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红尾副鳅线粒体基因组序列测定和鲤亚目系统发育分析

作 者: 杨敏
导 师: 尤平
学 校: 陕西师范大学
专 业: 微生物学
关键词: 鲤亚目 鳅科 红尾副鳅 线粒体基因组 系统发育
分类号: Q951
类 型: 硕士论文
年 份: 2010年
下 载: 75次
引 用: 3次
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内容摘要


本研究采用长PCR和嵌套PCR结合的方法,对鲤形目鳅科红尾副鳅线粒体基因组全序列进行测定,并对其进行了详细的注释分析,以充实线粒体基因组数据库。同时,联合NCBI中已公布的鲤亚目5科线粒体基因组全序列,研究了鲤亚目各科及其与亚科之间的系统发育关系。获得的主要结果如下:1.红尾副鳅线粒体基因组为双链环状分子,总长16571bp,包含了和其它脊椎动物线粒体基因组一致的37个基因以及923bp的非编码区。基因组结构紧密,除控制区外基因间只存在63bp的非编码碱基,还存在33bp的重叠。基因排列及转录方向和台湾缨口鳅完全一致。2.红尾副鳅线粒体基因组具有A+T偏向性,总的A+T含量为55.6%,非编码区的A+T含量达66.4%。3.13个蛋白质编码基因中,除COⅠ基因以特殊的GTG作为起始密码子外,其余均以ATG为起始密码子。9个蛋白质编码基因以典型的TAA和TAG作为终止密码子,COⅡ、COⅢ和Cytb的终止密码子是不完整的T,只有ND4基因是以不完整的TA作为终止密码子。4.红尾副鳅线粒体基因组22个tRNA基因的反密码子和多数脊椎动物的一致,二级结构除tRNA-SerAGN缺失了DHU臂外,其余的都可以折叠成典型的三叶草结构。而tRNA-SerAGN在DHU臂相应的位置上只形成一个环。在所有tRNA的二级结构上都存在一定数目的碱基错配现象,其中绝大部分为G-U错配。5.对红尾副鳅的12S rRNA和16S rRNA的二级结构进行了预测,12S rRNA的二级结构包含43个茎环结构,16S rRNA的二级结构包含6个结构域53个茎环结构。通过比较发现,rRNA的二级结构比较保守。6.红尾副鳅的控制区含有1个终止相关序列TAS1、3个中央保守序列(CSB-F、CSB-D、CSB-E)、2个保守序列区(CSB-2、CSB-3)及一段保守的终止结合序列TAS (TACATA)和一段与TAS互补的序列(ATGTAT)。其中,中央保守序列CSB-F、CSB-D及保守序列CSB-2比较保守。7.通过对27种鲤亚目5科鱼类的系统发育学研究发现:1)花鳅亚科和条鳅亚科的亲缘关系较近,而与沙鳅亚科的亲缘关系相对较远,且平鳍鳅科与花鳅亚科和条鳅亚科的亲缘关系比沙鳅亚科更近一些。2)亚口鱼科和鲤科的亲缘关系较近,并且是比较原始的类群,而鳅科和平鳍鳅科是更为特化的类群。8.通过对鲤亚目的系统发育关系重建,得山鲤亚目内各科的进化关系是亚口鱼科+鲤科→平鳍鳅科+鳅科,鳅科内部各亚科的进化关系是沙鳅亚科→条鳅亚科→花鳅亚科。9.全线粒体基因组序列在解决高级分类单元的系统发育关系上是一种有效的分子手段。

全文目录


摘要  3-5
Abstract  5-10
第一部分 前言  10-21
  1 线粒体的生物学特性  10-11
    1.1 线粒体的形态及分布  10-11
    1.2 线粒体的起源及进化  11
  2 线粒体基因组的特征  11-14
    2.1 线粒体DNA  11-12
    2.2 线粒体基因组的结构特点  12-13
    2.3 动物线粒体基因组组成  13-14
  3 线粒体基因组的研究进展  14-16
    3.1 线粒体基因组的遗传及进化特征  14-15
    3.2 鱼类线粒体基因组的研究进展  15-16
  4 线粒体基因组的分子系统学研究  16-20
    4.1 分子系统学研究方法  16-18
    4.2 线粒体在分子系统学研究中的意义  18-20
  5 本项目研究的目的和意义  20-21
    5.1 物种介绍  20
    5.2 研究意义  20-21
第二部分 材料和方法  21-33
  1 实验材料  21-23
    1.1 标本的采集、保存与鉴定  21
    1.2 实验仪器和试剂  21-23
  2 实验方法  23-29
    2.1 线粒体基因组全序列测定  23-24
    2.2 PCR扩增与纯化  24-29
    2.3 PCR产物测序  29
  3 数据处理与分析  29-33
    3.1 测序数据的拼接和处理  29
    3.2 线粒体基因组注释与分析  29-30
    3.3 系统发育分析  30-33
第三部分 实验结果  33-37
  1 总DNA的提取  33
  2 长PCR(Long-PCR)扩增及产物纯化  33-34
  3 短PCR(Sub-PCR)扩增及产物纯化  34-35
  4 序列测定  35
  5 序列拼接  35-36
  6 删除冗余序列及序列调零  36-37
第四部分 红尾副鳅线粒体基因组  37-50
  1 红尾副鳅线粒体基因组的基因组成及基本特征  37-40
    1.1 红尾副鳅线粒体基因组的基因组成与顺序  37-39
    1.2 基因重叠区和基因间隔序列  39
    1.3 核苷酸组成  39-40
  2 蛋白质编码基因  40-41
  3 tRNA基因的结构  41-43
  4 rRNA基因及其结构  43-44
  5 控制区(D-loop)  44-47
  6 红尾副鳅线粒体基因组与其它鱼类线粒体基因组的比较分析  47-50
    6.1 线粒体基因组的基本组成分析  47
    6.2 蛋白质编码基因  47-48
    6.3 tRNA基因  48
    6.4 rRNA基因  48-49
    6.5 控制区(D-loop)  49-50
第五部分 鲤亚目鱼类系统发育分析  50-66
  1 数据集序列组成分析  50-51
  2 碱基替换饱和性分析  51-52
  3 gl检验和PTP检验  52-54
  4 系统发育关系重建  54-64
    4.1 简约法建树  54-56
    4.2 最大似然法建树  56-59
    4.3 贝叶斯系统发育推论  59-64
  5 讨论  64-66
结论  66-68
参考文献  68-75
致谢  75-76
攻读硕士学位期间研究成果  76-77

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