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山东近岸海域浮游细菌、病毒生态学调查及沉积物细菌多样性研究

作　者: 张喆
导　师: 唐学玺
学　校: 中国海洋大学
专　业: 生态学
关键词: 山东沿岸浮游细菌浮游病毒细菌多样性
分类号: Q939.4
类　型: 博士论文
年　份: 2008年
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内容摘要

本文采用分级稀释培养计数法和表面荧光显微镜计数法,分别于2006年8月(夏季)、2006年12月(冬季)、2007年4月(春季)和2007年10月(秋季),四次对山东近岸海域可培养异养细菌数量,海洋浮游细菌丰度、生物量及海洋浮游病毒丰度分布特征进行了调查研究,同时分析了夏、冬两季海洋细菌、病毒与环境生态因子之间的相关性,探讨了环境因子对浮游细菌及病毒分布的影响,以期为山东近岸海域微生物分布状况提供基础数据,为其后的海洋微生物生态学研究提供参考。同时,采用ARDRA方法分析了胶州湾内站位QD08及威海近岸站位QD13表层沉积物细菌多样性及其季节变化。1.可培养异养细菌的分布特征调查海区四个季节可培养异养细菌数量介于1.01×104~6.27×107 CFU/L,最大值出现在夏季小岛湾外站位QD15底层水中,最小值则出现在冬季QD03站位中层水,各季节可培养异养细菌分布为夏季>冬季>秋季>春季。四个季节均表现出沿岸可培养异养细菌数量大于远岸数量的趋势;夏、秋、冬季节北部海区可培养异养细菌数量要高于南部海区,而冬季则刚好相反。在垂直方向上,除冬季表现出各水层可培养异养细菌数量相似的规律外,其它三个季节则没有明显的垂直分布规律。夏、冬季节可培养异养细菌数量与温度及海水叶绿素a含量(Chla)没有相关性,而与总氮(N)、总磷(P)及磷酸盐(PO43-)呈显著相关,这说明总N、总P及PO43-可能是夏、冬季节可培养异养细菌数量分布的主要限制因子,而温度在可培养异养细菌数量分布上并没有起到限制性作用。2.浮游细菌丰度及生物量的分布特征调查海区四个季节浮游细菌丰度及生物量分别介于9.76×108~1.55×1010 cells/L和14.79~236.49μg/L。两者无论是在时间还是空间都表现出了相似的分布特征。浮游细菌丰度及生物量季节分布均为春季>夏季>秋季>冬季,冬季浮游细菌丰度及生物量明显低于其他三个季节,冬季的低温可能是造成这一现象的主要原因。各站位不同季节浮游细菌丰度及生物量有明显的垂直分布规律,但在夏季QD06及QD14站位可以观察到浮游细菌丰度的变化受到温度跃层的影响。调查海区春、秋、冬季三层水均呈现出近岸浮游细菌丰度及生物量大于远岸的趋势,且一般在胶州湾或小岛湾、丁字湾附近出现高值区;夏季表层与底层水浮游细菌丰度及生物量亦表现出近岸区域大于远岸区域的趋势。夏、冬季节各站位水柱浮游细菌丰度及生物量与温度、总有机碳及叶绿素a含量均呈现显著正相关关系,而与溶解氧、PO43-呈显著负相关关系,因此可以认为调查海区夏、冬季节浮游细菌分布同时受到上述几种环境生态因子的影响,而由于海区营养盐充足,减弱了营养盐对浮游细菌季节分布的限制作用。3.浮游病毒丰度的分布特征调查海区各季节浮游病毒丰度介于1.71×109~3.40×1011 VLPs/L,其季节分布规律较明显,为冬季>春季>夏季>秋季,海水盐度及溶解氧含量的季节变化是造成这一现象的主要原因。不同站位各季节浮游病毒丰度没有明显的垂直分布规律,四个季节各水层浮游病毒丰度基本随着由沿岸区域向外海延伸,呈现出下降趋势。夏、冬季节山东近岸浮游病毒丰度与海水中硝酸盐含量呈显著正相关关系,而与浮游细菌丰度及叶绿素a含量呈现弱的负相关性,说明海水中营养盐含量的变化对浮游病毒丰度有较大影响。冬季较高的营养盐含量有可能增加了细菌体内病毒的释放量,而病毒对其寄主——浮游细菌的裂解作用则可能是导致两者呈现出负的相关性的原因。4.QD08 / QD13站位表层沉积物细菌多样性分为夏、冬、春、秋四个季节对山东近岸海域表层沉积物细菌多样性进行了研究。利用提取纯化的沉积物样品总DNA为模版,扩增了沉积物样品中细菌的16S rDNA片段,并构建了相应的文库。从QD08站位四个季节沉积物样品中分别得到37、48、48及39个具有不同酶切图谱的阳性克隆子,而QD13站位四个季节表层沉积物样品中具有不同酶切图谱的阳性克隆子则分别为33、29、57及57个。通过对构建的8个文库克隆子的ARDRA分析,探讨了文库种群的多样性,结果表明:在所构建的8个16S rDNA克隆文库中,A8S、D8S、A13S和B13S 16S rDNA克隆文库具有较高的覆盖率,可以认为上述4个文库能够反映沉积物样品细菌多样性;B8S、C8S、C13S及D13S克隆文库文库覆盖率均低于80%,可能需要更多的克隆子来反映沉积物样品细菌多样性。从细菌多样性季节变化来看,两个站位各季节沉积物样品细菌主要属于变形杆菌(Proteobacteria)类群,且γ-Proteobacteria亚群属于优势种类,同时也检测到α-/γ-/δ-/ε-Proteobacteria亚群的存在,表明变形杆菌是海洋沉积物中的主要类群。同时在QD08站位表面沉积物样品发现的还有浮霉菌(Plancomycene)、放线菌( Actinobacteria )、芽单胞菌( Gemmatimonadetes )、酸杆菌(Acidobacteriaceae)、硝化螺旋菌(Nitrospirales)、疣微菌(Verrucomicrobial)、拟杆菌(Bacteroidetes)和绿弯菌(Chloroflexi)几大类群。QD13站位沉积物样品细菌类群与QD08站位略有不同,主要包含浮霉菌(Plancomycene)、芽单胞菌(Gemmatimonadetes)、酸杆菌(Acidobacteriaceae)、硝化螺旋菌(Nitrospirales)、拟杆菌(Bacteroidetes)、绿弯菌(Chloroflexi)、高G + C含量革兰氏阳性菌放线菌(Actinobacteria)和低G + C含量的革兰氏阳性菌梭菌(Clostridiales)几类。与QD13站位相比,QD08站位沉积物细菌多样性随季节变化不大,可能是由于QD08站位沉积物受陆地影响较小,沉积物环境季节变化不大。

