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华南汉族人群中MAFB、IRF6、8q24和10q25多态性与非综合征性唇腭裂的关联

作 者: 何运铺
导 师: 唐世杰
学 校: 汕头大学
专 业: 烧伤整形外科学
关键词: 非综合征性唇腭裂 单核苷酸多态性 v-maf肌腱膜纤维肉瘤癌基因同源物B 干扰素调节因子6
分类号: R782.2
类 型: 硕士论文
年 份: 2011年
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内容摘要


背景与目的非综合征性唇腭裂(Nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)是人类最常见的先天性畸形之一,是一种多基因遗传和环境因素相互作用的遗传疾病,其发病机制尚未完全明确。本研究的目的是研究中国华南地区汉族人群MAFB基因、IRF6基因以及染色体8q24和10q25上的6个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)与NSCL/P的关联,探讨其在NSCL/P的发病机制中的作用。材料与方法本研究收集了431个NSCL/P患者和451个对照者。通过采用TaqMan基因型鉴定技术对MAFB(rs17820943、rs6102085和rs6072081)以及IRF6 rs10863790,还有分别位于染色体8q24 rs987525和10q25 rs7078160共6个SNPs进行基因型鉴定。应用卡方检验评价这6个SNPs的基因型频率和等位基因频率在NSCL/P患者和对照者中的分布,并且评价其与NSCL/P的关联。结果MAFB SNPs rs6072081、rs17820943和rs6102085以及IRF6 SNP rs10863790与NSCL/P的发病有显著关联。1. NSCL/P患者中MAFB rs6072081的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.001和0.004),rs17820943的C等位基因和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.001和0.002),rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是1.22×10-6和1.27×10-5);NSCL/P患者中IRF6 rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高(P = 0.007)。10q25 rs7078160和8q24 rs987525这2个SNPs与中国华南地区汉族人群NSCL/P之间未发现有关联。2.唇裂伴腭裂患者中MAFB rs6072081的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是4.52×10-4和0.002),rs17820943的C等位基因和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是6.69×10-5和2.43×10-4),rs6102085的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.009和8.37×10-7);唇裂伴腭裂患者中IRF6rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高(P = 0.006)。单纯唇裂患者中IRF6rs10863790的A等位基因和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.024和0.017);MAFB这3个SNPs与单纯唇裂和单纯腭裂无关联,IRF6 rs10863790与单纯腭裂无关联。3. NSCL/P女性患者中MAFB rs6072081的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.016和0.041),rs17820943的C等位基因频率和CC基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.018和0.045),rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是0.032和0.046),男性患者中MAFB rs17820943的C等位基因频率与对照组相比增高(P = 0.048),rs6102085的A等位基因频率和AA基因型频率与对照组相比增高(P值分别是5.64×10-5和1.15×10-41.15×10-4),rs6072081的A等位基因频率与对照组相比增高(P = 0.069),MAFB rs6072081、rs17820943和rs6102085在男性患者与女性患者中比较无差别(P值分别是0.626, 0.859和0.211);NSCL/P男性患者中IRF6 rs10863790的AA基因型频率与对照组相比增高(P = 0.023),女性患者中IRF6 rs10863790的AA基因型频率与对照组相比无显著差异(P = 0.185),男性患者中IRF6 rs10863790的A等位基因频率与女性患者相比增高(P = 0.034)。4. NSCL/P患者中MAFB SNPs(rs6072081-rs17820943-rs6102085)ACA单倍体型频率与对照组相比增高(P = 1.623×10-6),GTG和ACG单倍体型频率对照组较高(P值分别是0.0015和0.0215)。结论在本研究的中国华南地区汉族人群中,我们发现MAFB和IRF6的SNPs与NSCL/P的危险性有关,并且在不同亚型和性别中可能存在不同影响。1. MAFB rs6072081的A等位基因、rs17820943的C等位基因、rs6102085的A等位基因和IRF6 rs10863790的A等位基因与NSCL/P有关联。2. MAFB rs6072081、rs17820943和rs6102085与唇裂伴腭裂有关联,与单纯唇裂和单纯腭裂无关联;IRF6 rs10863790与单纯唇裂及唇裂伴腭裂有关联。3. MAFB rs17820943和rs6102085在NSCL/P中无性别差异,在男性和女性中有关联,MAFB rs6072081在女性中有关联,在男性中有潜在关联;IRF6 rs10863790在NSCL/P中有性别差异,在男性中有关联,在女性中无关联。4. 10q25 rs7078160和8q24 rs987525与NSCL/P未发现有关联。5. MAFB SNPs(rs6072081-rs17820943-rs6102085)ACA单倍体型与NSCL/P有关联。

全文目录


中文摘要  3-6
英文摘要  6-9
缩略词  9-12
第一章 前言  12-17
  1.1 先天性唇腭裂  12-14
  1.2 实验设计及目的  14-17
第二章 材料与方法  17-28
  2.1 研究对象  17-18
  2.2 实验耗材及仪器  18-19
  2.3 实验试剂  19-20
    2.3.1 DNA 提取试剂  19-20
    2.3.2 TaqMan SNP 基因分型试剂  20
  2.4 实验操作方法  20-27
    2.4.1 DNA 提取  20-22
    2.4.2 DNA 定量与稀释  22
    2.4.3 6个SNPs 的基因型鉴定  22-27
  2.5 数据处理及统计学分析  27-28
第三章 结果  28-47
  3.1 对照组Hardy- Weinberg平衡  28
  3.2 病例组和对照组基因型与等位基因比较  28-46
  3.3 连锁不平衡和单倍体型  46-47
第四章 讨论  47-51
  4.1 IRF6基因单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用  47-48
  4.2 MA FB基因单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用  48-49
  4.3 10 q25与8q24位点单核苷酸多态性在NSCL/P中的作用  49-50
  4.4 本实验的局限性  50-51
第五章 结论  51-52
第六章 展望  52-53
第七章 参考文献  53-58
附录1  58-59
附录2  59-60
附录3  60-61
附录4  61-62
附录5  62-64
文献综述  64-75
  参考文献  70-75
致谢  75-76
个人简历  76

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中图分类: > 医药、卫生 > 口腔科学 > 口腔颌面部外科学 > 口腔颌面部整形外科学
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