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基于序列和结构性质的非编码RNA分析
作 者: 徐辉
导 师: 李瑛
学 校: 吉林大学
专 业: 软件工程
关键词: 非编码RNA 多序列对 一致性结构 系统进化树 DV曲线 支持向量机
分类号: Q78
类 型: 硕士论文
年 份: 2010年
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内容摘要
本文主要以四类非编码RNA(ncRNA)(mir1302、tRNA、RNasePbacta、SSUrRNA5)为例,从三个不同方面对其进行分析题:(1)分析不同RNA家族的共有结构,要想获得其共有结构,首先要进行同一家族内RNA的多序列比对,再根据同一家族内RNA的多序列比对结果预测四类RNA家族的共有结构,通过不同家族共有结构的特殊特征我们可以对RNA家族有一个全貌的了解,(2)根据RNA序列的数字特征曲线(即DV-cruve)分析不同ncRNA家族的区别。(3)提取RNA的序列和结构特征,通过多分类的支持向量机进行训练,得到不同特征下非编码RNA家族的分类模型。通过验证,综合运用这三种方法可以精确地预测四类非编码RNA。
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全文目录
内容提要 4-7 第一章 绪论 7-10 1.1 RNA 的认识及RNA 组学 7-8 1.1.1 RNA 的认识 7 1.1.2 RNA 组学 7-8 1.2 非编码RNA 的概念及功能 8-10 1.2.1 RNA 的概念 8 1.2.2 非编码RNA 的概念 8 1.2.3 非编码RNA 的分类与功能 8-10 第二章 RNA 的共同结构 10-18 2.1 取RNA 序列 10 2.2 同源RNA 序列的共同结构预测 10-18 第三章 基于RNA 序列的造特征曲线 18-25 3.1 其它RNA 序列的图形表示方法 18 3.2 基于RNA 序列构造特征曲线 18-21 3.3 RNA 特征曲线的应用 21-25 第四章 提取特征 25-40 4.1 四类RNA 序列的特征 25-29 4.1.1 RNA 序列的一联序列特征 25-27 4.1.2 四类RNA 序列中二联碱基的平均概率 27-29 4.2 四类RNA 的结构特征 29-34 4.2.1 RNA 二级结构点括号对表示方法 30 4.2.2 RNA 二级结构点括号对表示方法的获取步骤 30-31 4.2.3 结构特征的获取 31-34 4.3 基于RNA 二级结构特征序列的特征 34-40 4.3.1 获得RNA 二级结构特征序列 34 4.3.2 RNA 二级结构特征曲线的特征 34-40 第五章 基于SVM 的非编码RNA 家族预测 40-45 5.1 SVM 背景介绍 40-41 5.2 利用SVM 预测四类RNA 序列 41-45 5.2.1 通过RNA 序列的序列特征来预测RNA 序列 41-43 5.2.2 通过RNA 序列的结构特征来预测RNA 序列 43 5.2.3 通过RNA 序列的序列和结构特征来预测RNA 序列 43-45 第六章 结语 45-46 6.1 总结 45 6.2 研究课题展望 45-46 参考文献 46-49 后记 49-50 论文摘要 50-52 Abstract 52-53
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中图分类: > 生物科学 > 分子生物学 > 基因工程(遗传工程)
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