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利用AFLP和SSR对南海区域马氏珠母贝群体的遗传结构分析

作　者: 沈恩健
导　师: 刘楚吾
学　校: 广东海洋大学
专　业: 海洋生物学
关键词: 马氏珠母贝 AFLP SSR 分子标记 遗传多样性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 63次
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内容摘要


为了解我国南海区域马氏珠母贝群体的遗传结构及遗传多样性,也为良种培育提供科学指导,本文利用AFLP及SSR技术对南海区域马氏珠母贝(三个养殖群体DY、H和M,分别取自惠阳大亚湾、广西合浦和徐闻迈陈;三个野生群体DZ、BZ、SZ,取自惠阳大亚湾,广西北海,海南三亚)进行了遗传多样性分析。1.10对AFLP选择性扩增引物共扩增出不同大小的谱带364条,DY、DZ、H、M、SZ、BZ群体内的多态位点比例分别是86.21%、64.67%、82.12%、83.02%、64.73%、63.30%;DY、DZ、H、M、SZ、BZ群体内的平均遗传距离依次为0.2967、0.2519、0.2478、0.2047、0.1913、0.1856;六群体间的遗传距离与聚类分析显示野生群体与养殖群体有一定的基因交流,提醒我们更应加强野生马氏珠母贝种质资源的保护。马氏珠母贝六群体之间遗传距离的变异范围在0.2327～0.4278之间,H、DY、M三养殖群体之间遗传距离的变异范围在0.3001～0.3017之间;DZ、BZ、SZ三野生群体之间遗传距离的变异范围在0.3017～0.3801之间。H养殖群体与DZ野生群体间遗传距离最大,DZ群体和BZ群体间遗传距离次之,M群体和DY群体的遗传距离最小,说明养殖群体之间的遗传距离较野生群体之间的遗传距离低,因此为保护养殖群体可从野生种群中引进亲贝。2.10对SSR引物扩增结果显示:DY、DZ、H、M、SZ、BZ群体内的平均遗传距离依次为0.1985、0.1969、0.1852、0.1726、0.1543、0.1321;马氏珠母贝六群体之间的遗传距离在0.3009～0.4704之间,H、DY、M三养殖群体之间的遗传距离在0.3009～0.4148之间;DZ、BZ、SZ三野生群体之间的遗传距离在0.3214～0.4148之间。H养殖群体与DZ野生群体间遗传距离最大,M群体和DY群体的遗传距离最小,6个群体仍保持相对较高的遗传多样性。研究结果表明与三野生群体相比,三养殖群体的遗传距离较大;种群间的遗传距离比种群内的遗传距离大。3.各个群体均出现特异性位点缺失现象,将多个特异性位点相结合,可以更有效的对不同地理群体进行鉴定和用于种质资源的恢复。在试验结果表明:各群体仍保持较高的杂合度,种质资源处于相对较好的状态。

全文目录


摘要  5-6
ABSTRACTS  6-11
1 绪论  11-21
  1.1 马氏珠母贝概况  11
  1.2 马氏珠母贝分子标记的研究现状  11-13
  1.3 AFLP 分子标记技术的原理及应用  13-15
    1.3.1 AFLP 技术简介  13
    1.3.2 AFLP 分析的基本步骤  13
    1.3.3 AFLP 标记的特点  13
    1.3.4 AFLP 技术在海洋生物中的应用  13-15
  1.4 SSR 分子标记技术的原理及应用  15-18
    1.4.1 微卫星技术标记简介  15-16
    1.4.2 微卫星遗传标记的主要步骤  16
    1.4.3 微卫星标记的特点  16
    1.4.4 SSR 技术在海洋生物中的应用  16-18
  1.5 遗传多样性的简述及意义  18-19
    1.5.1 遗传多样性简述  18-19
    1.5.2 遗传多样性的意义  19
  1.6 本论文的研究目的和意义  19-21
2 材料与方法  21-32
  2.1 材料  21-23
    2.1.1 样品采集  21
    2.1.2 主要仪器与设备  21-22
    2.1.3 主要药品和试剂  22
    2.1.4 溶液配制  22-23
  2.2 AFLP 实验步骤  23-29
    2.2.1 高质量基因组DNA 的获取  23-24
    2.2.2 基因组DNA 的酶切  24
    2.2.3 接头的连接  24-25
    2.2.4 预扩增反应  25-26
    2.2.5 选择性扩增反应  26-27
    2.2.6 变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳  27-29
    2.2.7 数据统计及分析方法  29
  2.3 SSR 实验步骤  29-31
    2.3.1 SSR 引物的筛选  29
    2.3.2 SSR 的PCR 反应体系条件摸索  29-30
    2.3.3 SSR 产物的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳的检测  30-31
  2.4 数据统计方法  31-32
3 结果与分析  32-48
  3.1 基因组DNA 的提取结果  32
  3.2 AFLP 酶切结果  32-33
  3.3 AFLP 连接、预扩增结果  33-34
  3.4 AFLP 选择性扩增结果  34-40
  3.5 SSR 扩增结果  40-44
  3.6 六群体马氏珠母贝AFLP 选择性扩增结果分析  44-46
    3.6.1 六群体马氏珠母贝选择性扩增位点的分析  44
    3.6.2 马氏珠母贝各群体内的遗传距离  44-45
    3.6.3 马氏珠母贝六群体间的遗传距离  45
    3.6.4 马氏珠母贝六群体间的聚类分析  45-46
  3.7 六群体马氏珠母贝SSR 扩增结果分析  46-48
    3.7.1 马氏珠母贝各群体内的遗传距离  46
    3.7.2 马氏珠母贝六群体间的遗传距离  46-47
    3.7.3 马氏珠母贝六群体间的聚类分析  47-48
4 讨论  48-52
  4.1 影响AFLP 的因素  48-49
    4.1.1 DNA 提取  48
    4.1.2 实验程序的优化  48-49
  4.2 影响SSR 的因素  49
  4.3 马氏珠母贝种群内遗传多样性分析  49-50
  4.4 马氏珠母贝种群间遗传多样性分析  50-52
5 结论  52-53
参考文献  53-61
致谢  61-62
作者简历  62-63
导师简介  63

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中图分类: > 农业科学 > 水产、渔业 > 水产基础科学 > 水产生物学 > 水产动物学
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