学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

位置候选基因HMGA1、C6orf106和ENSSSCG00000023160与猪肢蹄结实度的关联性研究

作 者: 张徐非
导 师: 郭源梅; 黄路生
学 校: 江西农业大学
专 业: 动物遗传育种与繁殖
关键词:  肢蹄结实度 关联分析 基因型填补
分类号: S828
类 型: 硕士论文
年 份: 2013年
下 载: 17次
引 用: 0次
阅 读: 论文下载
 

内容摘要


肢蹄软弱一直困扰我国的养业。肢蹄软弱会造成猪只跛行、卧地不起,严重地影响猪正常的生长发育。每年因肢蹄软弱淘汰的种猪数目非常大,给养猪业造成巨大经济损失,同时也降低了猪的福利。此外,研究猪肢蹄结实度能为人类四肢健康的研究提供借鉴。因此,研究猪肢蹄结实度不仅具有经济价值,而且具有重要的科学意义。国内外研究结果显示肢蹄结实度的发生病因复杂多样,有品种、病原体感染、营养水平、人为选育及环境因素等,但多数学者认为肢蹄结实度与遗传密切相关。目前,对猪肢蹄结实度的遗传解析还不是很深入,只有几篇QTL定位及GWAS报道。本实验室对自己构建的白色杜洛克×二花脸资源家系进行全基因组扫描,定位了16个基因组1%显著水平影响肢蹄结实度的QTL,其中7号染色体上的QTL效应最强,且影响多个肢蹄结实度相关的性状。利用猪60K SNP芯片,对F2和苏太群体进行基因型检测,通过全基因组关联分析,把7号染色体上的QTL精细定位到一个2.15Mb的区域内。本研究在上述研究的基础上,通过对7号染色体上2.15Mb的区域内基因功能的分析,筛选出位于QTL峰值区域的三个基因HMGA1、 C6orf106和ENSSSCG00000023160作为位置/功能候选基因。通过PCR产物测序的方法,对C6orf106和ENSSSCG00000023160基因的多态位点搜寻,分别搜索到174和5个多态位点。从C6orf106基因174个多态位点中选取3个保守多态位点,在F2、苏太和杜长大商业群体中,利用Taqman探针法进行基因分型。ENSSSCG00000023160基因的5个多态位点,在F2代群体中,利用基因填补法对未测序的个体进行基因型预测。HMGA1基因多态位点的搜寻和3个多态位点的检测参见沈虎群的硕士论文。在F2和苏太群体中,把本研究筛选的11个多态位点和60K SNP芯片中7号染色体上的SNP整合到一起,利用R软件GenABEL程序包进行关联分析。在杜长大商业群体中,利用SAS统计软件,检验C6orf106基因的3个多态位点与肢蹄结实度之间的关联性。结果显示HMGA1基因的两个多态位点g.2029C>T和g.3155A>G在F2群体中,与肱二头肌和步态评分成极显著关联,且与最显著点之间的差异极小,因此HMGA1基因极有可能是影响肢蹄结实度的因果基因。C6orf106基因3个多态位点在F2群体中也和肢蹄结实度相关性状有关联,但是关联程度不是很强。另外,在苏太和杜长大群体中均不关联。考虑到C6orf106基因还有171个多态位点没有检测,因此暂时不能排除该基因是影响肢蹄结实度的因果基因。ENSSSCG00000023160基因的5多态位点在F2群体中只和前肢的步态评分有关联,但是关联程度不是很强,因此可以排除这基因是影响肢蹄结实度的因果基因。

