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中国沿海石斑鱼亚科的DNA条形码研究

作　者: 周佳怡
导　师: 章群
学　校: 暨南大学
专　业: 生态学
关键词: 石斑鱼亚科 DNA条形码 COI基因
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

石斑鱼类(groupers)隶属于鲈形目(Perciformes)鮨科(Serranidae)石斑鱼亚科(Epinephelinae),是世界上最重要的海洋经济鱼类之一,种类繁多,广泛分布于热带及亚热带大陆沿岸及岛礁海域,遍布太平洋、印度洋和大西洋。近年来人类活动的不断加剧,海洋环境的污染、生境破坏和过度捕捞等原因,造成石斑鱼类资源日益衰退。石斑鱼类的物种鉴定主要基于体色条纹,体形等形态特征,但由于同一物种幼体和成体外形可能完全不同,部分种类外形相似,条纹体色又易受周围环境变化的影响,因此基于形态持征的石斑鱼类物种鉴定存在很大困难。DNA条形码作为一种快速简便的物种鉴别技术迅速引起了国内外研究者的关注,为此本文测定了中国沿海10属36种106尾石斑鱼类,并从GenBank下载了275条序列,共分析了10属60种381尾样本的COI基因5’端652bp的同源序列,探讨和检验线粒体COI基因在石斑鱼亚科中物种鉴定的有效性,并基于线粒体COI基因652bp序列初步探讨了DNA条形码用于石斑鱼亚科的系统发育分析的可行性。得出如下结论：(1)基于K2P替代模型的统计分析显示,种内平均遗传距离(0.65%)显著小于属内种间平均遗传距离(9.66%),且遗传距离差异达14.9倍,表明COI基因近5’端的652bp序列能够很好的区分各物种,对石斑鱼亚科而言是一个有效的DNA条形码。(2)石斑鱼亚科大部分物种在NJ树上可以按物种名聚类,部分序列不按种名聚类,主要原因可能是形态鉴定错误,此外可能与石斑鱼类存在近期辐射进化、线粒体基因整合到核基因、渗透杂交有关。黑带石斑鱼Epinephelus malabaricus、巨石斑鱼Epinephelus tauvina、青石斑鱼Epinephelus awoara和点带石斑鱼Epinephelus coioides可能为近期辐射进化的产物；双棘石斑鱼Epinephelus diacanthus HQ589272出现线粒体基因整合到核基因现象；横带九棘鲈Cephalopholis boenak和七带九棘鲈Cephalopholis igarashiensis,横带九棘鲈Cephalopholis boenak和台湾九棘鲈Cephalopholis formosa,红九棘鲈Cephalopholis sonnerati和斑点九棘鲈Cephalopholis argus,黑带石斑鱼Epinephelus malabaricus,青石斑鱼Epinephelus awoara可能均存在渗透杂交现象；此外,镶点石斑鱼Epinephelus amblycephalus,黑边石斑鱼Epinephelus fasciatus,光腭鲈Anyperodon leucogrammicus种内遗传距离大于2%,提示可能有隐存种。(3)DNA条形码序列包含部分系统发育信息,如白线光腭鲈、细磷三棱鲈和驼背鲈网结于石斑鱼属内,支持石斑鱼属为并系起源的假说；细磷三棱鲈与东太平洋石斑鱼、灰带石斑鱼构成一个支系；九棘鲈属是独立于石斑鱼属的一个有效属；但由于序列长度仅652bp,构建的系统发育树包含的信息过少,不足以解决石斑鱼类复杂的系统发育关系。

中国沿海石斑鱼亚科的DNA条形码研究

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