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蓝光诱导对海带microRNA表达影响的研究

作　者: 李伟
导　师: 段德麟
学　校: 中国科学院研究生院（海洋研究所）
专　业: 海洋生物学
关键词: 海带蓝光 microRNA（miRNA）
分类号: S917.3
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
下　载: 66次
引　用: 1次
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内容摘要

光是植物生长发育的一种重要调控因子，蓝光对海带（Saccharina japonica）的生长发育具有重要作用。本研究以高通量测序为手段，结合生物信息学分析以及qRT-PCR检测，研究了蓝光对海带microRNAs（miRNAs）表达谱的影响，获得了参与海带蓝光响应的miRNAs。以蓝光、黑暗处理海带幼孢子体为材料，构建了其小RNA文库，通过高通量测序，获得了差异表达谱。根据小RNA的分类注释及Mireap软件分析，得到20种海带新miRNAs。通过与长囊水云（Ectocarpus siliculosus）基因组的比对，预测了这20种新miRNAs的二级结构。其中，sj-MIR07，sj-MIR16，sj-MIR20均具有多种二级结构。通过预测这些新miRNAs的靶基因序列，证明其具有较强的保守性。这些基因主要与内切酶、钙调蛋白、半乳糖氧化酶、热休克蛋白及其调控因子等有关。其中，sj-MIR05、sj-MIR07、sj-MIR12、sj-MIR15在蓝光诱导下上调，推测其可能与海带蓝光诱导有关。通过对miRNA的差异表达分析，获得739种已知的miRNA和6种新miRNA与蓝光诱导相关。qRT-PCR表达分析表明海带幼孢子体中只有部分miRNA与高通量测序的结果相吻合，这可能与2种方法所采用的建库方法差异有关。通过GO（Gene ontology）富集分析和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）代谢网络分析，整合差异表达的数据，我们获得了一些miRNAs（如miR398、miR1110、miR2840），推测其可能参与了蓝光诱导响应，与受体信号、辐射反应、生物钟、光形态建成、光刺激响应、光周期及光转导相偶联，这些miRNA的功能有待在后续验证中深入探讨。

全文目录

致谢  4-5
摘要  5-6
Abstract  6-8
第一章文献综述  8-18
  1. 高等植物的光形态建成  8-11
  2. 藻类的光形态建成  11-14
  3. micorRNA 及其在植物中的功能  14-16
  4. 研究目的与意义  16-18
第二章海带小RNA文库的构建及测序  18-28
  1. 材料与方法  18-21
  2. 结果与分析  21-25
  3. 讨论与小结  25-28
第三章海带miRNA的生物信息学分析  28-40
  1. 材料与方法  28-29
  2. 结果与分析  29-38
  3. 讨论与小结  38-40
第四章海带蓝光响应miRNA的筛选  40-58
  1. 材料与方法  40-43
  2. 结果与分析  43-55
  3. 讨论与小结  55-58
第五章结论  58-60
参考文献  60-74
缩略词表  74-75
作者简介  75

蓝光诱导对海带microRNA表达影响的研究

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