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新疆地方鸡品种MHC-B-F遗传多样性的研究

作 者: 肖白桦
导 师: 艾尼瓦尔·吐米尔
学 校: 新疆大学
专 业: 动物学
关键词: 吐鲁番鸡 拜城油鸡 组织相容性复合体 线粒体DNA
分类号: S831
类 型: 硕士论文
年 份: 2010年
下 载: 46次
引 用: 1次
阅 读: 论文下载
 

内容摘要


吐鲁番斗鸡和拜城油鸡是新疆知名的两个地方家禽品种。吐鲁番斗鸡形成于新疆吐鲁番地区,为中国著名的斗鸡品种。拜城油鸡产于著名的龟兹文化发祥地-新疆阿克苏地区拜城县,其起源进化方面的研究尚存在空白。鸡主要组织相容性复合体是指16号染色体上的一组紧密连锁的、高度多态的基因座所组成的一个遗传区域,是一个与免疫应答和抗病性密切相关的多基因家族。本研究对吐鲁番斗鸡和拜城油鸡的MHC B-F基因第二外显子区域和线粒体DNA D-loop区进行序列测定,结合下载序列,结果如下:(1)新疆地方鸡品种69个个体中共有62个单倍型,单倍型多样性指数为0.994。在MHC B-F基因第二外显子区域264bp片段长度范围内多态性变异位点数目59个,其中单一多态位点5个,简约信息位点54个,核苷酸多态性值为0.6977。核苷酸异义替换率为8.08%±1.62%,同义替换率为5.49±0.84%。(2)新疆地方鸡MHC B-F基因外显子2的DNA序列具有丰富的多态性,但其多态性位点的分布并不均匀。该序列所编码的88个氨基酸序列中,新疆地方鸡中有30个残基发生改变,DNA序列的同源性(205/264)高于氨基酸序列(58/88),表明其序列多态性更多的在氨基酸水平上表现。且无论是在DNA水平上,还是在氨基酸水平上,拜城油鸡(56/264,29/88)多态性均高于吐鲁番斗鸡(49/264,27/88)。(3)对吐鲁番斗鸡、拜城油鸡各13个个体mtDNA的D-loop区(512bp)的序列分析共发现21个变异位点,26个个体中共有10个单倍型,单倍型多样性指数为0.905。自数据库下载25种中国地方品种鸡、1种中国红原鸡、1种印度红原鸡和韩国日本本地鸡各1种,合计59个个体序列。把85个鸡品种个体mtDNA D-loop区的序列综合在一起分析,共发现33处变异位点,25种单倍型。新疆地方鸡品种mtDNA D-loop区基因遗传多样性较低,吐鲁番斗鸡和拜城油鸡之间存在着明显的基因交流,吐鲁番斗鸡可能是拜城油鸡育种母本之一,而多个地方鸡品种参与了吐鲁番斗鸡的形成过程。

全文目录


中文摘要  4-5
英文摘要  5-10
第一章 文献综述  10-20
  1.1 中国地方鸡遗传资源  10-14
    1.1.1 中国地方鸡的起源与驯化  10-11
    1.1.2 中国地方鸡品种资源现状  11-13
    1.1.3 新疆地方鸡品种的现状  13-14
      1.1.3.1 吐鲁番斗鸡  13
      1.1.3.2 拜城油鸡  13-14
  1.2 鸡MHC 基因研究进展  14-16
    1.2.1 鸡MHC 基因的结构  14-15
    1.2.2 鸡MHC 基因的功能  15-16
  1.3 鸡MHC 基因多态性与疾病抗性相关性的研究  16-19
    1.3.1 鸡MHC 基因遗传多态性的研究  16-17
    1.3.2 鸡MHC 基因与疾病抗性相关性的研究  17-19
      1.3.2.1 鸡MHC 与MD 抗性的相关性  17-18
      1.3.2.2 鸡MHC 与RS 抗性的相关性  18
      1.3.2.3 鸡MHC 与其他疾病抗性的相关性  18-19
  1.4 本研究的目的和意义  19-20
第二章 材料与方法  20-28
  2.1 试验材料  20
  2.2 主要仪器设备  20
  2.3 主要试剂及配制  20-21
    2.3.1 主要试剂  20-21
    2.3.2 主要试剂配制  21
  2.4 试验方法  21-26
    2.4.1 总DNA 的提取  21-22
    2.4.2 DNA 浓度和纯度的检测  22
    2.4.3 鸡MHC B-F 区基因PCR 扩增  22-24
      2.4.3.1 鸡MHC B-F 区基因PCR 扩增所用引物  22-23
      2.4.3.2 鸡MHC B-F 区基因PCR 扩增的优化  23-24
    2.4.4 鸡线粒体DNA D-loop 区基因PCR 扩增  24-26
      2.4.4.1 鸡线粒体DNA D-loop 区PCR 扩增所用引物  24-25
      2.4.4.2 鸡线粒体DNA D-loop 区基因PCR 扩增  25-26
    2.4.5 PCR 产物的回收纯化  26
    2.4.6 PCR 产物序列测定  26
  2.5 数据分析  26-28
第三章 结果与分析  28-40
  3.1 基因组DNA 提取结果  28
  3.2 PCR 扩增效果  28-30
    3.2.1 鸡MHC B-F 区基因PCR 扩增效果  28-29
    3.2.2 鸡线粒体DNA D-loop 区基因PCR 扩增效果  29-30
  3.3 PCR 扩增产物测序结果  30-31
  3.4 新疆地方鸡的MHC B-F 基因SNPs 多样度  31-33
  3.5 新疆地方鸡MHC B-F 基因外显子2 氨基酸序列变异分析  33-35
  3.6 新疆地方鸡mtDNA D-loop 区的序列分析  35-38
  3.7 新疆地方鸡品种的系统发生关系  38-40
第四章 讨论  40-45
  4.1 陈旧家禽血液基因组 DNA 的快速提取方法  40
  4.2 新疆地方鸡 MHC-B-F 外显子 2 的遗传结构和多态性  40-41
  4.3 鸡 MHC-B-F 外显子 2 序列多态性的进化机制  41-42
  4.4 新疆地方鸡品种的起源  42-44
    4.4.1 研究对象的选择  42-43
    4.4.2 新疆地方鸡 D-loop 区基因遗传多样性的探讨  43
    4.4.3 新疆地方鸡品种的关系和起源探讨  43-44
  4.5 地方鸡品种保护的建议  44-45
第五章 结论  45-46
参考文献  46-52
附录 1 鸡 MHC B-F 区序列数据来源检索表  52
附录 2 鸡线粒体 DNA D-loop 区序列数据来源检索表  52-55
在读期间发表论文清单  55-56
致谢  56

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家禽 >
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