传多样性研究的理论和实践意义  10-11
  1.2 分子生物学研究方法  11-12
  1.3 线粒体基因分子系统学研究进展  12-16
    1.3.1 动物线粒体基因组的结构及基因成分  13-14
    1.3.2 分子系统学概况  14
    1.3.3 动物线粒体DNA的遗传系统及其研究方向  14-16
  1.4 大仓鼠，黑线仓鼠，黑线姬鼠，社鼠的研究现状  16-19
    1.4.1 大仓鼠的研究现状  16
    1.4.2 黑线仓鼠的研究现状  16-17
    1.4.3 黑线姬鼠的研究现状  17-18
    1.4.4 社鼠的研究现状  18-19
  1.5 研究目标  19-20
2 材料和方法  20-30
  2.1 试验材料  20-23
    2.1.1 样品采集和样本量  20
    2.1.2 药品和酶  20-21
    2.1.3 主要实验仪器  21
    2.1.4 菌株和质粒  21-22
    2.1.5 分析工具软件及网址  22
    2.1.6 溶液的配制  22-23
  2.2 研究方法  23-30
    2.2.1 基因组DNA及线粒体DNA的提取与检测  23-24
      2.2.1.1 基因组DNA的提取及质量检测  23-24
      2.2.1.2 线粒体DNA的提取  24
    2.2.2 线粒体控制区的克隆  24-25
      2.2.2.1 线粒体控制区的扩增反应体系  24-25
      2.2.2.2 PCR引物溶液的配制  25
      2.2.2.3 PCR反应条件的确定  25
    2.2.3 PCR产物鉴定  25
    2.2.4 PCR扩增片段的克隆测序  25-30
      2.2.4.1 目的片段的回收  25-26
      2.2.4.2 载体的制备  26
      2.2.4.3 连接反应  26-27
      2.2.4.4 感受态细胞的制备  27
      2.2.4.5 转化  27-28
      2.2.4.6 质粒DNA的提取  28-29
      2.2.4.7 重组质粒的鉴定  29
      2.2.4.8 阳性克隆的测序  29-30
3 结果与分析  30-49
  3.1 基因组DNA的提取与鉴定  30-31
  3.2 线粒体控制区扩增结果  31-34
    3.2.1 大仓鼠线粒体控制区扩增结果  31-32
    3.2.2 黑线仓鼠线粒体控制区扩增结果  32
    3.2.3 黑线姬鼠线粒体控制区扩增结果  32-33
    3.2.4 社鼠线粒体控制区扩增结果  33-34
  3.3 目的片段的克隆和测序  34-49
    3.3.1 阳性克隆的鉴定  34-35
    3.3.2 测序结果  35-43
      3.3.2.1 大仓鼠控制区序列  35-38
      3.3.2.2 黑线仓鼠线粒体控制区序列  38-40
      3.3.2.3 黑线姬鼠线粒体控制区序列  40-41
      3.3.2.4 社鼠线粒体控制区序列  41-43
    3.3.3 序列同源性比较  43-48
    3.3.4 遗传距离  48-49
4 讨论  49-54
  4.1 研究方法的讨论  49-51
    4.1.1 线粒体DNA提取条件的优化  49
      4.1.1.1 材料的选择  49
      4.1.1.2 差速离心中离心力和离心时间的确定  49
      4.1.1.3 变性和复性的时间和条件选择  49
      4.1.1.4 抽提线粒体DNA的试剂选择  49
      4.1.1.5 提取线粒体DNA的温度  49
    4.1.2 PCR反应条件的优化  49-51
      4.1.2.1 引物  49
      4.1.2.2 模板  49-50
      4.1.2.3 退火温度  50
      4.1.2.4 Mg~(2+)、dNTP和引物浓度  50-51
  4.2 大仓鼠，黑线仓鼠，黑线姬鼠，社鼠亲缘关系及遗传多样性  51-54
    4.2.1 不同地理种群的遗传多态性  51-52
      4.2.1.1 大仓鼠地理种群的遗传多态性  51
      4.2.1.2 黑线仓鼠地理种群的遗传多态性  51-52
      4.2.1.3 黑线姬鼠地理种群的遗传多态性  52
      4.2.1.4 社鼠地理种群的遗传多态性  52
    4.2.2 大仓鼠，黑线仓鼠，黑线姬鼠，社鼠的系统进化分析  52-54
附录  54-64
参考文献  64-74
在读期间发表和完成的论文  74-75
致谢  75

大仓鼠，黑线仓鼠，黑线姬鼠及社鼠线粒体DNA控制区全序列SNP分析

内容摘要

全文目录

相似论文