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中国汉族人群PAX6基因多态性与高度近视的关联研究

作　者: 姜波
导　师: 顾扬顺
学　校: 浙江大学
专　业: 眼科学
关键词: 高度近视单核苷酸多态性单体型 PAX6基因关联分析
分类号: R778.11
类　型: 博士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

目的：深入研究中国汉族人群PAX6基因及其调控区域与高度近视的关联性,为进一步研究近视的发病机制奠定基础。材料和方法：本研究采用病例-对照关联分析。初步关联研究的研究对象(组1)包括无亲缘关系的300名高度近视(双眼SE≤-8.00D)和300名正常对照个体(双眼SE在±1.00D之间)；后续扩大样本单体型分析的研究对象(组2)包括不同于组1的另外300名高度近视和300名正常对照个体,组2的入选标准同组1,提取全部研究对象的全血DNA。利用HapMap数据库选取包括PAX6基因及其已知调控区域在内长约324.6kb区域中的11个标签SNP,同时另外增加5个SNPs,即初步关联研究共包括16个SNPs。采用PCR-RFLP技术检测rs3026354, rs3026393, rs1506, rs12421026, rs3026401, rs7125966, rs2863231, rs964112, rs7947424, rs509628的基因型；采用非标记探针熔解分析技术检测rs667773, rs3026390, rs2071754, rs662702, rs11031423, rs11031419的基因型。采用SPSS软件分析研究对象的基本数据和眼部参数；采用Plink软件进行单个SNPs在5种遗传模式下的基因型或等位基因频率比较；采用Haploview软件分析连锁不平衡区块和基于连锁不平衡的单体型；同时采用Plink软件进行基于滑动窗口详尽的单体型分析。采用置换次数为50000次的置换检验进行多重检验矫正。对于在初步关联分析中获得显著性差异的结果进行后续扩大样本分析,以提高关联分析的效能。结果：初步关联研究(组1)的单个SNP分析结果显示,当高度近视组双眼的SE≤-8.0D时,16个SNPs在病例-对照组之间5种遗传模式下的基因型或等位基因频率均无显著性差异；当高度近视组双眼的SE≤-10.OD时,两个SNPsrs12421026(力口性模式P=0.0065)和rs1031423(加性模式P=0.0277)的结果在病例-对照组之间存在显著性差异,但多重检验矫正后结果不再显著,提示单个SNPs与高度近视无关联。组1全部研究对象的16个SNPs构成3个连锁不平衡区块,其中区块1中(S2-S8)的两种单体型在病例-对照组中存在显著性差异：增加患病风险的单体型CGAGTG和具有保护作用单体型CGAGTAG,经多重矫正差异仍显著(P≤0.0003)。基于滑动窗口详尽的单体型分析结果显示多种窗口单体型存在显著性差异,SNP rs12420126起关键作用；其中由rs2071754,rs3026393,rs1506和rs12421026构成的4-SNPs窗口和rs3026393,rs1506和rs12421026构成的3-SNPs单体型窗口的差异最为显著。滑动窗口单体型结果与基于连锁不平衡的单体型分析结果一致。扩大样本单体型分析中新纳入的组2共检测了5个SNPs(rs3026390, rs2071754, rs3026393, rs1506,rs12421026),组2中单个SNP分析结果显示高度近视组双眼的SE≤-8.0D或SE≤-10.0D时,5个SNPs在病例-对照组之间5种遗传模式下的基因型或等位基因频率均无显著性差异。组1、组2或合并组(组1与组2)的滑动窗口单体型分析结果均显示rs2071754,rs3026393,rs1506和rs12421026构成的4-SNPs单体型存在2种增加疾病风险的单体型GTAA和AGTG,以及1种起保护作用的单体型AGTA (P≤0.0118)。rs3026393,rs1506和rs 12421026构成的3-SNPs单体型存在相对应的2种增加疾病风险的单体型TAA和GTG (P≤0.0045),和1种起保护作用的单体型是GTA。合并组中增加疾病风险的单体型频率约为8.1-10.3%,而在对照组中仅为1%；起保护作用的单体型在对照组的频率为42%,而在病例组只有30%。结论：采用候选基因策略,通过病例-对照研究检测高度近视候选基因PAX6与高度近视的关联性。研究结果显示PAX6基因3’端的单体型与高度近视存在关联,提示PAX6基因及其下游区域可能存在高度近视的致病位点,需进一步加大样本量及遗传标记位点密度来加以确认。

全文目录

致谢  5-6
摘要  6-8
Abstract  8-11
缩略词表  11-13
1 绪论  13-20
  1.1 近视概述  13-15
  1.2 多基因遗传病的分析方法  15-17
  1.3 PAX6基因介绍  17-19
  1.4 本研究的目的和策略  19-20
2 材料和方法  20-36
  2.1 研究对象及DNA样本  20-21
  2.2 标签SNPs的选择  21-25
  2.3 SNPs基因分型  25-34
  2.4 统计分析  34-36
3 结果  36-65
  3.1 研究对象的基本资料和眼部参数  36-40
  3.2 基因分型过程和结果的质量控制  40-45
  3.3 Hardy-Weinberg平衡检验  45
  3.4 组1单个SNP和高度近视的关联分析  45-51
  3.5 组1中16个SNPs的连锁不平衡及基于LD的单体型分析  51-55
  3.6 组1中16个SNPs的滑动窗口模式单体型分析  55-57
  3.7 扩大样本的单体型分析  57-65
4 讨论  65-75
5 结论  75-77
参考文献  77-86
综述  86-120
  参考文献  106-120
博士阶段的相关论文及成果  120

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