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维生素D受体(VDR)基因多态性与中国汉族人群哮喘的相关性研究

作 者: 萨迪
导 师: 刘奇迹;龚瑶琴
学 校: 山东大学
专 业: 遗传学
关键词: 哮喘 VDR基因 单核苷酸多态性 病例对照 关联分析
分类号: R562.25
类 型: 硕士论文
年 份: 2009年
下 载: 158次
引 用: 1次
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内容摘要


研究背景:支气管哮喘是一种常见的呼吸系统变态反应性疾病,是由免疫、遗传、环境以及其他因素共同作用而引起的多基因遗传病,遗传度为70%~80%,哮喘发病呈现多因性和异质性,并由不同的遗传机制控制。迄今为止,哮喘的临床预后仍然是不尽人意,因此,寻找哮喘的易感基因进而探索其发生的分子机制是防治哮喘的根本途径。维生素D受体(VDR)是介导1,25(OH)2D3发挥生物效应的核内生物大分子,为类固醇激素/甲状腺激素受体超家族的成员。1,25(OH)2D3激素信号分子在靶细胞与VDR结合形成激素-受体复合物,该复合物作用于靶基因上的特定DNA序列。从而对结构基因的表达产生调节作用。因此,VDR在本质上是一种配体依赖的核转录因子。它在维持机体钙、磷代谢,调节细胞增殖、分化等方面起重要作用,此外研究还证实,VDR基因可以通过调节T细胞的发育进而影响细胞因子的分泌。自1994年Morrison首次报道维生素D受体基因多态性与骨密度的关系以来,对VDR基因多态性与糖尿病、结核等疾病、骨代谢、生长发育相关性的研究,一直是学者们关注的热点。此外,该基因定位于12q13-26,而以前的连锁分析已经证实该区域是一个重要的哮喘易感位点。因此VDR基因是一个重要的哮喘候选基因。国外多个研究小组已经在美国、加拿大的魁北克人群中证实VDR基因与哮喘相关联。但最终要证实VDR基因是哮喘的易感基因仍有待于在其他人群中进行进一步的重复验证。研究目的:为探讨该基因在中国汉族人群哮喘发生中的作用,我们利用在山东收集的567哮喘病例和523个年龄、性别等匹配的正常对照进行了关联分析。我们选择了在其它人群中研究最多的5个VDR基因多态位点,分别是:1) rs2228570C/T,位于第2外显子,导致蛋氨酸转变为苏氨酸,因为可以被限制性内切酶FokⅠ酶切,因此也称为FokI位点(下同)。2) rs731236T/C,位于第9外显子,没有改变氨基酸,也称为TaqⅠ位点。3) rs3782905 C/G,位于第二内含子,也称为DdeⅠ位点。4) rs7975232 C/A,位于第8内含子,也称为ApaⅠ位点。5)rs1544410 G/A,位于第8内含子,也称为BsmⅠ位点。研究方法:1.哮喘组和对照组样本收集:在知情同意情况下,抽取患者和对照个体外周血,采用常规方法提取基因组DNA,经定量稀释后备用。所有患者均符合支气管哮喘诊断标准,正常对照个体均无过敏性哮喘及其他过敏性疾病症状与病史,并排除肝、肾疾病。2.基因分型:所有位点均采用PCR-RFLP方法分型,内切酶为与名称相对应的限制性内切酶。3.Hardy-Weinberg平衡吻合度检验:根据Hardy-Weinberg平衡定律计算各多态位点在哮喘组和对照组中的预期基因型频率,利用卡方检验比较观察到的基因型频率与预期基因型频率间的差异,以P<0.05表示差异具有统计学意义。4.基因型与等位基因分布差异检测:利用卡方检验比较各多态位点在哮喘组与对照组间的基因型频率及等位基因频率差异,以P<0.05表示差异具有统计学意义。5.单体型构建及连锁不平衡检验:采用在线软件分析多态位点间的连锁不平衡状态、构建单体型、计算各种单体型在哮喘组与对照组中的频率并检验单体型在组间的分布差异。研究结果:1.位于外显子2的FokⅠ多态位点和位于外显子9的TaqⅠ位点的基因频率和基因型频率分布在对照组与患者组无显著性差异,P值分别为0.161和0.754.2.分析了三个内含子多态位点,分别是位于内含子2的rs3782905和位于内含子8的ApaⅠ和BsmⅠ位点。三个位点中,rs3782905和BsmⅠ位点与中国汉族人群哮喘发生无关,P>0.05.3.ApaⅠ位点基因型分布在对照组与患者组存在显著差异,Bonferroni校正后仍然具有显著性差异,等位基因OR值为1.33(P=0.009;95%CI:1.108-1.605)。这表明ApaⅠ位点是一个汉族人群哮喘易感位点,其中A为保护性等位基因。结论:在分析的VDR基因5个多态位点中,ApaⅠ位点与中国汉族人群哮喘具有显著相关性,其余位点与中国汉族人群哮喘无相关性。ApaⅠ位点通过何种机制发挥作用将有待于在今后的工作中进一步证实。

全文目录


English Abstract  9-12
Chinese Abstract  12-15
List of Abbreviations  15-16
List of Tables  16-17
List of Figures  17-18
Chapter 1:General Introduction  18-26
  1.1 Asthma and its pathologic immune mechanisms  19-20
  1.2 Nuclear Vitamin D Receptor  20-21
  1.3 Regulation of the action of the VDR gene  21-24
  1.4 VDR and immunity  24-25
  1.5 Asthma and VDR polymorphisms  25-26
Chapter 2:Motivation,Hypothesis and Objectives  26-28
  2.1 Motivation  27
  2.2 Hypothesis  27
  2.3 Objectives  27-28
Chapter 3:Material and Methods  28-38
  3.1 Study Population  29-30
  3.2 Preparation of samples  30-31
    3.2.1 DNA Extraction  30
    3.2.2 DNA Quantification and Quality Analysis  30-31
  3.3 SNPs Selection  31-32
    3.3.1 Coding Polymorphisms  31-32
    3.3.2 Intronic Polymorphisms  32
  3.4 Genotyping  32-36
    3.4.1 Primer Design  32-34
    3.4.2 Polymerase Chain Reaction(PCR)  34-35
    3.4.3 Restriction fragment-length Polymorphisms Methood(RFLP)  35-36
  3.5 Statistical Analysis  36-38
    3.5.1 Genotypic and Allelic frequencies Calculus  36
    3.5.2 Hardy-Weinberg Equilibrium  36-37
    3.5.3 Genotypic and Allelic Association Analysis  37
    3.5.4 Linkage Disequilibrium and Haplotypes structure  37
    3.5.5 Sample size calculus  37-38
Chapter 4:Results  38-48
  4.1 SNPs Genotyping  39-42
  4.2 Hardy-Weinberg Equilibrium Assumption  42
  4.3 Association analysis between VDR Genetic Variants and Asthma  42-45
  4.4 The Strong association of ApaⅠ marker  45
  4.5 LD Measure and Haplotypes Analysis  45-48
Chapter 5:Discussion  48-52
  5.1 The selection of VDR gene as a candidate gene for this study  49
  5.2 The significant association found with VDR ApaⅠ polymorphism  49-50
  5.3 Principal other polymorphisms of VDR gene and their functionality  50-52
Chapter 6:Conclusion  52-54
  6 General conclusion  53-54
Referenees  54-58
Acknowledgement  58-59
Appendix  59-60
学位论文评阅及答辩情况表  60

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中图分类: > 医药、卫生 > 内科学 > 呼吸系及胸部疾病 > 气管和支气管疾病 > 支气管疾病 > 支气管哮喘
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