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江西酸性土壤中放线菌的选择性分离及其多样性
作 者: 李晓敏
导 师: 高勇生;黄英
学 校: 江西农业大学
专 业: 土壤学
关键词: 酸性土壤 放线菌 选择性分离 多样性 多相分类
分类号: S154.3
类 型: 硕士论文
年 份: 2011年
下 载: 55次
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内容摘要
本论文介绍了嗜酸稀有放线菌的研究进展和分离方法,研究了江西武山和刘家站地区酸性土壤中稀有放线菌的生物多样性,并对两株分离菌进行了多相分类研究。通过特异引物PCR对土样进行分子探测,确定了某些嗜酸稀有放线菌属如纤细链孢属的存在,以指导后续的选择性分离。分子探针检测结果表明,刘家站1号、2号、3号和武山1号、2号、6号、9号土样具有较好多样性;通过对纤细链孢菌属特异序列的系统发育分析和多样性的计算,发现刘家站2号、3号和武山1号和2号土样中纤细链孢有较好的多样性。通过不同的分离方法对江西武山和刘家站的土样进行分离,共得到180株菌。对116株代表菌株进行16S rRNA基因序列分析研究其多样性,确定56株菌属于链霉菌属,60株稀有放线菌分属于19个属:小单孢菌属(Micromonospora)、诺卡氏菌属(Nocardia)、链孢囊菌属(Streptosporangium)、小双孢菌属(Microbispora)、放线孢菌属(Actinomycetospora)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、糖丝菌属(Saccharothrix)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)、拟无枝酸菌属(Amycolatopsis)、野野村菌属(Nonomurea)、嗜酸链霉菌属(Streptacidiphilus)、球状孢囊菌属(Sphaerisporangium)、放线异壁酸菌属(Actinoallomurus)、冢村氏菌属(Tsukamurella)、放线珊瑚菌属(Actinocrollia)、节杆菌属(Arthrobacter)、大理石雕菌属(Marmoricola)、威廉姆氏菌属(Williamsia)和放线动孢菌属(Actinokineospora)。实验结果显示,酸性土壤中的放线菌具有较丰富的种属多样性。都属于放线菌目下假诺卡氏亚目、链孢囊亚目、棒杆菌亚目等进化关系关系比较近的8个亚目,其中优势菌群为小单孢菌属和诺卡氏菌属。虽然还有待进一步的基因组DNA-DNA杂交证明,但16S rRNA基因序列分析的结果提示,我们所获得的19个稀有菌属中,有7个属的代表菌株有可能是新种。GTV培养基含有土壤浸汁和多种维生素,但碳、氮源浓度很低,自然pH值约为5,更接近酸性土壤的原始环境,有利于放线菌的生长;A+B培养基pH为4.0左右,对链嗜酸菌有较好的分离效果。MSH培养基对某些链霉菌有较好的分离效果。对从江西农业大学校园土壤中分离到的两株菌FXJ1.034和FXJ1.102进行多相分类研究,通过形态特征、生理生化特征、细胞化学、16S rRNA系统发育分析和DNA-DNA分子杂交确定其分别为伦茨氏菌属和野野村菌属的新种,定名为江西伦茨氏菌和江西野野村菌。
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全文目录
摘要 6-8 Abstract 8-12 第一章 研究背景和研究进展 12-19 1.1 酸性土壤中放线菌研究的目的和意义 12-13 1.2 酸性土壤中放线菌的研究进展 13-17 1.2.1 酸性土壤中放线菌的分类 13-15 1.2.2 酸性土壤中放线菌的分离培养与多样性研究 15-17 1.4 本章小结 17-18 1.5 本论文研究内容 18-19 第二章 放线菌的选择性分离和多样性 19-48 2.1 土样信息 19-20 2.2 基于特异引物PCR的放线菌探测 20-30 2.2.1 实验方法 20-23 2.2.2 实验结果 23-30 2.3 选择性分离和多样性 30-45 2.3.1 选择性分离方法 30-33 2.3.2 分离效果 33-35 2.3.3 分离菌株的多样性 35-45 2.4 本章讨论 45-48 第三章 新种的多相分类研究 48-70 3.1 实验菌株来源和分类地位 48 3.2 多相分类研究 48-70 3.2.1 形态学研究 48-51 3.2.2 细胞化学研究 51-57 3.2.3 DNAG+Cmol%的测定 57-58 3.2.4 16S RRNA系统发育研究 58-61 3.2.5 DNA同源性的测定DNA-DNA体外分子杂交 61-64 3.2.6 生理生化特性研究 64-68 3.2.7 新种的描述 68-70 第四章 结论 70-71 参考文献 71-76 攻读硕士学位期间发表论文情况 76-77 致谢 77
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中图分类: > 农业科学 > 农业基础科学 > 土壤学 > 土壤生物学 > 土壤微生物学
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