全文目录

摘要  4-7
Abstract  7-13
第一章前言  13-47
  1.1 海洋微生物研究  13-17
  1.2 海洋细菌生态学研究  17-23
  1.3 海洋浮游病毒生态学研究  23-31
  1.4 海洋微生物多样性的研究  31-35
  1.5 本研究的课题来源及目的意义  35-37
  参考文献  37-47
第二章可培养异养菌数及浮游细菌丰度、生物量分布特征  47-82
  2.1 材料与方法  47-52
    2.1.1 采样海域概况及站位设置  47-49
    2.1.2 样品采集  49-50
    2.1.3 样品处理及分析  50-52
  2.2 结果与分析  52-65
    2.2.1 样品采集情况  52-53
    2.2.2 调查海域可培养异养细菌分布特征  53-58
    2.2.3 调查海域浮游细菌丰度分布特征  58-62
    2.2.4 调查海域浮游细菌生物量分布特征  62-65
  2.3 讨论  65-78
    2.3.1 调查海区夏冬季环境生态因子变化  65-66
    2.3.2 可培养异养细菌分布特征  66-70
    2.3.3 浮游细菌丰度及生物量分布特征  70-78
  2.4 小结  78-79
  参考文献  79-82
第三章浮游病毒分布特征  82-101
  3.1 材料与方法  82-84
    3.1.1 采样海区概况及站位设置  82
    3.1.2 样品采集  82-83
    3.1.3 样品处理及分析  83-84
  3.2 结果与分析  84-88
    3.2.1 夏季海洋浮游病毒分布  85-86
    3.2.2 冬季海洋浮游病毒的分布  86-87
    3.2.3 春季海洋浮游病毒的分布  87
    3.2.4 秋季海洋浮游病毒的分布  87-88
  3.3 讨论  88-96
    3.3.1 调查海域温度、盐度及溶解氧的季节变化  88-90
    3.3.2 海洋浮游病毒丰度的季节变化  90-92
    3.3.3 海洋浮游病毒丰度的空间分布  92-93
    3.3.4 夏冬季节浮游病毒丰度与环境生态因子的相关性  93-96
  3.4 小结  96-98
  参考文献  98-101
第四章沉积物细菌多样性分析  101-125
  4.1 材料与方法  101-109
    4.1.1 采样站位及沉积物样品采集  101-102
    4.1.2 大肠杆菌及沉积物样品总 DNA 提取  102-104
    4.1.3 样品DNA 16S rDNA 扩增  104-106
    4.1.4 细菌16S rDNA 克隆文库的构建  106-109
    4.1.5 16S rNDA 系统发育树的构建  109
  4.2 结果与分析  109-119
    4.2.1 样品DNA 提取结果  109
    4.2.2 16S rDNA 片断扩增结果及菌落 PCR  109-111
    4.2.3 阳性克隆子16S rDNA 酶切结果分析  111-114
    4.2.4 16S rDNA 克隆文库的分析  114-115
    4.2.5 克隆子16S rDNA 系统发育树分析  115-119
  4.3 讨论  119-123
    4.3.1 环境样品总DNA 16S rDNA 文库  119-120
    4.3.2 QD08 站位沉积物细菌群落组成及其季节变化  120-122
    4.3.3 QD13 站位沉积物细菌群落组成及其季节变化  122-123
  4.4 小结  123-124
  4.5 展望  124-125
参考文献  125-128
附录  128-136
致谢  136-137
发表论文目录  137

山东近岸海域浮游细菌、病毒生态学调查及沉积物细菌多样性研究

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