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新疆甘草内生菌物种多样性的非培养分析

作 者: 程晓燕
导 师: 娄恺
学 校: 石河子大学
专 业: 农产品加工及贮藏工程
关键词: 非培养法 内生细菌 胀果甘草 生物多样性
分类号: Q93
类 型: 硕士论文
年 份: 2009年
下 载: 42次
引 用: 2次
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内容摘要


本文以胀果甘草(Glycyrrhiza inflata Bat.)内生菌为研究对象,用非培养法研究了甘草根内生细菌生物多样性,为开发新的微生物资源奠定基础。采集新疆库尔勒紫泥泉甘草自然保护区的甘草根,经严格表面灭菌,以改进的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法提取新疆野生胀果甘草根部总DNA基因组,利用细菌16S rDNA基因通用引物799f-1492r对甘草总DNA进行16S rDNA基因扩增,构建甘草根内生细菌16S rDNA克隆文库,获得阳性克隆150个,将经过ARDRA (Amplifying rDNA Restriction Analysis)分型的克隆进行测序,得到32个OUT,与由美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information简称NCBI)建立的GenBank序列数据库中的序列进行比对,找出相似性最高的序列,并用MEGA3.1构建16S rDNA基因系统发育树。Blast结果表明大部分克隆(74%)与已知细菌的16S rDNA基因序列相似性较高,分别与变形杆菌门(Proteobacteria)的alpha、gamma亚群,厚壁菌门(Firmicutes),放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes)中的鞘脂菌属(Sphingobium),叶杆菌属(Phyllobacterium),生丝单胞菌属(Hyphomonas),土壤杆菌属(Agrobacterium)等14个属的细菌序列相似性大于96%。有17%的克隆序列与Promicromonospora,Nocardia,Legionella和Novosphingobium属的细菌的相似性分别在93%-95%之间;还有约9%的克隆序列与Uncultured bacteria的相似度较高,26%的克隆与已知细菌16S rDNA基因相似性小于96%,可能代表新的分类单元。

全文目录


摘要  5-6
Abstract  6-9
引言  9-10
第一章 文献综述  10-18
  1.1 植物内生菌  10-14
    1.1.1 内生菌的定义  10
    1.1.2 植物内生细菌的多样性  10-11
    1.1.3 植物内生细菌的研究方法  11-14
  1.2 甘草的概况及其内生菌的研究现状  14-16
    1.2.1 甘草中药学意义及地理分布  14-15
    1.2.2 甘草的生态学意义  15
    1.2.3 甘草内生菌的研究现状  15-16
  1.3 立题依据及研究思路  16-18
第二章 材料与方法  18-26
  2.1 样品采集  18-19
  2.2 实验试剂及实验仪器  19-20
  2.3 甘草的表面消毒  20
  2.4 甘草根部的总DNA 的提取  20-21
  2.5 16S rDNA 基因的PCR 扩增  21-22
    2.5.1 引物的选择  21
    2.5.2 内生细菌16S rDNA 基因的扩增  21-22
  2.6 16S rDNA 基因克隆文库的构建  22-24
    2.6.1 PCR 产物的纯化  22
    2.6.2 感受态的制备  22-23
    2.6.3 连接反应  23
    2.6.4 连接产物的转化  23
    2.6.5 阳性克隆的筛选  23-24
  2.7 甘草根内生细菌群落16S rDNA 克隆文库的ARDRA 分型  24
  2.8 克隆文库的评价方法  24-25
  2.9 基于16S rDNA 基因的系统发育树构建及分析  25-26
第三章 结果与分析  26-40
  3.1 样品总DNA 提取  26
  3.2 细菌16S rDNA 基因的扩增  26-27
  3.3 阳性克隆的检测  27-28
  3.4 16S rDNA 基因克隆文库阳性转化子的筛选与酶切分析  28-29
  3.5 克隆文库的多样性指数分析  29-30
  3.6 基于16S rDNA 基因序列的系统发育分析  30-40
第四章 讨论  40-43
第五章 结论与展望  43-44
  5.1 结论  43
  5.2 展望  43-44
参考文献  44-50
致谢  50-51
作者简介  51-52
导师评阅表  52

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中图分类: > 生物科学 > 微生物学
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