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全基因组关联研究中的二阶段病例-对照设计

作　者: 马昭君
导　师: 陈峰
学　校: 南京医科大学
专　业: 流行病与卫生统计学
关键词: 全基因组关联研究基因分型单阶段设计二阶段设计病例-对照设计模拟试验
分类号: R341
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

近年来,全基因组关联研究(GWAS)已成为研究人类复杂性疾病中遗传变异的重要手段。GWAS中关心的三个主要问题分别是:检验效能、假阳性和研究经费。传统的研究设计是单阶段病例-对照设计,但是要保证研究的检验效能,所需的基因分型经费较多。在预算有限的情况,为保证研究的检验效能,需要良好的研究设计,因此,有人提出了二阶段和多阶段病例-对照设计。本研究介绍了二阶段病例-对照设计的基本原理及实施步骤,并采用模拟试验,探讨在研究预算有限的情况下,GWAS中二阶段病例-对照设计的检验效能(Power)、总Ⅰ型错误率(FWER)、阳性错误发现率(FDR),并与单阶段病例-对照设计比较。同时研究了不同遗传模式(相加模式和显性模式)、不同的致病等位基因频率MAF、基因型相对风险GRR、不同的第二阶段与第一阶段平均每个SNP基因分型费用之比r条件下,对结果的影响。本研究的主要结论如下:(1)在经费不变的前提下,全基因组关联研究中,二阶段病例-对照设计的检验效能高于单阶段病例-对照设计。(2)第二阶段与第一阶段平均每个SNP基因分型费用之比r较高时,二阶段病例-对照设计的检验效能有所降低。(3)单阶段病例-对照设计和二阶段病例-对照设计对研究的总Ⅰ型错误率FWER均较好的控制在研究前预设的检验水准0.05左右。使用相同的检验水准控制研究的总Ⅰ型错误率FWER,二阶段病例-对照设计的阳性错误发现率FDR总低于单阶段病例-对照设计。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-6
1 前言  6-8
2 基于病例-对照的GWAS设计方法  8-18
  2.1 传统单阶段病例-对照设计  8
  2.2 二阶段病例-对照设计  8-14
  2.3 通过CaTs计算二种设计方法Power的比较  14-18
3 模拟试验  18-33
  3.1 试验目的  18
  3.2 参数设置  18-19
  3.3 模拟试验一  19-27
  3.4 模拟试验二  27-33
4 讨论  33-37
  4.1 模型参数的设定  33-34
  4.2 多重比较的校正方法  34
  4.3 进入第二阶段研究的SNP比例πmarkers  34
  4.4 第一阶段的样本比例πmarkers  34-35
  4.5 固定预算T 时检验效能  35-36
  4.6 固定样本含量N 时检验效能  36
  4.7 二阶段设计的统计分析策略  36-37
5 结论  37-39
6 参考文献  39-41
综述全基因组关联中的二阶段病例-对照设计  41-63
  参考文献  58-63
攻读学位期间发表文章情况  63-64
致谢  64

全基因组关联研究中的二阶段病例-对照设计

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