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野油菜黄单胞菌三个与致病性及EPS相关基因的调控基因的鉴定

作　者: 彭方印
导　师: 唐纪良
学　校: 广西大学
专　业: 生物化学与分子生物学
关键词: 野油菜黄单胞菌 胞外多糖 脂多糖 启动子区 报告质粒
分类号: S432.42
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
下　载: 2次
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内容摘要


野油菜黄单胞菌中XC3813、XC3814、XC3815是三个与致病性及胞外多糖相关的基因，分别被注释为保守假定蛋白、脂多糖核心合成糖基转移酶、保守假定蛋白。为了进一步研究这三个基因的功能，本研究扩增含不同长度启动子区的互补片段，对非极性整合突变体NK3813、NK3814、NK3815进行反式互补，初步确定了这三个基因启动子的关键区域。在此基础上，构建了GUS报告系统，定量研究了调控基因rpfC、opsX、clp对这三个基因表达的影响，并检测了这三个基因在寄主植物体内的表达水平。为寻找XC3813、XC3814上游潜在的正向调控基因，将该基因的启动子区与蔗糖敏感报告基因SacB相连接，构建报告质粒Pro3813SacB、Pro3814SacB。将此报告质粒导入Xcc 8004，并利用转座子诱变系统EZ-Tn5<KAN-2>TnpTransposome对Xcc 8004染色体进行诱变，得到一株能在含10％蔗糖的平板上生长的突变体，命名为Pro3814SacB-3。通过对突变体的转座子插入位点定位，发现XC3882可能正向调控XC3814。为了确认它们的调控关系，将已构建的报告质粒Pro3814gus导入突变体T3882。在NYGB中测得其gus表达水平明显降低，表明XC3882正调控XC3814基因的表达。

全文目录


摘要  4-6
ABSTRACT  6-10
第一章 前言  10-20
  1.1 黄单胞菌(Xanthomonascampestris)的简介  10-11
    1.1.1 野油菜黄单胞菌的分类地位及形态特征  10-11
    1.1.2 野油菜黄单胞菌功能基因组学  11
  1.2 野油菜黄单胞菌多糖的研究进展  11-17
    1.2.1 胞外多糖  12-15
    1.2.2 脂多糖  15-17
  1.3 与多糖相关的调控基因  17-19
    1.3.1rpf基因簇  17-18
    1.3.2 opsX  18
    1.3.3 clp  18-19
  1.4 本工作的意义  19-20
第二章 材料与方法  20-35
  2.1 材料  20-25
    2.1.1 本研究所用的菌株和质粒  20-22
    2.1.2 培养基、培养条件及菌种保存  22-23
    2.1.3 抗生素及其贮存、使用浓度  23-24
    2.1.4 溶液与缓冲液  24-25
  2.2 方法  25-35
    2.2.1 脂多糖(LPS)的提取  25-26
    2.2.2 Tricine-SDS-PAGE电泳  26
    2.2.3 泳动性检测  26
    2.2.4 常规PCR反应  26-29
    2.2.5 琼脂糖凝胶电泳  29
    2.2.6 PCR产物的回收与纯化  29
    2.2.7 质粒的提取  29-30
    2.2.8 总DNA的提取  30
    2.2.9 限制性内切酶酶切  30
    2.2.10 DNA连接  30
    2.2.11 电脉冲感受态细胞的制备  30-31
    2.2.12 转化  31
    2.2.13 三亲本接合  31-32
    2.2.14 Xcc 8004基因组上目标基因的整合突变体的构建  32-33
    2.2.15 GUS(β-葡萄糖苷酸酶)活性检测  33
    2.2.16 组织化学的GUS染色法  33-34
    2.2.17 利用EZ-Tn5Transposon对Xcc 8004全基因组进行随机诱变  34-35
第三章 结果与分析  35-55
  3.1 XC3813、XC3814、XC3815的生物信息学分析  35-38
    3.1.1 XC3813、XC3814、XC3815基本的生物信息学预测  35
    3.1.2 多重序列比对  35-38
  3.2 NK3813、NK3814、NK3815的表型分析  38-40
    3.2.1 NK3813、NK3814、NK3815的LPS分析  38-39
    3.2.2 NK3813、NK3814、NK3815的泳动性分析  39-40
  3.3 XC3813、XC3814、XC3815的表达分析  40-51
    3.3.1 启动子区的预测  40-41
    3.3.2 XC3813、XC3814、XC3815启动子核心区域的确定  41-45
    3.3.3 XC3813、XC3814、XC3815GUS报告质粒构建  45
    3.3.4 rpfC,opsX,clp对XC3813、XC3814、XC3815表达的影响  45-50
    3.3.5 XC3813、XC3814、XC3815在植株中的表达研究  50-51
  3.4 上游正向调控基因的筛选和鉴定  51-55
    3.4.1 构建SacB报告质粒  52
    3.4.2 Tn5转座诱变  52
    3.4.3 正调控基因的验证  52-55
第四章 小结与讨论  55-57
  4.1 XC3813、XC3814、XC3815生物信息学分析  55
  4.2 XC3813、XC3814、XC3815的调控关系研究  55-56
  4.3 XC3813、XC3814、XC3815的功能预测  56-57
参考文献  57-63
致谢  63-64
攻读硕士期间发表论文情况  64

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中图分类: > 农业科学 > 植物保护 > 病虫害及其防治 > 植物病害及其防治 > 侵（传）染性病害 > 细菌
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