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骨几何学参数和脂肪含量的双变量全基因组关联研究

作　者: 王青溪
导　师: 陈湘定
学　校: 湖南师范大学
专　业: 动物学
关键词: 骨几何学脂肪含量百分数双变量全基因组关联研究
分类号: R58
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
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内容摘要

肥胖症和骨质疏松症都属于复杂疾病,它们已经成为全球主要的影响公共健康的问题。骨质疏松症是一种很常见的疾病,它的特点是骨强度下降,以及骨折的风险会随着年龄的增长而增加。肥胖是一种体内积聚了过多脂肪的疾病,通常还造成患者一些常见疾病的风险增加。骨几何学是骨骼的重要参数,脂肪含量百分数(PFM)则是肥胖的重要参数。股骨颈处的骨几何学参数(FNGPs)如：骨直径(W)、皮质厚度(CT)、截面面积(CSA)、截面系数(Z)和曲率(BR)等与脂肪含量百分数具有很高的遗传相关性,但对同时调控这两种表型的SNP或基因我们还知之甚少。现已证明检测多效基因用双变量分析方法较为有效,因此,我们在一大样本量的中国人群中进行双变量全基因组关联分析(GWAS),以鉴定FNGPs与PFM共同的调控SNP或基因。本研究中所采用的样本由1627位(男性802位,女性825位)无血缘关系的成年汉族人组成。FNGPs可由骨密度和骨大小计算得到,因此,本研究采用双能X射线骨密度仪对他们的脂肪含量百分数(PFM)和股骨颈(FN)处的骨密度(BMD)与骨大小进行测量。我们所采用的基因分型,是Affymetrix公司的人类基因组SNP6.0分型芯片,共测定了约90万个SNPs,从中选择了689368个用于后续的关联研究。本研究采用R软件进行基于线性模型的双变量回归分析来检测SNP同时与PFM和FNGPs的相关度。我们发现10个SNP可能同时与FNGPs和PFM相关,其中rs7995696位于基因LINC00540(长基因间非编码蛋白RNA540)上,与两个表型的双变量关联p值为7.68×10-6(PFM-Z),然后在美国白人中对它进行验证分析,发现验证p值为0.023,也达到了0.05的显著水平。通过荟萃分析合并结果,得到相应的p值为2.87×10-6。另两个SNP: rs4127398和rs4908185,在五个表型对里的初始p值均达到了10-6水平,范围分别从9.88×10-7到6.26×10-6,5.03×10-6到9.85×10-6。其中,基因PIWIL4,AMOTL1分别位于rs4127398上游约50kb处和下游100kb处,rs4908185位于基因OLFM3内含子区域中。此外,我们还发现另一包含7个SNP的连锁群,它在染色体上的跨度约为60Kb,包含基因MAGEA1,这个连锁群也同时与FNGPs和PFM相关。7个SNP双变量分析(PFM-W)的p值介于4.13×10-6和9.98×10-6之间。本研究结果显示基因LINC00540,MAGEA1,PIWIL4,AMOTL1和OLFM3既与骨几何学参数有关,也与脂肪含量百分数相关,它们可能是同时调控这两种表型的多效基因。

全文目录

摘要  3-5
ABSTRACT  5-9
第一章前言  9-23
  1.1 骨质疏松症表型-骨几何学参数  10-14
  1.2 肥胖症  14-17
  1.3 骨几何学参数与脂肪含量之间的相关性  17
  1.4 骨质疏松症、肥胖症的研究方法  17-22
  1.5 本文的研究目的和意义  22-23
第二章骨几何学参数和脂肪含量的双变量全基因组关联研究  23-45
  2.1 材料与方法  24-33
  2.2 结果  33-41
  2.3 讨论  41-45
结语  45-47
参考文献  47-59
附录  59-60
附表  60-67
缩写表  67-68
致谢  68-69

骨几何学参数和脂肪含量的双变量全基因组关联研究

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