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基于序列和结构性质的非编码RNA分析

作 者: 徐辉
导 师: 李瑛
学 校: 吉林大学
专 业: 软件工程
关键词: 非编码RNA 多序列对 一致性结构 系统进化树 DV曲线 支持向量机
分类号: Q78
类 型: 硕士论文
年 份: 2010年
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内容摘要


本文主要以四类非编码RNA(ncRNA)(mir1302、tRNA、RNasePbacta、SSUrRNA5)为例,从三个不同方面对其进行分析题:(1)分析不同RNA家族的共有结构,要想获得其共有结构,首先要进行同一家族内RNA的多序列比对,再根据同一家族内RNA的多序列比对结果预测四类RNA家族的共有结构,通过不同家族共有结构的特殊特征我们可以对RNA家族有一个全貌的了解,(2)根据RNA序列的数字特征曲线(即DV-cruve)分析不同ncRNA家族的区别。(3)提取RNA的序列和结构特征,通过多分类的支持向量机进行训练,得到不同特征下非编码RNA家族的分类模型。通过验证,综合运用这三种方法可以精确地预测四类非编码RNA。

全文目录


内容提要  4-7
第一章 绪论  7-10
  1.1 RNA 的认识及RNA 组学  7-8
    1.1.1 RNA 的认识  7
    1.1.2 RNA 组学  7-8
  1.2 非编码RNA 的概念及功能  8-10
    1.2.1 RNA 的概念  8
    1.2.2 非编码RNA 的概念  8
    1.2.3 非编码RNA 的分类与功能  8-10
第二章 RNA 的共同结构  10-18
  2.1 取RNA 序列  10
  2.2 同源RNA 序列的共同结构预测  10-18
第三章 基于RNA 序列的造特征曲线  18-25
  3.1 其它RNA 序列的图形表示方法  18
  3.2 基于RNA 序列构造特征曲线  18-21
  3.3 RNA 特征曲线的应用  21-25
第四章 提取特征  25-40
  4.1 四类RNA 序列的特征  25-29
    4.1.1 RNA 序列的一联序列特征  25-27
    4.1.2 四类RNA 序列中二联碱基的平均概率  27-29
  4.2 四类RNA 的结构特征  29-34
    4.2.1 RNA 二级结构点括号对表示方法  30
    4.2.2 RNA 二级结构点括号对表示方法的获取步骤  30-31
    4.2.3 结构特征的获取  31-34
  4.3 基于RNA 二级结构特征序列的特征  34-40
    4.3.1 获得RNA 二级结构特征序列  34
    4.3.2 RNA 二级结构特征曲线的特征  34-40
第五章 基于SVM 的非编码RNA 家族预测  40-45
  5.1 SVM 背景介绍  40-41
  5.2 利用SVM 预测四类RNA 序列  41-45
    5.2.1 通过RNA 序列的序列特征来预测RNA 序列  41-43
    5.2.2 通过RNA 序列的结构特征来预测RNA 序列  43
    5.2.3 通过RNA 序列的序列和结构特征来预测RNA 序列  43-45
第六章 结语  45-46
  6.1 总结  45
  6.2 研究课题展望  45-46
参考文献  46-49
后记  49-50
论文摘要  50-52
Abstract  52-53

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中图分类: > 生物科学 > 分子生物学 > 基因工程(遗传工程)
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