全文目录


摘要  7-8
ABSTRACT  8-10
第一章 文献综述  10-28
  1 引言  10
  2 肢蹄结实度  10-14
    2.1 肢蹄结实度的定义  10
    2.2 肢蹄软弱的危害  10-11
      2.2.1 肢蹄软弱给种带来的危害  10-11
      2.2.2 肢蹄软弱给商品猪带来的危害  11
    2.3 影响肢蹄结实度因素  11-13
      2.3.1 品种和人为选育  11-12
      2.3.2 疾病  12
      2.3.3 繁殖因素  12
      2.3.4 营养因素  12-13
      2.3.5 饲养管理方式  13
      2.3.6 运动缺乏  13
    2.4 肢蹄结实度的遗传力  13
    2.5 肢蹄结实度的评估手段  13-14
  3 软骨病  14-16
    3.1 软骨病的简介  14-15
    3.2 软骨病的生理生化  15
    3.3 肢蹄软弱和软骨病相关性研究  15-16
    3.4 软骨病的评定方法  16
    3.5 软骨病的研究进展  16
  4 肢蹄结实度的研究进展  16-18
    4.1 QTL 定位结果  16-18
    4.2 全基因组关联分析的研究结果  18
    4.3 候选基因法的研究  18
  5 基因型填补  18-20
    5.1 基因型填补的主要作用  19
    5.2 基因型填补的主要原理  19
    5.3 基因型填补的在其他物种中的主要运用  19-20
  6 候选基因法的原理  20
  7 软骨发育调节通路  20-21
  8 本研究的前期工作基础  21-24
    8.1 QTL 定位结果  21
    8.2 全基因组关联分析结果  21
    8.3 2.15 Mb 中的候选基因介绍  21-24
      8.3.1 HMGA1 基因的研究进展  22-23
      8.3.2 C6orf106 基因的研究进展  23
      8.3.3 ENSSSCG00000023160 基因的研究进展  23-24
  9 本研究的目的  24
  参考文献  24-28
第二章 实验内容  28-45
  1 实验材料和方法  28-30
    1.1 实验材料  28
      1.1.1 资源群体  28
      1.1.2 苏太群体  28
      1.1.3 杜长大商业群体  28
    1.2 表型性状测定  28-29
    1.3 DNA 的提取  29
    1.4 候选基因多态位点的搜寻  29-30
      1.4.1 引物设计  29
      1.4.2 PCR 扩增  29
      1.4.3 测序  29
      1.4.4 多态位点的鉴别  29-30
    1.5 基因多态位点基因型判定  30
      1.5.1 C6orf106 基因  30
      1.5.2 HMGA1 基因  30
  2 统计分析方法  30-32
    2.1 基因型填补  30-31
      2.1.1 ENSSSCG00000023160 基因型填补  30-31
      2.1.2 基因型填补准确性评估  31
    2.2 简单统计量的计算  31
    2.3 关联分析模型的确定  31
    2.4 关联分析  31-32
  3 实验结果  32-39
    3.1 多态位点搜寻结果  32
      3.1.1 C6orf106 基因  32
      3.1.2 ENSSSCG00000023160 基因  32
    3.2 肢蹄结实度相关性状的简单统计量  32-34
    3.3 C6orf106 基因与关节和蹄趾评分关联分析结果  34-35
    3.4 11 个多态位点与肱二头肌长度和重量关联分析结果  35-36
    3.5 11 个多态位点与肢步态评分关联分析结果  36-37
    3.6 11 个多态位点与肢蹄评分关联分析结果  37-39
  4 讨论  39-43
    4.1 杜长大商品猪表型性状分析  40
    4.2 基因型检测位点的筛选  40
      4.2.1 HMGA1 基因  40
      4.2.2 C6orf106 基因  40
      4.2.3 ENSSSCG00000023160 基因  40
    4.3 基因填补  40-41
      4.3.1 基因填补的准确性  40-41
      4.3.2 基因填补程序的选择  41
    4.4 关联分析的临界值  41-42
    4.5 关联分析结果讨论  42-43
      4.5.1 HMGA1 基因  42
      4.5.2 C6orf106 基因  42-43
      4.5.3 ENSSSCG00000023160 基因  43
  小结  43-44
  参考文献  44-45
附录  45-50
论文发表情况  50-51
致谢  51

相似论文

  1. 猪前脂肪细胞分化过程中抵抗素基因表达水平及其影响因素,R587.1
  2. 外来入侵植物加拿大一枝黄花对入侵地土壤动物群落结构的影响,S451
  3. 猪链球菌2型与猪胸膜肺炎放线杆菌基因工程亚单位疫苗的研究,S858.28
  4. 营养调控对猪生产性能及氮磷排放影响的研究,S828.5
  5. PRRSV的感染差异性和抗体依赖性增强作用研究,S858.28
  6. 猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传变异分析及猪α干扰素的真核表达,S858.28
  7. 猪圆环病毒2型Cap蛋白单克隆抗体的制备与鉴定,S852.65
  8. 猪细小病毒河南流行株的分离、鉴定及部分生物学特性研究,S852.65
  9. 马链球菌兽疫亚种类M蛋白与猪血管内皮细胞互作蛋白筛选,S852.611
  10. 作物品种群体抗性性状基因座定位的新方法研究,S336
  11. 曲靖清香型烤烟风格形成的土壤因素和烟叶品质特点分析,S572
  12. 中国大豆地方品种群体的遗传结构和连锁不平衡特征及主要育种性状QTL的关联分析,S565.1
  13. 极端低蛋白日粮对初产小梅山母猪繁殖性能及其后代生长性能与免疫功能的影响,S828
  14. 副猪嗜血杆菌,猪传染性胸膜肺炎放线杆菌和猪链球菌2型三重PCR方法的建立与应用,S858.28
  15. 多个猪IgGⅡB类Fc受体剪接异构体的分子生物学特征,S828
  16. PCV2对体外培养仔猪淋巴细胞NF-κB信号的影响,S858.28
  17. PCV2对体外培养仔猪淋巴细胞钙信号的影响及其机理初探,S858.28
  18. 猪链球菌2型感染小鼠腹腔巨噬细胞基因表达谱差异分析,S858.91
  19. β-catenin在猪卵巢组织中的表达以及对猪卵巢颗粒细胞凋亡及类固醇生成酶的影响,S828
  20. 猪白细胞介素2/6嵌合基因的融合表达及活性研究,S858.28
  21. 猪瘟病毒和猪2型圆环病毒基因芯片检测技术研究,S858.28

中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 >
© 2012 www.xueweilunwen.com